Para ajudar a decifrar textos antigos, a ARCAM envia ao Japão uma professora genial chamada Rie. Ela é sequestrada, mas um jovem agente Spriggan vai salvá-la.

A ARCAM descobre um barco misterioso nas montanhas geladas da Turquia. Yu precisa enfrentar um garoto com poderes cibernéticos que tem uma peça essencial.

Yu investiga uma floresta assombrada para encontrar o elixir da imortalidade. Mas, para conseguir sair de lá, ele precisa se juntar a alguns aliados inesperados.

Yu tenta recuperar um OOPArt que caiu nas mãos erradas. Porém, o inimigo consegue fugir, e o objeto mortal desperta.

O Professor Kawahara tenta proteger um artefato antigo mais potente do que uma bomba nuclear, mas uma tragédia acontece. Com sede de vingança, Yu vai para o Egito.

Yu pede ajuda a um velho amigo para investigar uma ilha estranha que aparece e desaparece no meio do oceano. Ao chegar lá, Yu precisa enfrentar o seu passado.