波乱のプリズムキングカップが終わり、華京院学園高等部の1年生となったシン。エーデルローズの新入生たちも、1つずつ学年が上がった。新しい環境のなか、これからの生活に胸躍らせるシン。しかし、シュワルツローズ総帥・法月仁の魔の手が、ふたたびエーデルローズに忍び寄っていた……。

いつものように歌舞伎の稽古にいそしむユキノジョウ。しかし、稽古の様子を見ていた父親の菊右衛門は厳しい言葉を投げつけ、ユキノジョウにプリズムショーを辞めろと言う。寮でユキノジョウの帰りを待ちながら、シンはプリズムキングカップのときのことを思い出していた。なぜ、あのとき、ユキノジョウは自分に出場権を譲ってくれたのだろうか……。

出身地の青森で「ねぶた祭り」開催が近づき、テンションの上がる香賀美タイガ。そんなとき、くしくもエーデルローズのみんなに祭りでの仕事が入る。タイガの実家に招かれた一同は、タイガの姉・大空からタイガが初めて東京にやってきた幼い日のこと、そして初めてプリズムショーに出会ったときの話を聞かされる。

大財閥の跡取りである十王院カケルは、高校生でありながら、十王院ホールディングスの専務取締役としても忙しい日々を送っている。そんなとき、巨額の開発費をかけたP・R・I・S・Mシステムの譲渡を巡り、背反行為ではないかと社内から非難を受ける。その陰には、シュワルツローズと手を組んでカケルを追い落そうとする真田常務の姿が……

シュワルツローズでは今日も法月仁総帥の檄が飛ぶ。ひとりゴマをする高田馬場ジョージ。生徒たちにあまりに厳しい総帥や、調子に乗っているジョージを見て、The シャッフルの影のメンバーであり、ジョージのゴーストシンガーである池袋エィスは怒りを募らせる。そんなとき、ジョージのもとに幼なじみの少女・ミヨからメッセージが届く……。

いつもエーデルローズの食堂で、みんなに食事を振る舞う鷹梁ミナト。しかし、そんなミナトが急に実家に帰ることになった。民宿を営む母親がケガをしてしまい、長男であるミナトがしばらく兄弟たちの面倒をみることになったのだ。ミナトがいなくなったエーデルローズでは、彼のありがたさをみんなが身にしみて感じていた。

華京院学園の文化祭で行われる「華京祭ミスター＆ミススーパーコンテスト」。去年カヅキの優勝により奪還した王座を死守するため、エーデルローズ生は思い思いの格好でコンテストに臨もうとしていた。コンテストに向けて賑やかに準備しているみんなのもとに、突然レオの2人の姉たちがやってくる。姉たちからある相談を持ち掛けられたレオは……。

「PRISM.1」でのシュワルツローズとの対戦を前に、全ての歌を自分が作曲すると言い出した涼野ユウ。全知全能のゼウスである俺にすべて任せておけと自信満々の様子だったが、いっこうに曲ができあがる様子はない。気分を変え全員で歌を作るため、一同はきれいな海辺の島に合宿に出かける事に。

シュワルツローズのトレーニングルームでは、大和アレクサンダーが今日も筋トレに励んでいる。シュワルツローズの中でも、誰とも馴れ合うことのない孤高のアレク。そんな彼が、どうしてストリート系プリズムスタァを目指してショーをするようになったのだろうか？ 過去に思いをはせながら彼が向かった先には、意外な人物が待っていた。

ついにソロ演技はシンを残すのみ。いつもと様子の違うシンに言い知れぬ不安を覚えるエーデルローズの仲間たち。振り返ってみると、シンはみんなの前に現れた時から、どこか不思議なところがあった。シンとはいったい何者なのか？ 今、その秘密が明らかになる。

シンの凄まじいプリズムショーを見せられて、戸惑いを見せる観客たち。シンはふたたびステージに上がり、さっきのショーが不本意なものだったことを説明し、これからエーデルローズの7人でやるショーをぜひ見て欲しいと観客たちに訴えかける。果たして7人の煌めきは、みんなを笑顔にすることができるのだろうか!?