La Terra risulta devastata da una catastrofe, denominata la "Grande Catastrofe", avvenuta undici anni prima, che distrusse una parte significativa del mondo ed uccise numerosi abitanti. La catastrofe fu accompagnata dallo scioglimento dei ghiacciai che ha riportato alla superficie Atlandia e con essa i suoi abitanti, gli Angeli delle Tenebre, una specie alata che era rimasta latente per 12.000 anni. Lo scopo di queste creature è quello di rapire gli esseri umani, chiamati con disprezzo Esseri senza ali, al fine di estrarne il prana, la loro bioenergia, indispensabile per la sopravvivenza ed il sostentamento degli Angeli delle Tenebre.

La popolazione mondiale si trova così a dover subire continui attacchi da parte delle Bestie mietitrici, ovvero enormi esseri capaci di catturare con estrema facilità gli esseri umani. Queste particolari macchine sono spesso accompagnate da giganteschi robot, chiamati Soldati Cherubim.

Contro questo potente nemico le armi convenzionali sono del tutto inefficaci, spetta quindi alla DEAVA, sotto il comando di Gen Fudo, proteggere l'umanità intera. La DEAVA grazie all'utilizzo degli ultimi ritrovati tecnologici e, soprattutto, alle Vector Machine ritrovate sul fondo dell'oceano, funge così da ultimo baluardo degli uomini.

I tre Vector, chiamati Vector Luna, Vector Mars e Vector Sol, sono in grado di unirsi dando origine all'Angelo Meccanico Aquarion, un gigantesco robot. I Vector possono essere pilotati solo da esseri umani speciali detti Element, dotati di poteri paranormali e con l'innata capacità di resistere ai poteri ipnotici che gli Angeli delle Tenebre esercitano sulle vittime al fine di catturarle facilmente.