日本外交官黑田康作受上司安藤庸介保护国人的秘密命令，在世界各地为工作奔走，解决了南美发生的日本人绑架案之后，黑田的下一个目的地是圣弗兰西斯科，目的是保护为参加WTO农业交涉会议在外访问的外务副大臣观上祥子。　　来到圣弗兰西斯科之后，黑田先确认了会议的竟被状况，又去和情报屋见面，询问FBI的行动，之后又去和外交官霜村毅见面。11年前，黑田曾和霜村一起在墨西哥的领事馆工作，关系很好，分别之际，霜村还给黑田留下了“对不起”的一句意义不明的话。　　与此同时，日本发生了一件大学教授被杀案件，尸体的第一发现人是刑警大垣利香子，她对上司说现场情况有些怪，但没人听她的意见。有人想在农业交涉会议袭击祥子，但多亏黑田没能得手，他怀疑有内奸，于是单独在事件现场进行调查。祥子到美国之前曾有些麻烦，外务省因为牛肉出口制度遭到民众批评。另一方面，教授被杀事件也凭借足迹、指纹等找出了嫌疑犯，嫌犯正是霜村。

　　黑田康作听大垣利香子说曾偶然在墨西哥大使馆见到过霜村毅本人，于是黑田怀疑他其实还活着。黑田拜托观上祥子，希望借助她外务副大臣的特权到墨西哥大使馆进行调查，可是对方却指出只凭利香子的目击这一点就行动绝对不行。　　利香子来到瑠衣家中，看到了君岛佑太朗的照片，佑太朗是瑠衣的一位前辈，中学、高中都在同一所学校。就在这时，瑠衣的手机突然接到一封邮件，但不知道发件人是谁，都是暗示霜村事件的内容，瑠衣告诉利香子从美国回来之后不仅会收到这样的邮件，在路上也总感觉有人盯着她。　　从瑠衣家出来之后，利香子马上去见黑田，黑田正在墨西哥大使馆附近一家宾馆监视出入大使馆的人。利香子希望黑田告诉瑠衣霜村还活着，黑田也认为应该让她知道霜村有可能还在人世。佑太郎被柏田勉抓住把柄敲诈，柏田不仅要钱还让佑太郎介绍瑠衣给他认识，他走投无路关了手机，谁知手机却突然被人抢走。

　　就在黑田康作调查霜村毅的行踪时，一起新的杀人案发生了，霜村的女儿瑠衣的前辈君岛佑太郎一直受柏田勉胁迫，而这个柏田勉不知被什么人给杀了。正好在案发后现场的黑田和大垣利香子都发现了很多问题，黑田受观上祥子之命，保护厄立特里亚国公主萨拉的安全，而利香子却不得再参与柏田事件的调查。　　其实，黑田和萨拉早就认识，以前黑田曾在厄立特里亚解决国人诱拐事件，在被害者中就有不曾公开身份的萨拉。当时自由奔放的公主至今也没有改变，到日本虽然举行了仪式，但之后的预定萨拉全部取消了。就在这时，自由作家佐佐木蓝子来找黑田采访有关霜村的案件，黑田直接拒绝了，但蓝子却留下了一些暗示。　　第二天，黑田接到电话说萨拉擅自离开了宾馆，而且黑田还接到消息说，出入墨西哥大使馆的鲜花店打工店员曾运送过霜村。黑田不能采取行动，只能拜托利香子追查霜村的下落。

　　黑田康作决定帮助厄立特里亚国公主萨拉逃跑，黑田大略知道日本计划要和厄立特里亚国签订合约建造发电站，萨拉很自然地保护自己的国家，拒绝在计划书上签字，黑田非常尊重她的意见。只是事态最终发展到有警察介入，所以才出现了萨拉失踪引发大骚动。由于被警察追查，黑田拜托大垣利香子才得以突围，与此同时，厄立特里亚国出现新政权，发电站的建设计划也终止了。　　黑田和萨拉一起来到观上祥子的外务副大臣室，等萨拉和前来迎接她的侍从以及保镖离开后，祥子开始责怪黑田。就在此时，祥子的秘书悠木圭一带来了新消息，媒体曝光了公主失踪和发电站计划不完备，以及参与这个计划的日本政治家和承包商之间的关系等不少内幕，但是外务省保护了公主，也阻止了这个不正当计划的进行，因此祥子没有了追究黑田责任的理由。　　萨拉回国之后，黑田跟随祥子手下工作，另一方面，独自追查大学教授被害事件的利香子接到警视厅新居田一彦管理官的命令，要去监视黑田。

　　黑田康作从佐佐木蓝子那里了解到，与霜村毅相关的一系列案件的背后可能都和药害诉讼有关，药害事件是所有一切的起因。为了查明这个线索是否属实，黑田来到制药厂的新品发布会去见当时的被告吉村进社长。然而，激村已经在洗手间被杀害了，黑田被霜村用手枪指着，而且对方还威胁他不要再插手这起案件。霜村说十一年前那起事件里妻子伦世根本不是被子弹误伤，而是被人故意枪杀，他留下这句话之后就逃走了。　　霜村走后，黑田开始探究他话里的真正含义，他又注意到了一个新问题。吉村被杀害之后，会场很快就聚集了不少刑警，警方出动如此迅速不免让人起疑，黑田担心有人向警方泄露了情报，于是断绝了和大垣利香子的联系。黑田与安藤庸介见面，从一些极其机密的文件里找到了伦世的验尸报告，他发现里面隐藏着让人意外的事实。

　　在黑田康作调查有关霜村毅的一系列杀人案背后，与总公司设立在美国的布莱顿制药的一种药物阿特龙诉讼问题有牵连。大垣利香子已经快要找出事件的真相，可是她却被山路贵繁袭击了，而且这个袭击者的儿子也是因为阿特龙的副作用死去了。　　黑田认为除了山路，霜村一定还有其他同伙，他在利香子的陪同下一起来到佐佐木蓝子的公寓，蓝子的妹妹同样是因为阿特龙的副作用离开了人世。可是蓝子家已经有人先到了，新居田一彦管理官带着人到她家里搜查。新居田希望大家能合力解决案件，黑田告诉他，看似和诉讼问题没有关系的柏田勉被杀肯定是被人灭口了，但是黑田和新居田都没有坦白自己所掌握的全部线索。　　离开公寓之后，黑田拜托利香子继续帮忙调查，一方面她要去调查君岛佑太郎身边的人，另外她还要找出和山路关系很好的、有前科的朋友。黑田有种预感，霜村应该很快就要有新的行动。

　　黑田康作和大垣利香子找到了霜村毅的藏身地，可是在瑠衣的阻碍下还是让他逃掉了，之后瑠衣和君岛佑太朗也消失的无影无踪。黑田被齐藤修助外务大臣叫去，大臣命令他停止对霜村毅相关案件的调查，但是，黑田却拿到了西园寺守独自找出的霜村的报告，再次展开调查。　　此番开始调查黑田接触了新居田一彦管理官，新居田被公安方面剥夺了指挥权，但是他暗地里拿了合同搜查给黑田。新居田把被捕的山路贵繁的供词告诉黑田，还说霜村下一个行动时间是布拉德日本新经营团队公布时。黑田联络利香子，让她在行动之前找到瑠衣和佑太朗，于是利香子开始追查他们的藏身地。　　在经营阵容发表当天黎明，黑田接到约翰的联络，对方委托他接受新的调查。与此同时，利香子从教会的修女那里得到了瑠衣他们的目击情报。

　　黑田康作在齐藤修助外务大臣的外交会议会场等候室，请求他答应自己去说服把矢田部诚一郎原内阁总理大臣当做人质的霜村毅，会场被用枪指着观上祥子外务副大臣的悠木圭一和佐佐木蓝子占据了。另一方面，大垣利香子和瑠衣正在医院照看被送去治疗的君岛佑太朗，瑠衣觉得是因为自己佑太朗的病情才会恶化，她觉得很自责。　　霜村追究矢田部的责任，他明明知道危险性还是向国内输入阿特龙，霜村要把这件事公之于众，另外他还追问矢田部，他的妻子伦世在十一年前日本大使馆发生的一件事中死去，问矢田部是不是隐瞒了妻子的死因，可是对方虽然承认自己与阿特龙事件有关，可是对于伦世的事他坚称不知情。就在霜村打算从会场带走矢田部的时候，黑田总算得到了齐藤外务大臣的许可。

　　根据黑田康作的调查，政府打算用逮捕佐佐木蓝子来了结霜村毅和悠木圭一的死，而且还不对外透露因阿特龙而愤怒展开恐怖活动的内幕。一周之后，安藤庸介让黑田回到国内恐怖事件对策室，重新做以前的工作，但是黑田却无法认同这次事件的处理。　　黑田已经找到了阿特龙诉讼的幕后黑手，他接到鸭下佑司的联络，对方说十一年前霜村的妻子伦世在大使馆事件中牺牲，她的死亡检查书正是鸭下吩咐当做绝密处理，而且鸭下和西园寺守都提出协助黑田调查。　　黑田请大垣利香子帮忙调查近期施行的联合国儿童会场警备体制，但利香子却因为霜村他们的牺牲打算辞职，拒绝了黑田的要求，但是她听到霜村给瑠衣的留言之后，想起曾和瑠衣约好要好好调查这件事，所以她决定主动帮助黑田，借新居田一彦的手拿到了会场的图纸。而且黑田还通过交换情报得知大使馆事件的真相。