Efter att ha blåsts på belöningen för ett uppdrag åker Spike och Jet till New Tijuana för att spåra upp en ny måltavla – men det är de inte ensamma om.

Jet och Spike jagar en bombman från Venus som känns igen på att han bara har en hand, medan Spikes mystiska förflutna leder till ökade spänningar.

Jet behöver pengar till sin dotters födelsedagspresent, så de båda prisjägarna följer en måltavla till en bordell, men det visar sig att Spike har egna planer.

När miljöterrorister grusar Fayes planer anlitar hon Spike och Jet för att försöka fånga dem.

Jet återförenas med sin före detta partner för att spåra upp en brottsling som precis blivit släppt. Medan han är borta försöker Spike och Faye fixa ett mindre jobb.

När Bebop behöver repareras skickar Jet ut Spike på ett uppdrag för att täcka kostnaden, medan Faye får i uppgift att övervaka mekanikern.

En bedragerska från Fayes förflutna återvänder och erbjuder Faye hennes verkliga identitet i utbyte mot snabb transport till Santo City. Julia överväger sina alternativ.

Vicious släpper lös en skräckinjagande lönnmördare och anlitar honom för att döda Spike Spiegel. Senare sätter han sin plan för de äldre i verket.

Spike och Vicious träffar Julia på Anas klubb många år tidigare. Men snart leder kärleksintriger och Vicious ambitioner till trubbel för dem alla.

Faye och Jet spårar Spike till Anas klubb, där de får veta att Vicious har kidnappat Jets dotter för att byta Spikes liv mot hennes.