L'histoire, se déroule, 10 ans après la trame du jeux vidéo « Persona 3 » - où le héros évitait la fin du monde provoquée par les « ombres » - dans la ville d'Ayanagi, proche de la Mer du Japon. Cette ville a été construite dans le but de pallier aux dégâts causés par le fléau du "syndrome d'Apathie", survenu dix ans plus tôt.

Un lycéen Shin Kanzato et son jeune frère Jun, rentrent chez leur frère aîné Ryo. Ce dernier est le chef de la police d'Ayanagi depuis dix ans déjà. À ce moment-là, une série d'étranges évènements se produit dans la ville d'Ayanagi, telle que la soudaine disparition de l'équipage d'un sous-marin en plongé ou encore le cas du corps méconnaissable d'un élève ayant pris une horrible apparence. Ryo traque l'organisation cachée derrière cette succession d'incidents, en employant son « Persona » - projection corporelle astrale permettant de lutter contre les « ombres » -. Ce faisant il est impliqué dans l'incident provoquant le réveil du « Persona » de Shin.