アザリーの行方を知るため、ウィノナの案内で領主の待つ≪最接近領≫に向けて旅をするオーフェン一行。道中、オーフェンを追って来た義姉レティシャやボルカン、ドーチンと再会。さらに≪最接近領≫の調査のため王都メベレンストから派遣された魔術士集団≪十三使徒≫のイールギット、シーク、カコルキストと遭遇。そして一同は、謎の地人種族の軍勢に襲撃される。軍勢の長は地人種族の伝説、銀月姫！

銀月姫の軍勢を撤退させるオーフェンたちと≪十三使徒≫の三人。そしてオーフェンはこの土地で起きている異変の正体を察する。それは大陸に蓄積された過去の記憶が具現化する、ゴーストと呼ばれる現象だった。一同は現象の発生する核心を探すため、二手に分かれて軍勢と対することに。古代の戦場跡を舞台に、現代の魔術士と蘇った伝説の軍勢の戦いが始まった！

ついに≪最接近領≫に辿り着くオーフェン。しかしクリーオウ、マジクとウィノナは姿を消した。別行動になった≪十三使徒≫のシーク、カコルキストの真の目的は領主アルマゲストの暗殺だった。さらには恐るべき謎の暗殺者が潜入していた。それぞれの持つ役割が交錯し、領主の館の庭園は凄惨な戦場と化す。領主は予言する、六人が死ぬと……。

夜の庭園で展開する死闘。イールギットが、レティシャが、混戦の末に倒れてゆく。オーフェンが領主の部屋に向かうと、そこには領主の死体が転がっていて、傍らに巨体の聖服の男が立っていた。男は「ドッペル・イクス」の一人、ジャック・フリズビー。密かに侵入し、闇に紛れて邪魔者を狩っていたのだ。オーフェンはかつてない強敵と対峙する……！

≪最接近領≫の凄惨な戦闘から一夜が明けた。だが領主の館では、昨夜ジャックに殺されたはずの領主アルマゲストが平然と生きていた。クリーオウとマジクは無事だったが、まるで洗脳されているかのように領主に付き従う。領主とダミアンの言動には不信感しかなく、不明瞭な状況にオーフェンは苛立ちを隠せない。そこに新たな襲撃者が迫り……。

領主アルマゲストは、レキと盟約を結んだことで≪最接近領≫と≪聖域≫の力関係が変わると語り、それまでオーフェンたちは館で待つことに。

だが侵入者によってウィノナが重傷を負う。そしてロッテーシャの前に現れる侵入者、それはエドだった。エドは≪聖域≫に行ったことでロッテーシャの謎が解けたと告げ、彼女を≪聖域≫に連れてゆこうとする。そこにダミアンが現れ、裏切り者となったエドと対決する……！

領主アルマゲストは語る。予言された大災厄は十三日後。かつてアザリーが結界の外に押し出した女神が、≪聖域≫に降臨してキエサルヒマ大陸を滅ぼす日が迫っていると。その時、ディープ・ドラゴン種族の群れが≪最接近領≫に集結する。領主とレキの盟約では、レキが新たな長となりディープ・ドラゴン種族を率いて≪最接近領≫に味方することで、≪聖域≫を圧倒するはずだったが……。

オーフェン一行は道中、プルートー率いる≪十三使徒≫と遭遇し、共に≪聖域≫を目指すことに。一方、ロッテーシャを連れて≪聖域≫に戻ったエドは、女神を殺せるといわれる魔王スウェーデンボリーを召喚する「第二世界図塔」を起動させようとしていた。起動は領主でなくロッテーシャでも可能と知って、エドは≪最接近領≫を裏切ったのだ。そしてアザリーの導きで、レティシャとハーティアも≪聖域≫に進入する……。

オーフェン一行と≪十三使徒≫は≪聖域≫を目前にしながら、≪聖域≫の魔術によって行く手を阻まれる。一方、≪聖域≫内では管理者である司祭と、レティシャとアザリーが交渉していた。アザリーは「イスターシバの盟約」を持ち出す。それは二百年前、≪聖域≫の司祭イスターシバとチャイルドマンの間で交わされた、女神に対抗できる「後継者」を見いだして大陸の命運を委ねるという盟約だった……。

プルートーは≪十三使徒≫の一部隊とクリーオウ、レキ、領主を引き連れて≪聖域≫内に攻め込む。クリーオウは悩みを抱えながらも何も言わずに行ってしまった。残されたオーフェンたちはレッド・ドラゴン種族の襲撃を受ける。敵の中にジャックの気配を感じ取ったオーフェンは、最強の敵に単身で決戦に挑む！一方、エドは「第二世界図塔」を制圧し、魔王召喚の準備を進めつつあった……。

迫る大災厄の刻限。≪聖域≫上空には今にも侵入しようとする女神の姿。「第二世界図塔」を起動できる術者であるロッテーシャ、領主アルマゲスト、アザリーが集い、魔王召喚の準備が整う。だが領主はエドに、魔王の力を得るに相応しい唯一の者である証明をするよう要求。エドとオーフェンは「後継者」の座を賭けて対峙する！キエサルヒマ大陸の命運を賭けた、オーフェンの選ぶ結末とは――。

結界の消滅から一年……。キエサルヒマ大陸を統治していた貴族連盟は大陸魔術士同盟と対立、これに端を発して大陸各地は混乱の一途を辿っていた。オーフェンは騒乱をもたらした重罪人として指名手配されていた。マジクはイザベラに師事している。エドは姿をくらました。そして、クリーオウはレティシャの下で一年間の修業を終え、秘めた想いを胸に旅立つ――。