Quando una famiglia di quattro persone di New York viene trovata morta in una stanza di un motel della Georgia, la Fugitive Task Force indaga su un collegamento tra le vittime e la vendita di armi da fuoco illegali. Barnes, al suo ritorno dal congedo di maternità, ha dei problemi con lo stile di leadership di Remy. Quest'ultimo, nel frattempo, pianifica, d'accordo con la sorella, le cure per la madre.

L'agente Ray Cannon si unisce ai membri della squadra in sostituzione di Ortiz mentre danno la caccia a un misterioso assassino che prende di mira gli uffici del fisco.

Dopo che una rapina nel "Distretto dei Diamanti" ha causato tre morti, la ricerca dei fuggitivi da parte della squadra rivela un pericoloso legame con il passato sotto copertura di Kristin a Miami.

L'omicidio di una professoressa di geologia porta la squadra a scoprire un'antica leggenda riguardante un tesoro segreto risalente alla guerra civile e incontrano un letale fuggitivo determinato a uccidere per trovare l'oro. Nel frattempo, una vecchia amica del passato di Remy insidia la sua relazione con April.

Dopo che un imprenditore tecnologico è stato rapito da un rave a Brooklyn e trovato ucciso a bastonate nella sua tenuta nel Connecticut, Remy e il team devono tuffarsi nel mondo delle sostanze psichedeliche per trovare il suo assassino.

I piani della squadra per il Ringraziamento vengono sospesi quando vengono chiamati a indagare se la sparatoria in un tempio buddista sia stata un crimine d'odio o qualcosa di più personale. Inoltre, Remy e April prendono una decisione difficile.

Quando tre assistenti del procuratore distrettuale vengono assassinati fuori da un bar nella loro piccola città dell'Arkansas, la squadra viene chiamata per determinare se si tratta di una vendetta personale. Ray si sente obbligato ad aiutare una donna e il suo giovane figlio a combattere un'ingiustizia.

Quando una psichiatra infantile viene rapita dal parente di una sua ex paziente, la squadra si affretta a rintracciare l'autore del reato e scopre cosa è realmente accaduto alla paziente della psichiatra. Kristin affronta il suo trauma profondamente radicato.

La squadra viene sconvolta quando scopre che il rapitore di un detective della polizia di stato caduto in disgrazia è collegato a qualcuno coinvolto in un caso recente.

Mentre la squadra insegue i sospettati dietro un'esplosione in una centrale energetica dell'Ohio, vengono condotti verso un'importante società di criptovaluta con nemici che cercano di distruggerla; Remy e sua sorella chiudono un capitolo della loro vita.

Quando due adolescenti del Vermont vengono rapiti mentre tornano a casa da una partita di basket, la squadra si ritrova da un pastore ribelle e da suo fratello. Inoltre, Remy partecipa a un'udienza per l'assassino di suo fratello.

La squadra deve superare la sfiducia delle autorità in una comunità somala molto unita nel Minnesota mentre corre per trovare una ragazza di 14 anni rapita.

Quando un'atleta nascente viene trovata violentemente assassinata, la squadra insegue uno dei suoi compagni di squadra e la sua ragazza; Remy si riunisce con un vero produttore di programmi polizieschi del suo passato.

La Fugitive Task Force entra in azione per trovare una famosa tennista straniera dopo che è stata rapita da un campo da tennis a Brooklyn.

Il tempo scorre mentre le squadre FBI e FBI: MOST WANTED uniscono le forze per dare la caccia ai terroristi fuggitivi mentre si avvicinano alla realizzazione di un complotto per distruggere un importante punto di riferimento di New York City e causare devastanti vittime civili.

Il crossover inizia con FBI: International S02E16 Minaccia imminente (1) e FBI S05E17 Minaccia imminente (2).

La squadra entra in azione per trovare due studentesse scomparse dopo che il fratello maggiore della loro coinquilina Carly Cassidy è coinvolto in un omicidio avvenuto nella loro stanza del dormitorio. Inoltre, Hana si distrae quando incontra qualcuno online.

Dopo che due agenti del Bureau of Land Management scompaiono mentre eseguivano un mandato di sequestro di terreni nel Wyoming, la Fugitive Task Force si dirige a ovest per rintracciarli in una contea inospitale; Hana riceve una minaccia.

Quando un giornalista viene ucciso a colpi di arma da fuoco nel parcheggio della stazione, la task force deve immergersi in una storia su cui stava lavorando per rintracciare il suo assassino; Remy discute sulla rivisitazione del caso sull'omicidio di suo fratello.

Il testimone che Remy e Kristen stanno visitando in prigione viene messo in pericolo quando scoppia una rivolta, lasciando il personale e i visitatori tenuti in ostaggio da due bande assassine.

La Fugitive Task Force cerca un adolescente migrante scomparso che ritiene sia stato attirato in un lavoro illegale da un uomo pericoloso. Inoltre, Remy viene a sapere di un testimone precedentemente sconosciuto nel caso dell'omicidio di suo fratello.

La squadra aiuta Remy a cercare di catturare il vero assassino di suo fratello 25 anni dopo l'omicidio di Mikey.