時值日本大正時期，一位名叫竈門炭治郎的平凡農家少年，在身為一家之主的父親過世，家中還有母親及一群年幼弟妹的情況下，靠著賣炭勉強維持全家人的生計。原本一直認為這樣幸福的日子會永遠持續下去的炭治郎，卻在某一天賣完炭回家後，發現他的家人因為不明原因被屠殺，唯獨長女禰豆子似乎還存活著，然而禰豆子的樣子卻跟平常好像不太一樣？

竈門炭治郎發現妹妹變得像鼴鼠一隸做出異常的行為，炭治郎揹起妹妹上路越過狹霧山 ，發現有間祠堂裡面卻出現了吃人鬼，炭治郎砍了吃人鬼對方居然自動復原，炭治郎要給它致命一擊，天狗面具就說是徒勞無功...

鬼殺隊目的是為了保護人類，就算與鬼的實力懸殊，依舊與鬼對抗。炭治郎在接受鱗瀧先生的培養，成為一名殺鬼獵人，鱗瀧先生把水之呼吸型傳授於他，眼見妹妹禰豆子身體日漸虛弱，炭治郎十分擔心，而有一日鱗瀧先生突然離開，鱗瀧先生扶養的錆兔和真菰找上炭治郎...

炭治郎在訓練中練到能分辨出隙之線的氣味，從而從他的刀刃連結到對手的破綻，在砍開了巨石之後，鱗瀧師父要炭治郎參加最終選拔，在山腳下到山腹長滿紫藤花的山上，炭治郎要對付很多鬼，但出現一隻吃人無數的惡鬼...

炭治郎成功通過最終選拔，但他卻以為禰豆子死了而感到相當難過，存活的炭治郎要選擇玉鋼來打造刀，最後炭治郎獲得屬於他的日輪刀。這時鎹鴉向炭治郎傳來消息，指西北方城鎮的少女正在消失，並要他到當地斬除潛藏的鬼！

炭治郎正式執行鬼殺隊的任務，途中遇到許多兇惡的鬼，讓他難以招架。不過，炭治郎並沒有退縮，因為他要問出鬼舞辻無慘的下落，才能讓禰豆子復原回人類！

炭治郎進到沼澤中和鬼在決鬥，發現了很多被擄走的人的衣服和物品，禰豆子也出手協助，但最終在斬除鬼前也未能問出鬼舞辻無慘。炭治郎等人來到疑似有鬼潛伏的淺草，在那裡他聞到了鬼舞辻無慘的味道！

鬼舞辻無慘在大街上搞事，令一對夫妻受傷。炭治郎想幫助他們的時候，突然有一個女人出現，說自己是鬼也是醫生，可以幫助人類療傷。而且，她也打算消滅鬼舞辻！

矢琶羽和朱紗丸找到了炭治郎的藏身之所，朱紗丸用毬一下子就把屋子破壞掉，並進行攻擊，愈史郎為了保護珠世而被毬砍掉了頭，炭治郎為了保護剩下的鬼而奮力戰鬥…

炭治郎為了趕快去支援珠世女士和愈史郎先生，連續使出招式對付鬼，另一邊禰豆子把敵方踢過來的毬踢回去，令珠世女士不解的是，她對禰豆子用的只是一般的恢復藥物，是鬼專用的藥物，並沒有強化身體的作用，對於禰豆子自發出的力量感到十分驚訝。

善逸遇上了喜歡的女孩，他跪在地上求對方成為他的妻子，炭治郎不明所以，而女孩亦拒絕了。

善逸和炭治郎看到了一對母女，正在瑟縮一角，一起來到了陰森的宅院，而這幢宅院的主人竟然是吃了不少人的妖怪，還掛了很多鼓在身上......

戴著山豬毛皮和手持日輪刀的妖怪對古宅裡身上帶著鼓的鬼發動了攻擊，但都被他的血鬼術一一避開了。其後，戴著山豬毛皮和手持日輪刀的妖怪一腳踏在昏迷的輝子身上，炭治郎衝上前將他摔開，救回輝子。被摔開的妖怪竟用日輪刀攻擊炭治郎，令懷疑那妖怪是鬼殺隊的炭治郎感到十分疑惑...

善逸帶著正一去尋找炭治郎，但其實二人一直在同一個地方打轉。另一邊，炭治郎正和宅院的主人響凱戰鬥中，炭治郎被響凱的血鬼術所壓制，連停下來思考破解方法的時間也沒有。響凱回憶起還是人類時，被別人侮辱自己的作品是垃圾的往事。響凱因那不好的回憶而受到刺激，對炭治郎展開了更猛烈的進攻...

炭治郎和伊之助對戰，還把對方撞暈了，伊之助醒來後還想跟炭治郎大打一場，所以就一直追著炭治郎，還來了一個有紫藤花的家紋的地方，並在那裡留宿，在半夜的時候，禰豆子發現了在炭治郎身邊的鬼竟然是個很可愛的女孩…

炭治郎等人前往那田蜘蛛山，離目的地越來越近，善逸就越害怕，更怕得坐在地上。此時，炭治郎發現了陷入危險的鬼殺隊隊員，於是他拋下害怕的善逸，和伊之助衝去救人…

炭治郎終於想到了拯救被操縱的人的辦法，只可惜最後那些人都死掉。之後，炭治郎和伊之助繼續尋找操控人的鬼，可是，他們的面前出現了強大的鬼。由於那隻鬼沒有頭，所以根本沒有要害…

善逸走進了那田蜘蛛山，看到了人臉蜘蛛，嚇得拼命逃跑，怎料被蜘蛛咬了一口，中了會變成蜘蛛的毒，這令善逸很崩潰，他受夠了自己的人生，想改變，想成為有用的人…

在和十二鬼月對戰的時候，健太郎被打飛了，剩下伊之助獨自一人對抗。雖然伊之助覺得自己戰勝不了，但最終還是斬斷了十二鬼月的一隻手，更令十二鬼月逃到樹上。在伊之助以為十二鬼月害怕得發抖之際，十二鬼月竟然開始脫皮，體型變得更巨大…

十二鬼月突然襲擊禰豆子和炭治郎，禰豆子為保護炭治郎受傷了，十二鬼月想要得到已成為鬼的禰豆子，炭治郎於是和十二鬼月展開決鬥，炭治郎的刀卻砍不下去十二鬼月的頸部，在他正要面對失敗時，炭治郎和禰豆子之間的羈絆起了作用，炭治郎又突然想起爸爸的火舞…

累要其他鬼扮成他的家人，才願意救他們。不遵從累的要求或命令的人，就會被切得支離破碎。為甚麼累要逼鬼做這種意義不明的扮家人遊戲？為了幫禰豆子報復，炭治郎誓要把累那對邪惡的兄妹殺掉！

累被殺時，喚起了過去的回憶。回想起他變成鬼的時候，父母試圖試他，令他決心要尋找鬼成為他的家人，去維持羈伴，但到最後原來他的家人即使知道他成為了鬼，仍願意和他一起下地獄......

禰豆子雖然變成了鬼，但是她從來都沒有吃過人，甚至願意保護人類而戰鬥，得到了主公大人的認可，但不是所有人都能接受鬼殺隊裡有鬼，他們倆兄妹仍然要面對重重困難......

在眾人面前引誘禰豆子去吃人，但炭治郎深信禰豆子不會傷害人類，但現在的現在的炭治郎還未夠強，每個光輝的景象都需經過嘔心瀝血的鍛鍊，才能成為更強的人，能不能好好保護妹妹的重任就托付在炭治郎的身上了。

香奈乎才能出眾，但其實她的出身有著一段悲慘的經歷。為了練習在全集中呼吸的狀態下做訓練，炭治郎每天都很努力，為了追上香奈乎而努力著。而善逸和伊之助則比較散慢，總是努力不起來，到底他們能否完成訓練再進行實戰呢？

炭治郎被推薦了去執行無限列車的任務，他驚人的成長速度，認為他有能力打倒鬼舞辻，在出發之前，炭治郎也告訴香奈乎世上應該沒有怎樣都好的事情，他懷著一顆永不言敗的心，乘上開往未來的火車，繼續守護他和禰豆子的羈絆。