Savant sendromlu deha Ali Vefa’nın en büyük hayali doktor olmaktır. Engeline ve karşılaştığı bütün önyargılara rağmen tıp fakültesini bitirmiş, stajını tamamlamış ve geriye sadece ihtisas yapmak kalmıştır. Yaşadığı taşra şehrinden ayrılır ve manevi babası Adil Erinç’in Başhekimi olduğu İstanbul Berhayat Hastanesi’nde Cerrahi Bölüm Asistanı olarak işe başlamak üzere yola çıkar.

İlk resmi iş gününde hata üstüne hata yapan Ali’yi Ferman hizaya getirmeye uğraşır; oysa kendisi de gizli bir derdin pençesindedir. Ama Ali, Ferman’ı dinlemez ve hastanede tansiyon yükselir. Nazlı, Ali’ye hastane içinde ve dışında yardımcı olmaya çalışır. Ve Beliz’le Adil yolları ayırmanın eşiğine gelirler.

Yeni hayatına uyum sağlamaya çalışan Ali acı bir ders alır ve ihanete uğradığını hisseder. Genç bir çiftin doğmamış çocukları hakkında verecekleri karar hastanede hukuki bir savaş başlatır ve kurulu ikiye böler. Zaman süratle daralırken Ferman’la Beliz aşılmaz bir uçurumun eşiğine gelirler.

Ali ve Nazlı bir karaciğer nakli operasyonu için başka bir hastaneye donör organı almaya giderler. Ancak yolculuk hiç Nazlı’nın beklediği gibi başlamaz ve süratle felakete dönüşür. Hastanede Beliz, nüfuzlu bir hastanın ameliyatını garanti altına almak için Ferman’ı Tanju’nun ameliyatına sokmaya çalışır. Bütün üst kademe birbirine girer ve Açelya’nın kıskançlık krizi sonunda Ali’ye patlar.

Ferman gizemli bir yolculuğa çıkar. Onun yokluğunu fırsat bilen Tanju asistanları hizaya sokma kararı alır ve Ali’ye ilk kendi vakasını verir. Vaka, Ali için kişisel bir boyut taşır. Bu vaka uğruna Ali tekrar başını belaya sokmayı göze alır. Öte yandan hastaneye yayılan bir dedikodu, Nazlı'nın umutlarını yeşertecektir.

Koltuğunun sallandığını hisseden Tanju bütün ekibe ceza verir ve herkes acil nöbetine kalır. Bir zincirleme trafik kazası, acili kaosa boğunca her asistan kendi vakasını üstlenmek zorunda kalır. Demir köşeye sıkıştıkça sıkışır. Ferman ise hastanede çıkan dedikoduların önünü almaya çalışır. Ali, bütün bu koşturmacanın sonunda, kendisiyle ilgili yeni bir şey öğrenir.

Ali, yeni duygularıyla baş etmeye, tanımaya çalışmaktadır. Tanju, acil gecesinin vakalarını araştırmaya başlar ve sebep olduğu ölümle zaten yüzleşemeyen Nazlı’yı iyice köşeye sıkıştırır. Kıvılcım, hastaneden kovuluşunun intikamını almak için Ferman ve Beliz’in kucağına imkansız bir vaka bırakır. Açelya dipsiz bir hayal kırıklığına uğrar ve Tanju’yla Kıvılcım, Ali ve Adil’den kurtulma planını yürürlüğe sokar.

Ali, markette yaşadığı olay karşısında hissizdir. Oysa tecrübe etmesi gereken yeni duygular vardır. Nazlı ona farkında olmadan yardım eder ama onun da başında büyük bir dert vardır; Tanju'nun gözetiminde, bir saldırganı tedavi etmek zorundadır. Bunu yaparken geçmişiyle yüzleşir. Günün sonunda, hastanede bir kez daha kozlar paylaşılacaktır.

Ali sonunda aradığı bisikleti bulur. Ama Adil bu bisiklet fikrine hiç sıcak değildir. Hastanede işler karışıktır zaten; hakkında iki şikayet birden yapılınca yönetim kurulu acil gündemle toplanmaya karar vermiştir ve konu Ali’nin hastanedeki geleceğidir. Diğer tarafta Ferman eski bir hastasına yardım etme fırsatı yakalar ve Tanju’nun hastası da zor bir seçimle karşı karşıya kalır. Herkes pişmanlıklarıyla yüzleşirken yönetim kurulu Ali için toplanır.

Ali patolojiye alınmaktan mutsuzdur. Nazlı onu cerrahiye döndürmek için elinden geleni yapar. Ama Ferman aldığı kararın dimdik arkasında durur, Adil Hoca da başka bir şeyi amaçlayarak sessiz kalır. Bir hastanın ailesi Ali’yi ameliyatlarında isteyince beklenmedik bir cerrahiye dönme fırsatı doğar. Ancak her şeyden önce, hangi bölümde çalışırsa çalışsın, Ali’nin hayatla ilgili alması gereken bir ders vardır.

Ali, zor da olsa patolojiye alışmaya çalışmaktadır. İşin kötüsü; artık Nazlı da onun cerrahiye geri dönmesine yardım etmeyecektir. Aynı sırada bütün cerrahi ekibi, olağanüstü boyutlarda bir tümörü olan bir hasta için seferber olur. Ama adamı öldürmeden tümörü çıkarmak imkansız gibidir.

Nazlı için karar anı gelip çatmıştır. Acil gecesi yanlış entübe ederek ölümüne sebebiyet verdiği hastayı araştırmak için bakanlık tarafından görevlendirilmiş bir heyet hastaneye gelir. Adil’in Nazlı’yı koruma çabaları çabucak boşa çıkar. Ambulans şoföründen başhekimine hastanedeki herkes topun ağzındadır. Nazlı’yı kurtarabilecek tek savunmaysa Ferman’dadır.

Yavaş yavaş ilerleme kaydeden Ali’nin önünde şimdi büyük bir engel vardır; Adil’in de desteklemesiyle Ali sonunda birine dokunmaya karar vermiştir. Ama bu iş kesinlikle göründüğü kadar kolay değildir. Diğer tarafta Ferman’la ilgili hayal kırıklığına uğrayan Beliz bir yolculuğa çıkar. Ferman bakımını üstlendiği vakayı fazlasıyla kişiselleştirir ve Ali’yle tam bir çıkmaza girerler.

Ferman’ın sırrını öğrenen ve onunla hiç kimseyle yakınlaşmadığı kadar yakınlaşan Ali yeni abisini bulduğunu sanır. Ama Ferman ondan bütün öğrendiklerini kendine saklamasını ister. Gerçeği söylememek Ali için zaten zorlu bir görevdir; bir de üstüne Nazlı ve Adil onu Ferman’la aralarında geçenler hakkında sorguya çekince iş iyice içinden çıkılmaz hale gelir.

Berhayat Hastanesi’nde iki yenilik vardır. İlki; Kıvılcım’ın hazırlıklarını Beliz’den gizli yürüttüğü bağış gecesinin balosu sonunda gelip çatmıştır. İkincisi; özel bir vakada uzmanlık sunmak için hastaneye gelen Doktor Ela’dır. Ali, yabancı insanların arasına girmekten çekinir ve baloya gelmek istemez. Ama Kıvılcım’ın planı uyarınca Tanju, Ali’yi baloya gelmeye zorlar.

Balo gecesi Ali’yle dans ettikten sonra Nazlı, sonunda, ona karşı hisleriyle yüzleşmek zorunda kalır. Ama bu herkes için göründüğünden çok daha zor bir iştir. Ali, Nazlı’daki tavır değişimine bir anlam veremez ve bocalamaya başlar. Bir de üstüne Nazlı’ya beklenmedik bir talip çıkınca iş iyice içinden çıkılmaz hale gelir.

Demir’den aldığı aşk taktikleriyle Ali, Nazlı’ya karşı ilk kez atak oynamayı dener ama bu çok fena ters teper. Öte yanda Ferman’la arası düzelen Beliz, bağış gecesinin hasılatını bir hayır işi için kullanmaya karar verir. Kıvılcım buna karşı çıkınca hastanenin kontrolü için savaş yeni baştan başlar.

Ali, Nazlı’yla geçirdikleri lunapark gecesini Ferman’la paylaşmak ister ama Ferman, Ali’nin teklifsiz samimiyetinden rahatsız olur; bir de üstüne asistanları kaytarırken yakalayınca herkesi sınav yapmaya karar verir. Diğer tarafta daha yeni ayrılmış yapışık ikizlerin durumu süratle kötüye gitmektedir. Asistanlar bir yandan Ferman’ın sınavına hazırlanır bir yandan ikizlerin durumuna çözüm bulmaya çalışırken Cerrahi Bölüm’ün maskotu, sekiz yaşındaki Betüş, hastaneye belki yirminci yatışını yapar.

Bir sır yüzünden Betüş’ün ameliyatı yapılamaz ve Adil kurul toplamak zorunda kalır. Bu sırada acile kahramanlık yapmaya çalışırken ağır yaralanmış bir adam gelir. Ama adamın sakat kalmasını önleyecek bir prosedür henüz icat edilmemiştir. Ferman yine de vazgeçmez ve asistanlar arasında bir yarış başlatır.

Yurt dışından dönen bir uçağın yolcuları hastalanmaya başlayınca hastane ekstrem önlemler almak zorunda kalır. Ama insanlar ölmeye devam eder ve son çare acil servis, içindeki bütün insanlarla birlikte karantina altına alınır. Ferman, Ali ve Nazlı da içeride mahsur kalmıştır. Ekip bir yandan içeride kalanlara sağlık hizmeti sunmaya bir yandan da salgınla mücadele etmeye uğraşır. Ve sonunda ekipten biri de hastalığa yakalanır.

Acilde işler kontrolden çıkmak üzeredir. Sonunda ekipten biri daha fazla dayanamaz ve yardım etmek için içeri dalar. Biraz olsun kontrol sağlanır ama tehlike henüz atlatılmamıştır. Ferman’ın durumu ağırlaşmaya devam ederken içeride yeterli imkanlara sahip olmayan ekip hasta yakınlarının yardımını ister. Salgından sağ salim kurtulabilmek için herkesin elinden geleni yapması gerekecektir. Bütün bunlar yetmezmiş gibi, bir de üstüne, acilde bir doğum başlar…

Nazlı ve Ali arkadaş kalmaya karar verirler ama bu hiç de göründüğü kadar kolay değildir. İkili, bir de üstüne, bir hastanın tedavisinde fikir ayrılığına düşünce işler iyice içinden çıkılmaz bir hal alır. Diğer tarafta Demir’in kanser hastası babası hastaneye yatışını yapar.

Beliz’in Ferman’a sürpriz bir doğum günü hazırladığı haberi bütün hastaneyi tatlı bir kaosa boğar. Bir ilişkiyi nasıl yürüteceklerini bir türlü çözemeyen Nazlı ve Ali, kemoterapide tanışmış, birbirlerine deli gibi aşık iki liseli gencin bakımını üstlenir ve onların aşkında kendilerine dair bir şeyler bulurlar.

İlişkilerine ilk kez bir şans veren Ali ve Nazlı, bunu yürütmenin göründüğünden çok daha zor olacağını keşfederler. Diğer tarafta planını yürürlüğe sokan Kıvılcım, Beliz’i köşeye sıkıştırır. Bu sırada acil karaciğer nakline ihtiyacı olan bir çocuğa uygun tek karaciğerin hüküm giymiş bir mahkuma ait olduğu anlaşılır. Ve bütün risklerine rağmen tehlikeli mahkumu hastaneye getirirler.

Kıvılcım’la savaşmaya karar veren Beliz, yeni kliniği tekrar açıp bir de üstüne cerrahi bölüme yeni bir asistan alınca kılıçlar yeni baştan çekilir ve bu sefer kavga iki kişinin kovulmasına kadar varır.

Kendisini sokağa atan babasını yıllar sonra karşısında bulan Ali’nin yüzleşmesi gereken ciddi meseleler vardır. Ama Ali bunlarla yüzleşmek yerine ameliyat sırasında ölen, kimsesiz bir hastayı takıntı haline getirir ve bütün uyarılara rağmen işin peşini bırakmaz. Diğer tarafta yeni klinikteki görevine başlayan Nazlı, samimiyetine bir türlü inanamadığı Damla’yla çalışmak zorundadır.

Damla ve Nazlı, ilk kez bir hastanın sorumluluğunu birlikte üstlenir ve direkt birbirlerine girerler. Diğer tarafta gizemli bir ziyaretçinin etkisine giren Ali, her şeye rağmen, babasını kurtarmaya karar verir. Ama bu ani karar değişimini kimse hoş karşılamaz. Köşeye sıkışan Ali babasıyla ilgili hüsranını Ferman’la birlikte çalıştıkları vakaya yansıtır. Ve manevi kardeşler, Ferman ve Ali, ciddi ciddi yolları ayırmanın eşiğine gelirler.