人理续存保障机构·迦勒底，对于仅凭魔术无法看见的世界，仅凭科学无法计算的世界进行观测，为了让已被证明会灭亡于2017年的人类史存续下去，日夜持续着活动。

人类灭亡的原因，是在历史上数个地点突然出现的“无法观测领域”——“特异点”。

迦勒底唯一残存的御主·藤丸立香，与亚从者玛修·基列莱特一同介入这些特异点的事象，从而执行将其解明或破坏的禁断仪式——“圣杯探索（Grand Order）”。

这一次新发现的是第七个特异点——纪元前2655年的古代美索不达米亚。由结束了不老不死灵草的探索的“天之楔·贤王吉尔伽美什”所统治，以繁荣而自豪的乌鲁克之地，在三柱女神及众多魔兽的蹂躏下面临灭亡的危机。以及，通过前往过去的时间旅行——“灵子转移”而到达乌鲁克之地的藤丸与玛修，所遇到的是阻挡住魔兽猛攻的要塞都市·绝对魔兽战线，以及人们那即使暴露于威胁之下仍然拼命求生的样子。袭来的诸神与魔兽。以及对其反抗的人类——

这里是人与神分道扬镳，命运的时代。跨越了六个探索（Order）的两人——藤丸与玛修所挑战的最后一战开始了。

人理継続保障機関・カルデアは、魔術だけでは見えない世界、科学だけでは計れない世界を観測し、2017年で絶滅することが証明されてしまった人類史を存続させるため日夜活動を続けている。人類絶滅の原因、歴史上のさまざまな箇所に突如として現れた「観測できない領域」――“特異点”。カルデアに唯一残されたマスター・藤丸立香は、デミ・サーヴァントのマシュ・キリエライトとともにこの特異点の事象に介入することで、これを解明、あるいは破壊する禁断の儀式――“聖杯探索（グランドオーダー）”を遂行してきた。今回、新たに発見されたのは七つ目の特異点――紀元前2655年の古代メソポタミア。不老不死の霊草の探索を終えた、“天の楔・賢王ギルガメッシュ”が統治し繁栄を誇ったウルクの地は、三柱の女神と数多の魔獣による蹂躙で滅亡の危機にあった。そして、過去への時間旅行――“レイシフト”によってウルクの地に辿り着いた藤丸とマシュが出会うのは、魔獣の猛攻を食い止める要塞都市・絶対魔獣戦線と、脅威に曝されながらも懸命に生きる人びとの姿だった。襲い来る神々と魔獣。そして、それに抗う人類―。そこは人と神が袂を分かつ、運命の時代。六つの探索（オーダー）を駆け抜けてきた二人――藤丸とマシュが挑む最後の戦いが始まる。