카모메 학원 고등부 1학년 야시로 네네는 학원에 전해오는 어떤 소문을 듣게 된다. 소중한 것과 바꾸는 대가로 소원을 이뤄주는 '화장실의 하나코 씨'. 어떻게 해서든 이루고 싶은 소원이 있었던 네네는 구 교사의 여자 화장실에서 하나코 씨를 불러낸다. 하지만 나타난 것은 남자아이의 유령이었는데!?

하나코 씨의 조수가 된 네네는 그날 이후로 매일같이 화장실 청소를 강요받게 된다. 한창때인 네네에게 있어서 방과 후를 화장실 청소로 보내는 것은 너무 잔혹한 일이다. 네네는 점점 하나코 씨에 대한 불신이 커지게 된다. 그러던 어느 날 학교 안에서 물건이 사라지는 사건이 연이어 발생한다. 그것은 학생들 사이에서 소문이 돌고 있는 '요정 씨'의 소행 같았는데…?

'미사키 계단'의 괴이가 명령하는 대로 미사키의 신체를 찾고 있던 네네 일행. 하나하나 부위를 모아서 드디어 완성된 신체를 가지고 정상의 방까지 올라갔을 때 네네 일행을 기다리고 있던 것은…!?

하나코에게 상으로 키스를 받은 네네. 그날 이후로 네네는 하나코 군을 의식하게 된다. 그때 하나코 군으로부터 방과 후에 만나자는 호출을 받는다. 불려간 장소는 성공률 100%로 소문이 자자한 고백의 나무 아래. 네네 드디어 첫 남자친구(유령) 탄생인가!?

고백의 나무, 테루와 대립한 사건 이후로 네네와 코우는 하나코 군의 비밀을 알아내기 위해 5번째 7대 불가사의 '16시의 서고'에 들어간다. 서고 안에는 학교와 관련된 모든 사람의 과거와 미래가 기록된 책이 나열되어 있었다. 네네는 하나코 군의 책을 찾던 중에 자신에 대한 것이 적혀있는 책을 발견하는데.

'16시의 서고'에서 하나코 군의 과거를 엿본 네네는 하나코 군이 죽었다는 사실을 다시 한번 실감하면서 슬픔에 빠져있었다. 어딘지 모르게 어색한 하나코 군과 네네. 그런 두 사람의 힘이 되고 싶었던 코우는 하나코 군이 가장 좋아하는 도넛을 함께 만들자고 네네에게 권유하는데.

테루와는 다른 형태로 괴이들을 대하기로 결심을 굳힌 코우. 중등부 신발장에서 출몰하는 유령 미츠바의 미련을 풀어주기 위해 생전에 못다 이룬 사진 촬영에 협력한다. 하지만 하루하루 코우는 미츠바에게 놀림당하고 휘둘리기 일쑤였는데.

수수께끼의 미남 휴가 나츠히코의 권유를 받은 네네는, 맹렬하게 들떠있었다. 나츠히코에게 넘어가 몸을 배배 꼬는 네네. 하지만, 나츠히코는 네네가 물에 젖으면 물고기가 된다는 사실을 알고 있었다! 물고기가 되어 정신을 잃은 네네가 눈을 떠보니 그곳은 본적 없는 서양식 저택. 그리고 눈앞에는 전에 만났던 미소녀 나나미네 사쿠라와 하나코 군을 쏙 빼닮은 소년 츠카사가 있었는데.

원예부의 활동 기록을 보던 네네. 그곳에 있는 사진 중 네네의 사진에만 괴이들이 같이 찍혀있었는데! 하나코 군과 네네, 코우는 괴이를 쫓아내기 위해 그들의 요구를 온 힘을 다해 들어주게 된다. 점점 사라져가는 괴이들이지만, 마지막 1마리의 요구는 네네를 경계로 데려가는 것이었는데.

세 번째 7대 불가사의 거울 지옥에서 미츠바를 구하는 츠카사. 하지만 그 목적은 이제 막 부활한 미츠바에게 거울 지옥의 심장을 먹이는 것이었는데……!? 한편, 그때 하나코 군과 코우는 네네를 구하기 위해 거울의 경계로 들어갈 방법을 찾아서 츠치고모리를 찾아가는데.

새로운 7대 불가사의가 된 미츠바와 재회한 코우. 하지만 미츠바는 코우를 모른다고 말한다. 복잡한 감정에 혼란스러운 코우. 네네는 코우를 걱정하지만 그런 네네에게 하나코 군은 질투를 느끼고 네네를 놀린다. 의외의 표정을 짓는 하나코 군과 그런 하나코의 속마음을 알 수 없는 네네. '차라리 나도 괴이였다면 좋았을 텐데……' 그렇게 말하는 네네 앞에 나타난 것은 인어 가신들이었는데.