En el año 2015, aparecen en Tokio por segunda vez los Angeles, enormes y tremendamente poderosas máquinas de guerra ajenas a la Tierra. La única esperanza para la supervivencia de la Humanidad reside en los Evangelion, un robot luchador humanoide desarrollado por NERV, una agencia especial de las Naciones Unidas. Capaces de soportar cualquier ataque de los Angeles, el único problema de los Evangelion reside en que muy pocas personas son capaces pilotarlo. Solo un puñado de jóvenes son capaces de comunicarse con ellos, todos nacidos hace 14 años y 9 meses después de la primera aparición de los Angeles. Uno de estos jóvenes es Shinji Ikari, cuyo padre es el líder en NERV del equipo que ha desarrollado y mantiene los Evangelion. Lanzado a un torbellino de batallas y sucesos que no comprende, Shinji se ve obligado a buscar en su interior el coraje y la fuerza para no solo luchar, sino sobrevivir frente al riesgo de perderlo todo.