かもめ学園高等部1年生の八尋寧々は、学園に伝わるとある噂話を耳にする。 大切なものと引き替えに願いを叶えてくれるという『トイレの花子さん』。 どうしても叶えたい願いのある寧々は、旧校舎の女子トイレで花子さんを呼び出す。 だが、現れたのは男の子の幽霊で!?

祓い屋の少年・源光(みなもとこう)から花子くんが生前に犯した罪を聞いた寧々。 元気のない寧々を心配する親友・赤根 葵が突然姿を消してしまう。 クラスメイト、教師、葵の母親……誰に聞いても彼女を知る者はなく、 寧々はひとり葵を探し、花子くんを頼る。 花子くんはひとつ心当たりがあるという。 それは異界に通じるという噂の七不思議『ミサキ階段』だった。

『ミサキ階段』の怪異に命じられるがまま、 ミサキの身体を探していた寧々たち。 ひとつひとつパーツを集め、 ようやく出来上がった身体を持って頂上の部屋まで上り詰めると、 寧々たちを待ち受けていたのは…!?

花子くんからご褒美を貰った寧々。 その日から寧々は花子くんのことを意識してしまう。 そんな時、花子くんから放課後に呼び出しを受ける。 呼び出された場所は成功率100％と噂される告白の木の下。 寧々、まさかの初彼氏（幽霊）誕生!?

告白の木、輝との対立の一件から、寧々と光は花子くんの秘密を知ろうと 五番目の七不思議、『16時の書庫』へと入り込む。 書庫の中には学園にまつわる全ての人の過去と未来が記された本が並んでいた。 寧々は花子くんの本を探すうちに、自身のことが書かれた本を見つけてしまい……。

『16時の書庫』で花子くんの過去を垣間見た寧々は 花子くんが死んでしまっていることを改めて実感し、悲しみに暮れていた。 なんとなく気まずい花子くんと寧々。 そんな2人の力になろうと、 光は花子くんの好物であるドーナツを一緒に作ろうと寧々を誘う。

輝とは違う形で怪異たちと関わろうと決意を固めた光。 中等部の昇降口に出る幽霊・ミツバの未練を晴らすため、 生前やり残したという写真撮影に協力する。 だが来る日も来る日も光はミツバにからかわれ翻弄されるばかりで……。

謎のイケメン・日向夏彦に誘いを受けた寧々は、猛烈に舞い上がっていた。 夏彦に口説かれ身をよじらせる寧々。 だが、夏彦は寧々が水に濡れると魚になってしまうことを知っていた！　 魚にされ気を失った寧々が目を醒ますと、そこは見たことのない洋館。 そして目の前には以前出会った美少女・七峰 桜と 花子くんにそっくりの少年つかさがいた。

園芸部の活動記録を見返した寧々。 そこには寧々の写真にだけ写り込む怪異達の姿が！ 花子くんと寧々、光は怪異を追い払うため、彼らの要求に全力で付き合うことに。 次第に消えていく怪異達だが、 最後の1体の要求は寧々を境界へと連れて行くことだった。

三番目の七不思議、カガミジゴクからミツバを助けるつかさ。 だが、その目的は復活したばかりのミツバに カガミジゴクの心臓を食べさせることだった……!? 一方その頃、花子くんと光は寧々を助けるべく、 鏡の境界へ入る方法を求めて土籠のもとへ向かっていた。

新たな七不思議となったミツバと再会する光。 しかし、ミツバは光を知らないという。 複雑な感情に整理をつけられない光。 寧々は光の心配をするが、そんな寧々に花子くんは ヤキモチを妬いてついつい寧々をからかってしまう。 コロコロと意外な顔を見せる花子くんに、その心情を図りかねている寧々。 「いっそ私も怪異だったら良かったのかも……」 そう呟く寧々の前に現れたのは、人魚の家臣たちだった。