Eigentlich wollte sich Amata mit dem schüchternen Mädchen Mikono nur über den alten Film unterhalten, in dem sie sich zuvor kennengelernt haben, doch wird ihr Date schlagartig durch einen Angriff der Abductor unterbrochen. Diese Geschöpfe kommen aus einer fremden Galaxie, um Menschen zu entführen. Die Einzigen, die den feindlichen Invasoren aufhalten können, sind die Aquaria, riesige Kampfroboter, die entweder von Mädchen oder Jungen gesteuert werden. In all dem Chaos erwacht in Amata plötzlich eine neue Kraft, mit der er die verbotene Macht der mixed union herbeiruft, um die Feinde zu besiegen.

Aquarion激战以来1万2千年后——

跨越次元之门"异次元"过来的Abductor把人类拐走，受袭的人类生活在恐惧中。能对抗的只有称为"Aquaria"的合体兵器。其组成的3部Vector战机所搭乘的是学园"NEO DEAVA"所集中起来的Element候补生。但学园男女间因禁止恋爱而被墙壁各自相隔，男女间合体也被禁止。某天，隐藏Element能力孤独生存少年阿马塔，与少女御子乃命运相遇。危机面前就这么抱着少女乘坐Vector阿马塔，无意间叫出了！——被永远地禁止，那句话……

其真实姿态明了时，敌我的所有的改变始动。在恋爱禁止、男女合体禁止的状况下，《怀抱终结的神话》如今在此起动！

Douze mille ans après les événements de la Genesis of Aquarion, l'humanité sur la planète Vega est menacée par un nouvel ennemi de la planète Altair dont la population féminine a été anéantie par une mystérieuse maladie. Les Alteans en utilisant leurs "ravisseurs", envahissent les villes de Vega et kidnappent ses habitants à la recherche des femmes assez fortes pour survivre à la course inter-dimensionnelle du retour d’Altair Pour se défendre contre l'invasion, le Neo-DEAVA organisation établit deux équipes, l'une composée d'hommes seulement et l'autre de femmes, chacun pilotent leurs propres machines géantes appelées "Aquaria". Afin de protéger sa nouvelle amie Mikono, Amata Sora utilise son pouvoir dont il avait gardé dans le secret toute sa vie. Il va combiner les pilotes Vector avec son ami dans un seul robot, l'Aquarion géant légendaire va renaître une fois de plus.

12,000 years have passed in this world, the story of Apollon and Sylvie have become a children's story called "Skies of Aquaria". The "Abductors" Invaders from Altea come to Earth with only one purpose: they invade to harvest humans. DEAVA the Aquaria Academy exists to train men and women to use Aquaria, but they cannot ever merge because of Guize stones, these block an "unholy union" between genders. The story follows Amata and Mikono in their enrollment into DEAVA, and fight the Abductors.

アポロ、シリウス、頭翅の三人による「創聖合体」によって地球が救われてから、1万2千年後の世界。人類は「アルテア界」と呼ばれる異界から送られてくる巨大兵器「アブダクター」の脅威に晒されていた。アルテアでは「イヴの呪い」と呼ばれる現象によって女性が生まれなくなり、絶滅の危機に瀕した彼らは、種の存続のため地球（ヴェーガ）へと侵攻し女性を攫っていた。アブダクターと戦うために「ネオ・ディーバ」の所有する伝説の機械天使「アクエリア」によって対抗していたが、過去に起こった事故以来、男女エレメントによる合体は禁じられていたため、アクエリアの本来の力を発揮出来ず苦戦を強いられていた。

A estória de Aquarion Evol passará 12000 anos após a primeira série de televisão Aquarion em um cidade feita aos moldes de Hong Kong. Um novo elenco de personagens, pilotado um novo robô Aquarion, irá lutar contra inimigos de outra dimensão. Kawamori insinuou que os personagens podem ser reencarnações de Apollo, Silvia e outros personagens da primeira série.