始等人在新夥伴香織加入後離開了奧爾庫司大迷宮，並以下一個目的地為目標在看不見盡頭的古盧恩大沙漠中前進。半路上，始一行人遭遇到許多兇惡魔物的襲擊……

始一行人從倒在沙漠的比茲口中得知了人們因為魔力失控而倒下的消息。事情的起因源自於安卡吉公國遭到汙染的綠洲水源。始一行人為他們準備了乾淨的水，並為倒下的人們進行緊急治療。然後，為了攻略大迷宮，同時也為了尋找能抑制魔力失控的靜因石，一行人開始動身前往古盧恩大火山。

始一行人在灼熱的古盧恩大火山的大迷宮內的攻略行動原本進展得十分順利，但始這時卻遭到突然落下的極光吞噬。面對抱著奄奄一息的始的月，敵人的追擊依然沒有停止。威脅始一行人的最強敵人究竟是――。

始撐過了魔人族的弗利德的猛烈攻擊，並將裝有靜因石的寶物庫的戒指交給了緹奧。緹奧隨後便為與負責治療的香織會合而動身飛往安卡吉公國。另一方面，被留在噴發的大火山之中的始道出了逃離這裡的秘策――。

始一行人取得了古盧恩大火山的神代魔法，並順利和香織等人會合。他們來到了海人族的城市愛尼森，並讓繆和她的母親蕾蜜雅重逢。之後，始一行人暫時與繆告別，並以取得下一個神代魔法為目標動身前往梅爾基涅海底遺跡。

始和香織在攻略梅爾基涅海底遺跡的過程中與其他成員失散。香織對於自己的力量感到無力，同時也對自己對於始抱持的感情喪失了自信。面對這樣的香織，始開口詢問香織今後是否還打算繼續和他們一起行動。另一方面，令人不安的氛圍開始在王都悄悄醞釀……。

成功攻略梅爾基涅海底遺跡的始一行人捨不得與繆分開，始終沒能出發前往下一個目的地。在其他成員的守望下，始終於決定要告訴繆自己將踏上旅程。另一方面，人在王都內的莉莉安娜注意到了王宮內的人們的異常變化――。

在愛子被囚禁於神山的塔中時，弗利德所率領的魔人族也開始大舉行動。另一方面在警備變得薄弱的王都，梅爾德遭到了表情空虛的何塞及檜山襲擊，並受了重傷。始一行人究竟能否察覺到暗中行動的神祕黑影的真面目呢――。

從莉莉安娜口中得知王都目前的狀況後，始連忙趕至被囚困在神山的愛子身邊。這時，神之使徒・諾因出現在他們面前。另一方面，月等人和莉莉安娜一起趕回王都後，卻發現大結界已經被打破，而魔人族與魔族的大軍已經開始進攻。

始與諾因之間的戰鬥開始了。她向始道出了神・埃希德的願望。只將人們視為棋子的埃希德希望擾亂棋盤的異端者始能夠死去。面對有著驚人之強大力量的存在，始究竟能否加以抗衡呢――？

始結束了與諾因在神山展開的戰鬥，並完成了大迷宮的攻略，隨後便動身前往遭到魔人族侵略的王都。這個時候，人在王都的同學們已經被惠里利用降靈術操控的士兵們團團包圍。而惠里背叛大家的原因是――。

王都發生的一連串騷動的始作俑者，是為了將光輝弄到手而與魔人族攜手合作的惠里。在擊退侵略王都的魔人族後，始為了讓香織復活而動身前往神山……。