千空一行人為了救助陷入冷凍睡眠的司，挑戰人類石化的黑幕。歡迎航海時必備的能力超強船長・龍水成為同伴，並乘坐著熱氣球去尋寶。一邊尋找著船隻所需要的燃料・石油，一邊根據空中的情報製作科學王國周邊的地圖。此時，村人們面臨了最直接的問題──食糧；千空和大樹等人開始了某件事。人類因謎樣的光芒被石化後數千年──，千空一行人終於開始邁向未知的新世界！！

因為有大樹等人的努力工作，科學王國才有有了大片的小麥田；但烤出來的麵包卻是焦黑狀態。面臨絕望的千空一行人，決定喚醒專業廚師！讓石化前曾擔任龍水的執事兼廚師的法蘭索瓦覺醒。千空現在需要保存食物麵包，法蘭索瓦回應他的「慾望」而開始行動！另一方面，千空回應了記者南的「慾望」，動手開始製作某個科學物品。

千空得到了相機，從熱氣球上拍攝航空照片；可是，從照片上仍然找不到油田的情況下，季節來到豐收的秋天。法蘭索瓦為了收集食材，跟西瓜一同尋找野豬和松露；千空見狀後，想到或許能利用野豬尋找油田……。此時，千空一行人正在嘗試製作新的科學物品，但不知為何通訊系統受到阻礙……。

千空一行人突然收到來自「WHY MAN」的詭異訊息，為了查出他的真面目，千空、龍水、阿鉻、幻、羽京五知將，召開科學王國的戰略會議。為了對抗看不見的敵人，千空思考著要做出被譽為科學之眼的雷達和聲納，來揪出WHY MAN。阿鉻得知雷達有知曉天空和海洋的能力後，似乎想到了什麼……。

科學王國因阿鉻的活躍而找到了況山，製造船隻需要搬運大量的礦物和石油，因此建造了採礦車和柏油路，並且還得到了貨運連線網！然而，建造大型機械帆船的技術相當困難，千空被迫改變計畫。此時，比誰都想得到機械帆船的龍水，提出個方案。為了出海而製造船隻的劇情來到高潮階段。

科學船帕爾修斯號終於完成了！挑選搭船的人選，踏上人類尚未前往的大海原！目標是百夜他們曾留下的太空船沉睡之地，也是百物語的「起始之地」。出發前，千空聽了代代女巫口耳相傳的百物語， 他確信超級稀有的「白金」就在太空船裡。就在這時，他們從某個村人口中得知一個重要的祕密！

千空一行人來到了白金沉睡之地的寶島，他們立刻開始探索島上居民與太空船；留在船上的待命組員，則是調查的周遭和海底。京羽看到以前這裡明明是無人島卻有大量的石像感到疑惑。此時，在船上的龍水似乎感覺到某人的視線──。另一方面，千空一行人在科學搜查的幫忙下，找到第一位島民。離他們所想得到的情報越來越接近了……。

千空讓島上的美少女孤挺花成為同伴，孤挺花自從在五年前，發現侍奉島長的左右手・伯勞、霧雨使用石化武器後，就一直找機會偷走它。千空聽聞這件事之後，立刻擬定潛入計畫，來調查首領附近的狀況。然而，計畫中最重要的科學實驗室，卻在被佔領的帕爾修斯號上。從遠方觀察船的現狀……。

船被襲擊時，因得到龍水的救助而活下來的西瓜；與同樣逃入海中躲過石化光線的銀狼，躲在被荊棘佔領的帕爾修斯號裡。兩人收到琥珀傳來的絕望消息，便為了把實驗室交到千空手中，而嘗試著從船上逃走！另一方面，千空為了懸找石化武器的祕密，持續進行潛入島上後宮的計畫。用科學改造琥珀美麗大變身開始囉！

運用科學之力，成功讓琥珀和銀狼美麗大變身。為了奪走首領手中的石化武器，他們和孤挺花一同參加「可愛選拔」，進入後宮。琥珀戴上科學的間諜道具耳環行竊聽器接收千空的指示，找尋敵人的大本營。千空為了做好與首領等人的空戰，準備了新的科學道具，此時收到來自潛入後宮的間諜祖傳來的暗號訊息……。

琥珀潛入了敵人大本營，並找到了沉睡著超級稀有的「白金」的寶箱！然而，白金被非常厚重的水泥塊覆蓋著，難以取出。千空和琥珀聯手，挑戰不被敵人發覺得情況下，打開寶箱奪走白金的任務。曾在這座島上度過餘生的百夜，為了千空遺留下來的寶物，究竟是否能到手呢！！

好不容易終於逃獄，讓龍水復活後，接下來使用氧氣瓶潛到海底，讓大樹甦醒，並且救出職人化石。化石復活後，千空就能一口氣製作三次元世界最強武器「無人機」；並且一一復活剩下的同伴，準備進行反擊。另一方面，潛入後宮的琥珀一行人，發現了島上重大的祕密……！！

寶島上的首領石像曝光後，銀狼因荊棘而受了重傷，琥珀立刻做出決斷，讓兩人被石化，等待千空的救助。另一方面，千空陸續復活夥伴，並得到了反擊的王牌無人機。孤挺花從混亂中逃脫出來，想從她口中探詢敵方內部的情報，此時，石化王國最強戰士・伯勞在千空等人的面前……！！

伯勞找到千空等人的隱匿之地，讓千空一行人陷入危機；然而，幻立刻跟他進行了一場交易，為了彼此的利益，訂定了一場協議。伯勞與千空一行人策劃的陰謀大作戰就這樣開始了！千空一行人與假裝是入侵者的伯勞，暗中攻擊石化王國的同時，也偷偷強化了戰鬥武器！準備好科學裝備，終於要跟石化王國展開最終決戰！

科學王國VS石化王國的最終決戰終於開始了！獲勝條件為奪走敵方的石化裝置，千空一行人打扮成戴著帽子的戰士先發制人；金狼打前鋒，龍水一行人拿著無人機躲在陰暗處伺機而動，等待著霧雨投擲石化裝置的時機……。另一方面，敵方司令官荊棘警戒著伯勞的行動，以卑劣的手段追殺千空一行人！

千空一行人發現，霧雨持有的石化裝置，被荊棘動了手腳，其實是假的！就算他們緊急坐上實驗室車退回，但荊棘卻想讓石化光線覆蓋整座島嶼！為了阻止荊棘，千空等人搭上帕爾修斯號，此時無視協定的伯勞出現了！千空被伯勞的連續攻擊持續打壓，最後只能讓那個男人甦醒……！

大樹等人搬出首領的石像，把荊棘所做的惡事攤在陽光下；知道真相的霧雨，被荊棘石化。此時，陽持槍對荊棘發射出最後一發子彈，奪得了石化裝置！陽沉浸在得到最強武器的喜悅中，殊不知被想拼死奪回的荊棘視為攻擊目標。另一方面，冰月從石化中復活，與天生強者伯勞的戰鬥中陷入了苦戰……。

因荊棘的陰謀，石化之光覆蓋了整座寶島，科學王國的同伴們和島民們一一被石化，只有留在船上的荊棘免於被石化而存活下來。荊棘以為自己大獲全勝而回到寶島上，此時千空因以科學勝過石化裝置，獨自一人站在島上！在寶島上尋找石化裝置的戰鬥，以千空VS荊棘主將戰的方式，迎來最高潮……！！

利用無人機展開立體戰鬥，千空終於贏了荊棘！千空立刻用復活液讓阿鉻復活，並且一一復活其他同伴。因潛入而身受重傷的銀狼，和跟他一同石化的琥珀，也平安無事地甦醒，重新與千空相逢。千空一行人透過無線電與留在科學王國的琉璃通話時，通訊突然中斷，並收到一則令人衝擊的訊息！

松風從數百年的石化中甦醒，千空從他口中得知某天石化裝置突然大量從天而降的情報，也因此確定操縱神秘通信的WHY MAN就躲在月球表面！為了揪出WHY MAN的廬山真面目，千空宣布要前往月球！而現在為了先回到科學王國，必須準備再次出航；但索育茲身為首領的兒子，陷入複雜的情緒中……。

千空一行人跟留在寶島的索育茲一行人道別，返回科學王國。與琉璃和未來等人重逢後，千空立刻拿著石化裝置，試著讓陷入冷凍睡眠的司甦醒。然而，石化裝置似乎已經失去了能量……。接著！千空一行人決定展開新的冒險！為了找出掌握所有關鍵的WHY MAN，前往新世界月球旅行的計畫就此開始！