Pierre Vieira y Silvia de Alisia están en una misión en la ciudad de Arc para encontrar la reencarnación del "ala solar", y su objetivo actual es un huérfano llamado Apolo. Sin embargo, Shadow Angels atacó de repente a la ciudad, y Deava envía una unidad vectorial compuesta por Sirius de Alisia, Glen Anderson y Hong Lihua para lidiar con la amenaza.

Después de la batalla, Apolo ha sido detenido hasta que Deava pueda obtener más información sobre él. Mientras tanto, Sirius, Raika y Silvia salen a luchar contra más ángeles de sombra, pero surge problemas como llega otro querubín. Sin embargo, se revela que estos ángeles no son solo soldados, ya que este está controlado por un ángel de la sombra como Toma. Además, Toma tiene una conexión con la vida anterior de Apolo ...

Apolo entra en la escuela Element, donde entrena los elementos. Los nuevos reclutas, Apollo, Jun Lee y Tsugumi Rosenmeier, luego ingresan a un simulador de entrenamiento, y Apolo termina asociado con Silvia. En el simulador, los dos comparten accidentalmente un beso. Más tarde, los ángeles de la sombra aparecen una vez más, y Silvia, Sirius y Raika se dirigen a atacarlos. Sin embargo, Apolo accidentalmente termina en el vector de Silvia, y ahora necesitan cooperar para luchar correctamente.

En una reunión de Shadow Angels, Toma revela su plan de crear un mundo nuevo con la ayuda del ala solar. En otros lugares, en la escuela Element, los elementos hacen un ejercicio que incluye ser descalzo. Más tarde, cuando un ataque de ángel de sombra cancelable por la gravedad, su ejercicio demuestra ser muy útil.

Apollo quiere buscar a Baron, y falta tratando de buscar los vectores. Esto lleva al comandante a iniciar un ejercicio especial para los otros elementos: encontrar Apolo. Lo que no saben es que el ejercicio tiene un significado especial, que es trabajar juntos como equipo. Cuando Shadow Angels atacan más tarde, Apolo, Silvia y Pierre logran aprender esta lección, y vencieron a la bestia mitológica que ha aparecido.

Los elementos están haciendo el ejercicio de proyección de largo alcance de la imagen. En este ejercicio, van a hacer que su compañero, que estará a 1 000 metros de distancia, se dará la vuelta con su poder de imagen. Sin embargo, todos ellos fallan descaradamente. Aparte de eso, Sirius y Raika están desarrollando una relación más cercana, lo que hace que Silvia sea extremadamente celosa.

Después de un pequeño accidente, surge la tensión entre Sirius y Apolo. Más tarde, una bestia mitológica ataca a Memphis, y Sirius, Silvia y Sirius se dirigen al contraataque. Sin embargo, envía una luz brillante que hace que cada uno de ellos experimente flashbacks cortos y dolorosos. Cuando luego intentan unificarse, terminan tratando de matarse entre sí.

Jun y Tsugumi están preocupados por su primera unificación, y preguntan a Pierre y Reika respectivamente al respecto. Sin embargo, Tsugumi es muy vacilante cuando se trata de ir a una misión debido a sus poderes. Más tarde, cuando aparece un nuevo tipo de soldado de Kelbim, Jun, Apolo y Pierre son enviados para detenerlo; Pierre reemplazando a un tsugumi vacilante.

La titania de la bestia mitológica ha aparecido, y secuestra a los niños en sus sueños, lo que hace que nunca se despierten nuevamente. La mayoría de los elementos también son atrapados, pero algunos de ellos se despiertan nuevamente, y necesitan encontrar una manera de luchar contra esta bestia mitológica.

Ignorando las órdenes, Apolo el liderazgo y se une. Aparece el prototipo de ala, el nuevo modelo de querubín que inspiró la vida. El ala del juego ambas alas ([Moroha]) que aborda en el soldado de los querubines, el poder está insondable. Apolo la mano o el pie no sale en el ataque cuyas ambas alas son extremas, finalmente [Shiruvuia] debe la enfermedad grave. Comienza a vencer al Sirius que corre en Apolo, que creó la causa de la lesión [Shiruvuia].

Hong Lihua, mejor conocido como "Reika", se culpa a sí misma por el evento que la puso a ella y a la amiga de Sirius Glen en coma. Sus poderes de elementos, capaces de traer desgracia a ella y a las personas cercanas a ella, le causan mucho dolor, hasta que aprende a aprovecharlos en su siguiente batalla.

Los investigadores de Deava recuperan una misteriosa pluma fechada de 12,000 años antes, después de enterarse de ella, Apolo y Silvia se colan en el laboratorio donde está la pluma y al tocarla, tienen visiones del pasado que involucran a Apolonio y su amante humano Celiane.

Touma y su compañero Otoha lanzan un ataque contra Deava juntos para recuperar la pluma. Durante la batalla, Apolo logra finalmente reencontar al barón bajo la misericordia de Touma, solo para presenciar la muerte de su amigo cuando la jaula en la que está a la ala explota, para su desesperación.

Los ángeles de las sombras envían a un enemigo invisible que se demuestra más que un partido para los elementos. Apolo se une a la pelea, pero él y su vector desaparecen y Silvia comienza a darse cuenta de sus sentimientos por él y los usa para traerlo de regreso

Element Pierre Vieira entra en un estado peligroso después de enterarse de que su ex novia Esperanza está a punto de casarse, por lo que está prohibido temporalmente a Pilot Aquarion. Poco después, los Angelinos de las Sombras lanzan un ataque a la ciudad natal de Pierre y al enterarse de que sus camaradas están teniendo dificultades para luchar para protegerlo, recupera su compostura y se une a la pelea para proteger a su familia y amigos.

Los otros elementos sospechan que su camarada Rena Rune es en realidad un vampiro y una vez más Touma decide aprovechar la situación en una estratagema contra ellos.

Los Shadow Angels lanzan un microbio especial que devora todo el suministro de alimentos de Deava. Después de una semana de hambre y un asedio enemigo, Silvia, Tsugumi y Reika deciden luchar cuando se dan cuenta de que no por preocupación por sus vidas, sino también por su cuerpo también formas

Fudo realiza un ejercicio con los elementos que se hacen pasar por consecuencias hilarantes. Pronto aparece un enemigo que imita la apariencia y los poderes de Aquarion, y aún bajo la influencia del ejercicio, tienen dificultades para luchar como solían hacerlo hasta que finalmente aprenden a presentar el verdadero poder de sus propias personalidades.

Los elementos se ven atraídos por un extraño mundo ilusorio y mientras intentan escapar de él, Touma se acerca a Sirius, quien afirma que esconde su verdadero yo de los demás, mientras que Apolo se enfrenta a sus sentimientos por la pérdida de Baron.

Futaba, la más joven entre los Ángeles de las Sombras, lanzó un ataque contra el acuario, solo para ser capturado por los militares. Los elementos y los ángeles de la sombra escuchan en sus mentes los gritos de Futaba mientras los científicos militares experimentan con él, para ira de Touma.

Durante el próximo ataque de Touma, expone a los otros elementos la verdad sobre los orígenes de Silvia y Sirius. Aprovechando su conmoción por su revelación, Touma logra convencer a Sirius de abandonar a sus amigos y unirse al lado de los Ángeles de las Sombras.

Los elementos tienen dificultades para tratar de hacer frente a la deserción de Sirius, pero no le tarda mucho en aparecer ante ellos nuevamente, ahora como enemigo

La lucha de los elementos contra Sirius es interrumpida por los militares, quien envía una nueva máquina de lucha modelada en el acuario pilotado por Glen, quien se recuperó al implantar algunas de las plumas de Futaba. Sirius intenta convencer a Silvia de abandonar a los humanos y unirse a los ángeles de la sombra tal como lo hizo, pero Apolo interviene para disuadirla.

Una nieve de Mysterius cubre todo el mundo, convirtiendo a las personas en plantas. Silvia y Apolo tienen un tiempo de calidad juntos hasta que son interrumpidos por Sirius, que secuestra a Silvia. La nieve comienza a infiltrarse en la base de Deava obligando a los elementos a abordar el acuario y defenderse.

Tanto el acuario como los militares logran alcanzar la base de los ángeles de las sombras en Atlantis. Touma logra restringir el acuario y revela la verdad sobre las reencarnaciones de Apollonio y Celiane, antes de tratar de matar a Silvia y Sirius.

El plan de Touma para renovar el árbol de la vida usando el acuario falla. Cuando el árbol comienza a colapsar, el mundo entero comienza a separarse. Apolo, Sirius y Touma Board Aquarion y Sacrifice Sacrifese para salvar el planeta, pero no antes de que Apolo declare su amor por Silvia, prometiendo reunirse con ella en 12,000 años.