Fujimaru e Mash são enviados a Uruk, na Era dos Deuses, para finalmente cumprirem sua missão de restaurar a humanidade, e corrigir as perturbações temporais. Mas nada será tão fácil.

Fujimaru e e Mash encontram-se com Merlin, o famoso e poderoso mago de Avalon. Ele se oferece para conduzir a dupla para uma audiência com o infame e poderoso Rei Gilgamesh.

Gilgamesh concede uma audiência e Fujimaru e Mash, para que se resolva a a questão do Santo Graal. Mas entre a invasão repentina de Ishtar, uma das deusas de Uruk, espíritos da morte e... trabalhos no campo, parece que não será tão fácil assim convencer o grande rei a colaborar.

Fujimaru e sua equipe recebem sua primeira missão direta do rei Gilgamesh: ir até a cidade de Ur, e entender o que está acontecendo com o povo de lá.

O rei Gilgamesh decide acompanhar Fujimaru e Mash em uma jornada para investigar a qualidade da água do reino - e no caminho, pede histórias para se manter entretido.

Fujimaru, Mash, Merlin e Ana recebem uma nova missão, diretamente de Gilgamesh: ir até a cidade de Kutha, e encontrar uma placa onde estão escritas visões do rei.

Enquanto Leônidas e seus espartanos continuam defendendo a muralha norte, Fujimaru, Merlin e Mash recebem a missão de seguir até a cidade de Nippur, salvar qualquer cidadão que tenha sobrevivido.

Fujimaru, Mash e Merlin econtram-se cara-a-cara com Tiamat, a mãe das feras que têm atacado a Babilônia. Sua última esperança reside nas tropas do Rei Leônidas, e nos feitos heróicos de Ushiwakamaru.

Gilgamesh decide que, para vencer a Górgona, é necessário lidar com as três deusas numa ordem específica - e a primeira delas, Ishtar, deve ser recrutada para o lado deles custe o que custar. O rei de um plano na manga.

Ishtar entra para as forças do Rei Gilgamesh, graças aos esforços de Fujimaru. Agora eles se focam em sua primeira grande tarefa: descobrir a identidade e os poderes da terceira das Deusas.

Com novas forças ao seu lado, Fujimaru está determinado a vencer Quetzalcoatl. Enquanto isso, a deusa do Sol parece que só está interessada numa luta o mais divertida possível. Enquanto isso, o rei Gilgamesh...

De todas as formas possíveis de morrer, o Rei Gilgamesh deixou se afetar justamente pelo estresse do trabalho. Agora, cabe a Fujimaru, Mash e Ishtar viajarem até os domínios da deusa Ereshkigal para trazer o monarca de volta.

Fujimaru, Mash e Ishtar tentam tirar Ereshkigal da Aliança das Três Deusas, trazê-la para seu lado, e ao mesmo tempo recuperar a alma do Rei Gilgamesh.

Gilgamesh e seus aliados fazem um plano elaborado envolvendo o Machado de Marduk, para tentarem derrotar Gorgon.

Fujimaru, Mash, Ana e Ishtar dão tudo o que têm no seu confronto final contra Górgona, e a aventura dos agentes de Chaldea na Mesopotâmia parece estar perto do fim. Mas talvez esse fim esteja mais longe do que parece.

Um exército de criaturas chamadas "Lahmu" começa a atacar toda a Mesopotâmia - incluindo Kingu. Mas essa não é a maior preocupação de Fujimaru, ao passo que um antigo companheiro volta diferente do mundo dos mortos.

Parecia que Tiamat tinha sido finalmente derrotada, mas não é bem assim. Agora, os heróis de Uruk precisam de um novo plano de emergência para impedir que a história humana deixe de existir.

Uruk está com os dias contados. O rei Gilgamesh cria um último plano com Fujimaru e os agentes de Chaldea para que, pelo menos, uma pessoa sobreviva e carregue adiante a cultura da Mesopotâmia.

Tiamat cai no mundo dos mortos, mas acaba se transformando em uma criatura ainda mais terrível que ameaça não mais destruir o mundo, e sim reescrever toda a realidade. A aliança de heróis e deuses prepara-se para fazer o seu sacrifício final.

Fujimaru e seus amigos finalmente conseguiram derrotar a Beast, ainda que à custa de grandes sacrifícios. Agora só resta aos heróis se despedirem por uma última vez, antes de retornarem para seus lares e encararem o resto de seus destinos.