Nachdem er Last Order gerettet und dafür eine Kugel in den Kopf kassiert hat, ruht die hochrangigste Esper der Bildungsstadt im Krankenhaus. Doch Accelerators Weg zur Genesung wird jäh unterbrochen, als ein mysteröses Mädchen mit einem Foto seiner geklonten Gefährtin um seine Hilfe bittet. Alsbald stehen sie Disciplinary Action gegenüber – eine Vereinigung, die gegen das Böse vorgeht, und deren finstere Pläne Last Order, die Bildungsstadt und gar die ganze Welt bedrohen!

位于东京西部的巨大“学园都市”。在总人口达230万人，其中约8成是学生的这座都市中，实施着超能力开发的特殊课程，学生们的能力被给予从“无能力Level 0”到“超能力Level 5”的六阶段评价。在这样的学园都市君临能力者顶点的最强能力者·一方通行。他在仅有7人的“超能力者”当中也以远超其他人的能力位居第一，也因为这种力量而过着充满杀伐的日常。不断重复、脱离常轨的“实验”，以及在追求绝对力量的最后品尝到的败北。在那之后，随着与一位少女，最后之作的相遇，他的命运产生了巨大变化。最强而最凶的“恶”，一方通行，扫平学园都市的“黑暗”！