VRMMO＜Infinite Dendrogram＞がリリースされてから約1年半。大学受験を終えた椋鳥玲二は念願の＜Infinite Dendrogram＞をプレイする。レイ・スターリングとなり、兄シュウに会うためアルター王国にやってくると、突然クエストに巻き込まれて……!?

＜エンブリオ＞ネメシスの力で初のクエストをクリアしたレイ。次なる目標はランカーになること。戦争に敗れプレイヤーが減少するアルター王国でなら、ランカーになることも不可能ではない。早速レベル上げに励んでいると、ルークとその”エンブリオ”バビロンに出会う。

王都アルテア周辺でのPKテロが止まった。情報屋のマリーによれば、連合を組んでいたPK集団がフィガロをはじめとする＜超級（スペリオル）＞プレイヤーたちによってデスペナルティに追い込まれたという。レイはその圧倒的な戦いぶりに唖然とするばかりで……。

アレハンドロの商店で謎のレアアイテムを手に入れたレイ。しかし、そのアイテムを使うためには、あるアクセサリーを購入し新たなスキルを得る必要があった。金策のため冒険者ギルドに向かうと、路地裏で襲われている女性と彼女を救おうとする少年に遭遇する。

レイが救出した少年は山賊団の頭目の一人メイズに操られていた。油断したところをナイフで刺されたレイ。塗布された秘薬によって複数の状態異常を受けるが、膨れあがる怒りと殺意がレイを突き動かした。メイズを圧倒するほどの威圧感を見せるが……。

決闘都市ギデオンが主催するイベント＜超級激突＞がいよいよ開幕する。極みに到達した＜超級（スペリオル）＞たちが集まり、激闘が繰り広げられるとあって街中はお祭り騒ぎ。レイもまたフィガロの一戦に期待を寄せるが、水面下では様々な＜マスター＞たちの思惑が交錯していた。

勘違いしたレイは迅羽に攻撃を仕掛けてしまい、一触即発の空気に。シュウの介入でその場は収まるが、＜超級（スペリオル）＞が持つオーラを目の当たりにし、肝を冷やすばかり。　ついに始まるフィガロと迅羽の一戦に、レイは何を見るのか。

＜超級激突＞に乱入してきたMr.フランクリンは、第二王女エリザベートを人質に取り、王国のたちに「ゲーム」を挑む。犠牲者が増える前にこのゲームを攻略しなければならない。行動を制限された＜マスター＞が多い中、カギを握るのはレイだった。

エリザベートを再び奪われてしまったマリーの前に、【キング・オブ・オルケストラ】ベルドルベルが立ちはだかる。音楽に身を捧げてきたベルドルベルのスキルは、まるで楽団を指揮するかのように流麗で豊潤。追い詰められるマリーに逆転の一手はあるのか……!?

激闘を繰り広げるルークとユーゴー。＜マジンギア＞の攻撃を先読みしながらも、ルークの身体はユーゴーの【凍結】スキル《地獄門》によって確実に蝕まれていた。窮地に陥る中、ルークは思考する。この【凍結】にはなんらかの条件と法則がある、と――。

大ダメージを負いながらも、【RSK】――レイ・スターリング・キラーを破ったレイ。《超級殺し》の暗躍もあって、フランクリンは徐々に追い詰められていった。しかし、彼が用意していたもうひとつのプラン、「ギデオン殲滅作戦」が動き出そうとしていた。

圧倒的な力でモンスターを殲滅していくシュウ。一方、レイはパンデモニウム上部で、ついにフランクリンと対峙する。膨れあがるいくつもの疑念。無限の可能性が広がる＜Infinite Dendrogram＞。果たしてここは「世界」なのか、「ゲーム」なのか。