温泉街「箱根湯本」。裏山の源泉で「榛名との仲を進展すること」を祈る冬哉。ふいにお供え物のまんじゅうを源泉に落としてしまう。すると突然、源泉から一人の女の子が！「ハコネは源泉の主じゃ！」と言い放つ。ここに温泉の幼精、「ハコネちゃん」が降臨したのだ！

榛名の家である「春秋荘」に行くハコネ達。そこで、榛名の妹、亜季と出会う。ハコネが温泉の精霊であることを信じぬ亜季であったが、温泉でハコネの力を知る。更にハコネは、精霊の道具である秘密箱の力を見せるのであった。

春秋荘に宿泊したハコネを起こしにいく榛名と亜季。そこには、ぐっしょり濡れた布団が！恥ずかしそうなハコネは「饅頭の夢を見てしまい、よだれが…」と話し出す。寝ながら温泉を出す姿は「間欠泉！」と改めて温泉の精霊であることを実感する二人であった。

駅前で箱根のPRをする榛名達と観光大使となったハコネ。温泉精霊の力を使い、パフォーマンスをするハコネに大きな歓声が上がる。力を使いすぎたハコネは倒れてしまう。頑張るハコネに冬哉は、あるものをプレゼントするのであった。

春秋荘に突如現れた背の高い美女。ばったり出くわして固まる亜季！正体は、おっきくなったハコネだった。ハコネはおっきくなった自分の姿を見てもらおうと箱根の街に繰り出すのであった！！

春秋荘の横にオープンした巨大ホテル。唖然とする榛名と亜季の前に現れた女の子はホテルのオーナー、ミヤであった！ミヤは、ホテルのオープンイベントを開催する。ステージ上でのミヤの歌声に、お客さんは大歓声！！お客を取られると思った榛名達はハコネちゃんを売り出して人気を取り戻そうとするが……。

ミヤに温泉プールに誘われた冬哉達。怪しむ冬哉だが榛名の水着姿に浮かれてすっかり忘れて楽しんでしまう。油断したところに、ミヤが温泉をあやつり流れるプールにしてしまう！反撃に出ようとしたハコネ達に、今度は猿の大群が現れた！？

観光大使としての仕事で地獄谷を訪れたハコネ達。亜季がいたずらでハコネを怖がらせようと、今でも地獄谷に鬼が住んでいると迫る！パニックになったハコネは走り出してしまう。逃げ出した先で助けを求めたのは、箱根を代表するあのキャラ？？

お珠ヶ池の茶屋で一休みしているハコネちゃん達。冬哉がハコネに、池の脇にある石碑に纏わる怪談話を披露する。なんでも関所破りに失敗した女の幽霊が出るんだとか。でもそんな話をしている冬哉の後ろに……。

強羅公園でアシノコとゴウラがお茶をしながら今後の作戦を考えていると、ハコネちゃん達がやってきた。強羅公園はゴウラのフィールド！のんきに散歩している姿に怒ったゴウラが温泉を吹きかけてハコネちゃん達を追い詰める。

春秋荘にやってきたミヤ。温水プールでの一件から冬哉の事が気になり落ち着かない。ミヤは、ほかの温泉精霊について冬哉の為に説明する事になった。そのときハコネが精霊の力の源である神社に行く事を思いつき芦之湖に向かう事に……。そこには鉄甲船！？

本箱根に向かう船上で景色を眺めるハコネちゃん達。船室への帰り道が大混雑！ミヤが秘密箱で解決しようとすると、ゴウラとアシノコが現れて秘密箱を奪ってしまった。二人の目的は箱根の温泉精霊を仕切ること！？