人類和異界體之間的戰鬥更加複雜地持續著。 在「第五次蒼穹作戰」的名義下，真壁一騎等竜宮島部隊登上人型兵器法夫納，與異界體展開激烈戰鬥，以奪回被擄走的同胞。 “為了有人活下去，就必須有人犧牲。讓我們拋棄那樣的世界活下去吧”“我會把你送回應該回的地方。” 對於竜宮島的人們來說，被奪走的是無法取代的存在。 然而，這對那些拮抗者來說也是如此。 而且，對人類來說也是……。 在看不見盡頭持續戰鬥的世界。 然後，如今在這裡，又開始了新的故事——

在夢裡，總士遇到了和乙姬長得一模一樣的兩個孩子。他們告訴總士「米爾的申子在找你」。旁邊站著一個男人。醒來時，他發現自己仍在那個和平的島上，周圍是無邊無際的蔚藍海洋。溫柔的父母、自大但是可愛的妹妹、親密無間的朋友，雖然是普通的日常，但總士的好奇心卻是在島外。 「世界到底是怎麼回事，誰能告訴我」總士呼喚著老舊的無線電。於是，有人對此有了回應。想知道真相嗎？

重要的妹妹被來自島外的男人殺害，所居住的島嶼被毀的總士，因此他不願聽從那人的話。一騎讓他進入夢鄉，將責任交給了美羽等人。當總士醒來時，他對島上的人們——尤其是一騎表示反感，並採取反抗態度。史彥等人試圖說服他，這個世界才是真實的……。歷經3年的歲月，終於找回了通往龍宮島的路標。但是，他的心仍然被困留在虛假的島嶼中...

在魯維·卡瑪的引導下，總士登上了Mk.Nicht。然而，儘管他本應與過去共鳴，但他卻因為被Nicht中沉睡的憎恨思想和激情的扭曲意識所吞噬而暴走。 「這樣的島嶼，我要全部摧毀！」像任性的孩子一樣，零央他們輕輕地制止了這樣的行為。美羽悲傷地看著那個樣子，獨自站在那裡……。島民們對總士的突然變化感到不滿。為了正確引導總士，並獲得島民的理解，史彥和盧維選擇了對話的道路—

被馬勒斯佩羅的絕對停止領域困住的海神島。阿爾維斯探討了逃生的方法，但模擬的結果並不樂觀，結論是只有純粹的米爾——阿爾泰爾——才是能夠對抗大氣層外敵人的唯一希望。士為了尋找龍宮島的位置，被賦予了再次乘坐Mk.Nicht的機會.…。飛行員的教導，千鶴所取得的偉業，美羽的決心，以及龍宮島和島民所經歷的和平與痛苦的歷史。學習、吸收、感受它們的時候，總士內心產生了新的體認——

馬里斯從艦底抵消了阿肖卡的防禦，確保了進入CDC的路線。 總士突襲了馬利斯，想和曾經的好朋友做個了結的心情和認為馬里斯的能力危及島嶼防禦的力量驅使他。同時，陸地上，史彥，那個靠千鶴維繫生命的人，用悲傷的表情注視著被挖空的空間…在貝農軍破壞工作幾乎讓島嶼沉沒的同時，預定的覺醒時刻即將來臨。這個器物將為島嶼帶來什麼

在激烈的戰鬥中，島上有許多人喪生，空氣中瀰漫著沉重的空氣。漂流而來的許多遺物被回收，殯儀館裡擺放著許多人的遺像。他們都是某人的家人、戀人和朋友。島民們忍受著悲傷，面對接受現實所帶來的痛苦。 在遠見家，總士一個人站在廚房裡，為了讓抱著難以忍受的喪失感在自己的房間裡堵住的真矢和美羽振作起來......來自外界的少年直率的感情開始融化凍結的人們的心。受傷的島嶼得出的下一個選擇是――

第二次L計畫付諸實施。過去的L計畫是以L船為誘餌，在島嶼被異界體發現之前爭取時間的佯動作戰，而第二次L計畫則是將整個島嶼作為誘餌，少數人員乘坐L船前往龍宮島，可以說是一種希望的作戰。 "為什麼…為什麼一切都被看穿了" 部隊立即停止了行動並試圖返回島上，但此時L船已被無數敵人包圍，無法動彈。 看到通往龍宮島的道路的那一瞬間，希望瞬間破滅。

馬雷斯佩羅利用了人類的情感和盲點，採用了巧妙的手法進行了海神島的追蹤。在美羽和總士的指點下，阿爾維斯了解了真相，利用這種機制，他們策劃了第六次蒼穹作戰，一邊欺騙馬雷斯佩羅等人的眼睛，一邊策劃以龍宮島為目標的第六次蒼穹作戰。另一方面，由於Mk. Nicht的Salvator化這一意料之外的事件，迫使馬利斯等人不得不暫時撤退，為了實現他們所相信的和平世界，這次重新下定決心消滅島嶼……島民的願望只有一個。回到故鄉〈龍宮島〉。那是延續到可能性的地平線，最後的希望——

受到Mk-Raison激烈攻擊，島上的法夫納束手無策，戰局陷入了僵局。一騎在優先保護美羽的護衛而非擊潰Raison的情況下潛入海中，那裡有執著於捕捉Ares的力量的legato。同時，在海底，美羽和總士到達了島嶼的盾牌圈內，離阿爾泰爾只有一步之遙。但是，馬里斯阻擋了那條路......。想守護珍貴的人，珍貴的地方。抱持著同樣想法，但因立場不同而對立，不斷爭鬥的人們。為了打破永無止境的悲劇連鎖，美羽和總士選擇的未來是――

美羽選擇的祝福降臨到世上。異界體們集體飛升到天空，籠罩了紅色的月亮。見證奇蹟的人們無不停下腳步，感嘆不已。 「居然有這樣的未來……」那一天，兩個少年構想的未來。他們的願望傳承給了下一代，然後，走向了誰也無法想像的世界……。對話與爭鬥，共存與排斥，長久以來人類與米爾的歷史，如今，迎來了一個轉折期――