大正時期。竈門炭治郎和家人一起在山裡過著樸實而幸福的日子。有一天，去鎮上賣炭的炭治郎回到山裡，家人被鬼襲擊、在血泊中死去。竈門炭治郎為了救助唯一倖存的妹妹禰豆子，背著她拚命向雪山下走去。途中，禰豆子突然發出呻吟聲，襲擊了炭治郎。

炭治郎在富岡義勇的指引下，和變成鬼的妹妹禰豆子一起以狹霧山為目標。夜晚的路上，炭治郎從堂裡嗅到血腥味.跑著說可能有人受傷了，沒想到在那裡的卻是吃人的魔鬼。突然被鬼襲擊的炭治郎用斧頭勉強應戰，但是被鬼壓倒性的力量立刻被鬼壓倒了。鬼要殺他的時候，進來救的是――

鬼殺隊——自古就存在的專門狩獵鬼的組織。為了應對入伍考試「最終選拔」，鱗瀧左近次開始了對碳治郎的訓練。奔波於佈滿各式各樣圈套的山下、刀的揮舞、瀑布修行，以及呼吸法……來到狹霧山一年後，鱗瀧對炭治郎說「已經沒有東西能夠教你了」，在巨大的岩石面前，鱗瀧向炭治郎提出了去進行最終選拔的條件。

最終選拔的合格條件是，在囚禁著鬼殺隊所捕捉的鬼怪們的藤襲山中存活超過7天。賭上年輕劍士和鬼的生命的戰鬥開始了。炭治郎用從鱗瀧左近次處學到的呼吸法和戰鬥法斬殺了鬼。兩年的鍛鍊並沒有白費。然而，在那樣的炭治郎面前，不應當出現在藤襲山的異形的鬼出現了。

朝陽升起，在七天的戰鬥中倖存下來的劍士們只有四人。迎接活下去的炭治郎等人的嚮導，向炭治郎等人說明了鬼殺隊的情況。炭治郎等人被給予了鬼殺隊的隊服、負責傳令的鎹鴉，最後選擇了製造各自日輪刀的玉鋼。之後，等待著回到鱗瀧家的炭治郎的是――

身穿鬼殺隊隊服的炭治郎，腰間佩戴著日輪刀，背著鱗瀧特製的裝著禰豆子的木箱，去進行鬼殺隊的首個任務。每晚都有少女失蹤的小鎮，在那裡，炭治郎遇到了戀人消失後憔悴不堪的和巳。確實，附近有鬼的味道，但是哪裡都看不到鬼的身影。

分裂成三人的鬼將炭治郎逼入絕境，此時禰豆子向鬼發動襲擊。變成了鬼的妹妹並不是弱小到必須保護的存在——。下定決心的炭治郎，追趕著分裂出的其中一隻鬼跳入到從地面蔓延開的沼澤。在沼澤中等待著炭治郎的是——

下一個任務的舞台是東京·淺草市。對大正繁華的都市街道感到不知所措的炭治郎，在那裡嗅出了鬼的味道。炭治郎追尋著氣味的源頭與鬼舞辻慘無慘相遇。但是，炭治郎在打算斬殺鬼舞辻之時，鬼舞辻把路過的人類變成鬼，令城市陷入混亂。在拚命收拾殘局的炭治郎面前，某個人物現身了——

幫助炭治郎的人，是名為珠世和愈史郎的鬼。珠世將炭治郎他們引領至施有「目隱」之術的宅邸。在宅邸中，炭治郎通過與珠世的對話找到了將鬼變回人類的出路。這時——追趕著炭治郎的兩個鬼發現了宅邸的位置，展開了猛烈的攻擊。

炭治郎的困境還在繼續。對於矢羽臨終前使出的血鬼術「紅潔之箭」，炭治郎運用水之呼吸各型勉強熬過。另一方面，禰豆子和朱紗丸的戰鬥仍在繼續，對這種狀況感到擔憂的珠世，使出了自己的血鬼術——

被鎹鴉告知下一個滅鬼之地位於東南南方向——在前往目的地的途中，炭治郎遇見了在最終選拔中倖存下來的同期劍士·我妻善逸。炭治郎雖然對善逸的消極態度感到棘手，但還是向深山裡走去。在宅邸前遇到了哥哥被抓走的兩個孩子。在那裡，善逸聽見了不知從何處傳來的鼓聲……

在每次敲鼓的時候，房間都會旋轉的不可思議的宅邸裡，炭治郎和善逸走散了。與炭治郎分開後的善逸帶著正一，在恐怖中陷入絕望。這時，炭治郎遇到了宅邸的主人敲鼓的鬼，和戴著豬頭的舉止奇妙的男人。

宅邸的主人・響凱每次敲鼓之時，房間就會旋轉，炭治郎被迫陷入苦戰。在之前的戰鬥中骨折的炭治郎鼓舞著軟弱的自己，奮不顧身地戰鬥，卻被響凱使用的血鬼術攻擊壓制。最終，能平安地斬斷響凱的脖頸嗎——

死鬥之後，炭治郎在與響凱的戰鬥中獲勝。炭治郎走出宅邸外，遇到了先逃出去的善逸。然而，看到傷痕纍纍的善逸抱著裝有禰豆子的木箱，拔出雙刀、戴著豬頭的男子站在一旁，炭治郎察覺到眼前的異樣的狀況——

下一個目的地位於東北北。炭治郎與禰豆子、善逸、伊之助一同前往那田蜘蛛山。那座山被蜘蛛網團團圍住，無數的蜘蛛在山上蠢蠢欲動——留下了膽怯的善逸，進入山中的炭治郎和伊之助，遭遇了被蜘蛛絲纏繞的鬼殺隊隊員。

與被蜘蛛絲囚禁的鬼殺隊隊員戰鬥的炭治郎和伊之助，切斷了絲線，撕破了蜘蛛網，向山裡走去。隨著在森林裡不斷深入，蜘蛛絲逐漸變多，就連被操縱的人們也開始做出人類不可能完成的動作。在不傷害被操縱隊員的情況下，停止其動作的方法變得困難，炭治郎採取的行動是——

這裡有鬼舞辻無慘的直屬部下——十二鬼月。打倒了那田蜘蛛山母鬼的炭治郎，得知這個森林中有著讓妹妹禰豆子變回人類線索的鬼。炭治郎與傷痕纍纍的伊之助，二人一同走向森林深處。另一方面，一個人孤獨地在森林裡前進的善逸面前，出現了人面蜘蛛。

鬼殺隊最強的劍士柱到達了那田蜘蛛山。用一刀砍倒父鬼的水柱・富岡義勇，看到他的伊之助因為和自己的格差而興奮，申請戰鬥；另一方面，中毒陷入瀕死的善逸面前出現了蟲柱·蝴蝶忍的身姿——

由於累放出的血鬼術而做好了死之覺悟的炭治郎。在走馬燈中想起死去的父親飛舞的神樂，放出了與水的呼吸不同的新的技能——「火之神神樂 圓舞」。憑著拚死的覺悟反覆出招，終於斬落了累的脖子。在滿身創傷中，面對受傷倒下的禰豆子的炭治郎眼前出現了——

看著即使倒下也庇護禰豆子的炭治郎，累想起了過去的記憶。曾經病弱的他，遇到了鬼舞辻無慘，被分血成為了鬼。但是，父親和母親打算殺死了變成鬼的自己。從那時起，他就一直在尋找家人。尋求無論如何也無法得到的羈絆——

結束了戰鬥的炭治郎，與禰豆子一起被鬼殺隊本部帶走。在那裡，鬼殺隊的當主·產屋敷和最強的劍士·柱的「柱合會議」被進行。柱譴責了鬼殺隊中保護鬼怪違反隊規的碳治郎。並且風柱·不死川實彌，把刀轉向了禰豆子——

鬼殺隊的當主產屋敷，終於在炭治郎前出現了。據說他容許炭治郎和禰豆子的入伍。但是，柱沒能馬上理解那個判斷。身為風柱的不死川實彌割傷自己的手臂，在禰豆子面前露出血，打算引出鬼的本性。

受傷的炭治郎、善逸、伊之助在蟲柱·蝴蝶忍的宅邸接受治療。兩週後——碳治郎和伊之助開始了機能恢復訓練。但因為訓練殘酷，碳治郎等人的心飽受折磨。不知其可怕，晚參加訓練的善逸，在女孩面前表現出幹勁。

在蝴蝶屋敷進行機能恢復訓練的碳治郎，為了使全集中的呼吸能夠持續一整天而努力修行。與最初完全敵不過的同期劍士·香奈乎的訓練一點點也提高了效果。在每天修行不止的炭治郎的影響下，善逸和伊之助也返回訓練……

在炭治郎他們努力進行機能恢復訓練的同時，鬼的絕對支配者·鬼舞辻無慘，聚集十二鬼月的下弦，鬼方面也打算重新開始行動。訓練臨近尾聲，在與香奈乎的訓練中，為了能互相競爭而成長起來的炭治郎接到了鎹鴉傳來的新的任務。