어릴 적 친구인 나루에게서 이상한 꿈을 꿨다는 말을 들은 아오. 해변에서 운반업자 가젤을 만난 아오는 바다에 거대한 빛의 기둥이 나타나는 것을 목격한다.

오키나와에 나타난 수수께끼의 존재, 시크릿. 가젤에 이끌려 아오는 수송함 '시모키타'로 급히 향한다. 섬을 지키기 위해, 아오는 그곳에서 발견한 FP에 탑승한다.

동굴에 니르바쉬를 숨겼지만, 나루의 아버지에게 잡힌 아오. 연행된 아오는 카즈유키를 통해 자신의 출생과 관련된 비밀을 듣게 된다.

새로운 시크릿이 나타나자 팀 파이드파이퍼는 전투를 시작한다. 니르바쉬에 탑승한 아오도 전투에 나서지만, 곧바로 위기에 처한다.

팀 파이드파이퍼에 합류하기로 결심한 아오가 스위스로 향한다. 한편, 트리톤호에 몰래 탄 가젤 일행은 게네라시온 블루의 사장과 면회한다.

카리브해에서 시크릿과 접촉한 팀 골디록스가 연속적으로 격추된다. 구조를 가려는 아오 일행은 폭풍에 막혀 가까이 다가가지도 못한다.

게네라시온 블루의 본사 앞에 나타난 수수께끼의 인물, 트루스. 연속적으로 모습을 바꾸는 트루스는 경비원들을 물리치고 회사 내부로 침입한다. 그의 목적은 도대체 무엇일까?

트루스를 추적하려는 아오가 막힌다. 한편, 독재 국가 파이살 아라비아에 스카브 코랄이 나타난다. 아오 일행이 즉시 출동하지만…

일본 정부가 인위적으로 스카브 버스트를 일으키는 실험에 착수했다는 소식을 듣고, 아오 일행이 현지로 향한다. 그동안 가젤과 트루스도 일본으로 향하고 있었다.

미국에 스카브 코랄이 나타난다. 출동한 아오 일행은 정치적 장벽에 막혀 멕시코 쪽에서 대기하게 된다. 레베카는 애리조나 주지사와 협상에 나선다.

밀러의 신원을 추적하기 위해 미국으로 향한 가젤 일행. 한편, 아오 일행은 스카브 코랄이 나타난 호주로 간다. 그곳에서 다시 한 번 트루스와 조우한다.

인공 위성 궤도 근처에 스카브 코랄이 나타난다. 쿼츠의 축적지인 프로테우스호로 향하는 일행. 아오는 이번 상황이 이전과 달라 당황한다.

월광호에 탑승해 간신히 지구로 귀환한 아오와 에우레카. 월광호에 대한 조사가 진행되면서, 에우레카가 먼 미래에서 왔을 가능성이 제기된다.

트루스와 싸우는 에우레카와 아오. 바다 건너에서 나타난 빛의 기둥을 보고, 아오는 에우레카를 원래 세계로 되돌릴 방법을 생각해낸다. 하지만 그 전에 새로운 적이 등장한다.

인간형으로 진화하고 있는 시크릿과 그 대응에 쫓기는 팀 파이드파이퍼. 게다가 전 세계의 플랜트 코랄이 다시 활성화되기 시작하는 상황이 전개된다.

시크릿을 전멸시키기 위한 작전 '폴라리스'가 발동되지만, 아오는 고뇌한다. 한편, 나루는 스카브를 보호하기 위해 또 다른 니르바쉬로 전투를 계속한다.

아오가 발사한 쿼츠 건의 영향은 과거에까지 미치고 있었다. 쿼츠 건의 너무 강력한 힘에 당황한 아오. 한은 그에게 요한슨의 존재를 알려준다.

너무 강력한 쿼츠 건과 자신의 신변을 미국 군에 맡기기로 결심한 아오. 그의 결심에 마음이 흔들리는 플레어와 엘레나는 고민 끝에 어떤 행동을 취한다.

모회사 빅 블루 월드와의 결별을 결심한 블랑. 하지만 연합군은 게네라시온 블루가 보유한 쿼츠의 압수를 선언한다. 대립이 심화된다.

게네라시온 블루가 연합군에 포위되었다. 지하에서 폭발이 일어나면서 블랑과의 연락이 끊기고, 동요가 퍼진다. 그 상황에서 아오가 내린 결정은…

게네라시온 블루는 일본 군과 협력 체제를 확립한다. 일행을 떠난 엘레나는 연합군으로 향하는 한편, 나루의 곳에는 같은 코랄 캐리어의 사람들이 모이기 시작한다.

카논과 일체화한 트루스가 니르바쉬를 공격한다. 일어난 트라파의 거대한 파도에 휘말린 아오는 나루가 있는 스카브 코랄에 추락한다.

트루스의 카논에 의해 공격받는 오키나와의 마을. 나루의 안내를 받은 트루스는 스카브와 일체화한다. 나루의 제지에도 귀를 기울이지 않고 폭주를 시작한다.

니르바쉬 specV3에 탑승한 것은 스카브를 세계에서 제거하기 위해 나타난 아오의 아버지 렌톤이었다. 여러 가지 생각을 담아, 마지막 결단이 내려진다.