일리를 그 애 엄마에게 데려다주게. 벌레들의 공격을 받은 남자는 구제업자 키도에게 딸을 부탁한다. 하지만 일리는 낯선 장소와 사람들이 두려워서 몰래 도망친다.

또다시 발견되는 토막 난 시체, 처참한 살인. 하지만 이건 벌레의 짓이 아니라고 생각하는 키도. 그럼 대체 범인은 누구일까. 시장에 간 일리는 지갑을 도둑맞는다.

그간의 살인 장소와 살해 부위가 상세히 적힌 편지와 지도를 받는 키도. 범인이 보낸 것이 틀림없다. 범인을 찾아간 곳에서, 키도는 예상 밖의 피해자들을 만난다.

E-05 지역의 모래 아래에 벌레가 숨어있다! 피해를 막기 위해, 위험한 박멸 작전을 펼치는 군대. 5년 전 참극 때 자신이 한 일을 후회하는 카심은 미끼 역을 자처한다.

오래전 가가스테루가 들끓는 극동에서 있었던 일을 마리오에게 듣는 일리. 키도는 양아버지 라자로에게 생존에 필요한 모든 것을 배운다. 그렇게 그는 구제업자가 된다.

일리에게는 어떤 과거가 있는 걸까? 일리의 아버지라 주장하는 남자가 그녀를 데려가려 한다. 그를 피해 E-05를 떠나려는 일리와 키도. 하지만 그들은 적에게 가로막힌다.

믿을 수 없는 일을 일으키는 일리. 그녀의 비밀이 궁금한 진과 키도는 단서를 하나 발견한다. 그리피스가 프란츠에게 남긴 메시지에는 놀라운 이야기가 담겨있다.

E-05를 벌레장으로 만들려는 아드함의 계략이 드러난다. 이에 저항할 작전을 제안하는 하디. 키도는 일리가 붙잡혀있는 그곳, 위험천만한 E-07로 직접 걸어 들어간다.

내가 갈 길은 내가 선택할 거야. E-07의 메인 타워로 가는 일리. 자신의 기원을 알게 된 그녀는 벌레장을 되찾아 그곳의 여왕이 되기로 한다. 키도는 그런 그녀를 따른다.

옥좌로 향하는 일리와 키도. 하지만 수많은 벌레와 군인들이 두 사람을 뒤쫓는다. 일리에게 길을 내주기 위해, 그녀와 헤어지는 키도. 우리 꼭 살아남아서 함께 나가자!

전쟁으로 폐허가 됐으나, E-05에도 아침 해가 밝아온다. E-07의 메인 타워에서 살아남은 이들은 각자의 미래를 정한다. 언젠가 후회하더라도, 지금 원하는 길을 가는 거야!