近未来の地球――人類は「ヒュージ」と呼ばれる謎の生命体の出現で破滅の危機に瀕していた。全世界が対ヒュージという一事に団結し、科学と魔法の力を結集した決戦兵器「CHARM（チャーム）」の開発に成功、その使用者となる少女たち「リリィ」を養成する機関「ガーデン」を各地に設立した。ガーデンの中でも名門と名高い百合ヶ丘女学院に補欠ながらも合格を果たした一柳梨璃は、人類存続のために戦うリリィとしての一歩を踏み出す。かつて、自身の窮地を救ってくれた白井夢結を追ってこの学園を受験した梨璃は登校初日に邂逅を果たすも、以前の夢結とはどこか違っていて……儚くも美しく戦う、少女たちの物語が花開く――。

近未来的地球——人类因为一种被叫做HUGE的神秘生命体的出现而面临灭绝的危机。

世界各国为对付HUGE而合作制作出决战兵器CHARM，使用这些武器、被称为Lily的少女们为保卫世界持续地战斗着。世界各地设立的Lily培训机构“Garden”成为了对抗HUGE、守护人们的据点。

在众多的Garden当中，入读被誉为名门的百合丘女学院的一柳梨璃，和邂逅的伙伴们组成了一柳队，为执行任务而前往东京。以此为契机，鲁德比克女学院、爱伦斯基女学园、神庭女子艺术高校、御台场女学校、相模女子高等学馆，以及百合丘女学院的命运开始交错……