Події відбуваються у всесвіті, паралельному світові оригінального серіалу «Дівчинка-чарівниця Мадока Маґіка».

Іроха Тамакі — шістнадцятирічна дівчина, яка б’ється з чаклунками в місті Такарасакі. Вона не пам’ятає ані про те, коли вона уклала контракт з Кубі, ні про те, заради кого він був укладений. Так триває доти, поки після одного бою їй в голову приходить видіння уві сні — виявляється, дівчина стала чарівницею, щоб вилікувати свою зниклу сестру Уі від хвороби.

Бажаючи з’ясувати, що сталося з сестрою, Іроха прямує до Каміхами — таємничого міста, в якому живуть одні з найсильніших чаклунок. Ходять чутки про те, що лише тут чарівниця здатна знайти щастя і звільнитися від боротьби з чаклунками.