擁有超乎常人身體能力的高中生虎杖悠仁，在祖父去世的當天晚上，遇見了咒術高專一年級的伏黑惠。他是來回收虎杖持有的「咒物」的，然而那「咒物」正好被虎杖的前輩們解除了封印。「咒物」吸引了受詛咒的怪物，向前輩們襲來。這時虎杖與伏黑趕到。

在陌生房間中醒來的虎杖，被眼前的咒術高專教師五條悟宣告了自己被判處秘密死刑一事。五條給虎杖提出了兩個選擇。選擇現在就被處死，還是找到兩面宿儺的20根指頭，全部吸收後再死 ──

虎杖、伏黑、五條去迎接第三位一年級學生，釘崎野薔薇。四人一同前往某座廢舊大樓，五條要求虎杖和釘崎將大樓中前行的咒靈祓除。在建築物中，兵分兩路尋找咒靈的虎杖與釘崎，和將小孩抓作人質的狡猾咒靈對峙。

面對少年院發生的緊急事態，虎杖、伏黑、釘崎被派遣前往。任務是確認和特級咒靈一同被留下的倖存者，將其救出。進入其中的虎杖等人，面臨殘忍的現實。釘崎突然消失，被留下的虎杖和伏黑身旁，出現了特級咒靈。

撤退至少年院外的伏黑，發現特級咒靈已死。下一個瞬間，兩面宿儺就出現在身旁，他從虎杖體內將心臟取出，挾持虎杖為人質。這樣下去虎杖就算回歸也會死去，伏黑開始戰鬥，卻深刻意識到了兩人的差距。

對虎杖的死感到後悔的五條。沉浸在夥伴死亡的悲痛中，伏黑和野薔薇為了變強，開始了和二年級學生們的特訓。另一邊，夏油一行也開始行動。就在這時，本已經死亡的虎杖卻 ──

移動中的五條遭遇特級咒靈・漏瑚。無論怎麼攻擊都無法命中 ── 漏瑚見證了五條的強大。面對瞬間回到高專游刃有餘的將修行中的虎杖帶來的五條，漏瑚怒不可遏並採取了某種手段，然而五條他 ──

在為交流會準備的特訓期間。咒術高專京都校二年級的禪院真依和東堂出現在釘崎和伏黑面前，並向後者挑釁。東堂用蠻力壓倒了伏黑。另一邊，釘崎對真依的言語抱有不滿，向她發起挑釁，然而 ──

翹課來到電影院的吉野順平，親眼目睹了欺負自己的同學帶著扭曲表情慘死的情景。吉野追上「兇手」，並出聲叫住了對方。之後，闖進案發現場電影院的虎杖和從公司辭職的一級咒術師七海建人，遭遇了兩頭咒霊。

被委託調查吉野的虎杖，聽輔助監督伊地知講解作戰計劃。用低級咒術襲擊吉野來觀察其反應的作戰宣告失敗後，虎杖直接找吉野搭話了。最終看到虎杖趕走了自己厭惡的班主任後，吉野這才願意和他對話。另外一邊，查到真人據點的七海，在下水道中遇到了真人。

被真人逼入絕境的七海解除了咒力的限制，並用十劃咒法「瓦落瓦落」破壞了下水道的牆壁，讓瓦礫如雨點般紛紛落下。另外一邊，和吉野接觸的虎杖，因為電影的話題聊得非常投機。接著虎杖又見到了吉野的母親，並且還被邀請去家中做客，兩人的關係變得更加融洽，然而…

崇拜真人的吉野遭到了巧妙利用，並被唆使去和虎杖戰鬥。面對為了報仇而陷入失控狀態的吉野，虎杖一邊迎頭痛擊，一邊試圖問出他的動機並說服他，但沒想到卻從吉野口中得知了殘酷的真相。此時真人偷偷逼近了兩人 ──

在千鈞一髮之際，七海擋住了真人的一擊救下了虎杖。為了在這裡將真人確實地祓除，虎杖和七海不斷發動配合默契的攻擊。真人利用改造人企圖將虎杖的精神面也逼入絕境，但虎杖成功克服了。被接連不斷的攻撃緊逼的真人，感受到了「死亡」──

真人逃離虎杖等人與夏油他們會合，開始執行某個計畫。與此同時，咒術高等專門學校正準備舉行「京都姊妹校交流會」。伏黑與釘崎，以及二年級的真希、棘、熊貓齊聚一堂，這時京都校的成員 ── 東堂等人也到場。氣氛緊繃一觸即發。不僅如此，這時姍姍來遲的五條帶來一個驚喜……

東堂指出虎杖的「逕庭拳」對特級不管用。看見虎杖虛心接受建議，東堂全力應戰慢慢引導虎杖。與此同時，釘崎主動向京都校的西宮挑釁，在釘崎身旁的熊猫則被機械丸襲擊。釘崎與西宮、熊猫與機械丸，雙雙對決即將展開。

交流會團體戰尚未結束。真希與三輪一對一開打。真希那與等級不符，壓倒性的堅強實力令三輪訝異不已。與此同時，西宮騎著掃帚在空中飛來飛去，釘崎緊追在後。西宮闡述真依的辛苦，以及女性以咒術師身分活下去的意義。釘崎則是漠然無視，一口氣展開反擊。這時，一直不見蹤影的真依……

交流會第一天，各方對決逐漸分出勝負。伏黑的對手是御三家嫡長子 ── 加茂。加茂使用操控自身血液的「赤血操術」，伏黑以式神與體術應戰。與此同時，狗卷活用言靈增幅 ── 強制術式「咒言」推進比賽。他突然感覺到一股不祥氣息，回過頭映入眼簾的是……。交流會發生突發狀況，對戰的結果將會如何……

唐突闖入交流會突襲眾人的特級咒靈 ── 花御。與其對峙的伏黑、狗卷與加茂一邊抵禦花御的攻擊一邊奔向帳的外面。三人陷入危機之時，真希加入戰局與伏黑聯合進攻。即便如此，他們仍然被特級咒靈花御壓倒性的戰鬥力逼入絕境。

換虎杖和東堂與花御對戰。虎杖成功使出黑閃與東堂聯合進攻。與此同時，東堂更是解禁自己的術式。與超摯友（兄弟）虎杖一同展開攻擊，東堂使用伎倆高明的術式，以及擁有高達53萬智商（自稱）的大腦，將花御玩弄於掌上。然而…

五條以壓倒性強大的力量擊退花御。真人奪走「兩面宿儺的手指」以及特級咒物「咒胎九相圖一號～三號」，並與瀕死的花御會合。為了於10月31日將五條悟封印，一步一步確實做準備。另一方面，高專的人無法查明真人他們的目的。有鑑於人員傷亡，本來打算中止交流會，卻不知為何演變為以棒球決定勝負。姊妹校交流會・第二天棒球賽，比賽開始……

發生三位男性遭到咒靈殺害的事件死狀相似。經過調查三位受害者曾經就讀同一所國中，虎杖、伏黑與釘崎被派去當地查訪。他們抵達之後發現那所國中是伏黑的母校。他們聽說受害者曾經全員暈倒在當地靈異地點「八十八橋」的橋下，甚至得知伏黑的姊姊津美紀也與此有所關聯……

虎杖、伏黑與釘崎同時對付八十八橋的詛咒以及特級咒物「咒胎九相圖」的其中一隻 ── 血塗。伏黑等人在八十八橋詛咒的結界內部，釘崎的手臂卻突然遭到拉扯，整個人消失在結界之外。血塗與虎杖也緊追在後移動到外面。獨自留下的伏黑俐落地收拾八十八橋的詛咒，但是他眼前卻出現驚人的景象。同時，釘崎碰上「咒胎九相圖」的其中一隻 ── 壞相。這時血塗與追在後頭的虎杖出現……

虎杖、釘崎正與「咒胎九相圖」兄弟壞相、血塗交戰，卻不小心淋到壞相與血塗的血液，從體內開始腐朽。即使被逼到絕路，釘崎仍將釘子刺進自己的身體，發動「共鳴」。與兄弟檔的忍耐力比賽就此開始。虎杖也沒停下，開始對血塗展開攻擊……這次任務的開端是「兩面宿儺的手指」。虎杖、釘崎與伏黑究竟是否能夠平安回到高專……

據說屢屢有人下落不明，術師歌姬與冥冥被派去調查另有隱情的洋房。兩人潛入洋房發現了咒靈的結界術，立即採取行動破壞結界。然而這時建築開始崩塌，被拋到半空中的瞬間出現在眼前的是……。2006年。最強兩人不復存在的青春時光即將揭幕。

五條與夏油接獲任務，需「護衛」並「抹殺」一名少女，即是天元的適合者「星漿體」。「星漿體」── 天內理子被咒詛師集團『Q』以及崇拜天元的宗教團體 ── 盤星教盯上。五條與夏油擺平了旅館的突襲事件，遵照天內的意願與傭人黑井戶會合，前往天內的學校。而後新刺客現身……

五條與夏油擊退了瞄準天內懸賞金的咒詛師們，這時天內的手機突然嗡嗡作響。畫面上是黑井遭擄的模樣。考慮到綁架犯恐怕會提議交換人質，五條打算帶天內回去高專。然而天內自願去交涉現場，經過一番激烈爭辯，最後與五條和夏油一同前往指定的交易地點……

「回去吧，理子」在夏油向天內伸出手的那一剎那，最壞的事情發生了。夏油杵在原地，此時伏黑甚爾現身。甚爾向夏油宣告「五條悟被我殺死了」情緒激昂的夏油召喚咒靈，向甚爾展開一波接一波的攻擊……

『2007年8月』。五條成為「最強」，能夠一人完成所有任務，而夏油落單的時間必然隨之增加。那一年夏天，咒靈頻繁出現，夏油不停祓除並吸收。究竟是為了誰？而後在某一天，某個人物出現在夏油面前。當年這個事件使五條成為「最強」咒術師，令夏油變成「最凶惡」咒詛師，其結局將是……！？

2018年。某一天，虎杖、伏黑、釘崎三人完成任務。虎杖正要去看電影，釘崎則是上街購物。伏黑看著兩人，說了句「你們真是活力充沛」，獨自一人搭伊地知的車子回去。釘崎與虎杖告別，買完東西，這時有一位女性向她搭話：「妳剛才是不是和虎杖在一起」釘崎聽了這個突如其來的問題，嚇了一跳。而這位小姐似乎認識虎杖，她的真面目是……

為獲得能夠活動的肢體，京都校的機械丸 ── 與幸吉私下跟咒靈陣營勾結。然而談判破裂，與不得不和真人交戰，便坐上他暗中準備的巨大的機械丸・究極機械丸絕對形態，加以應戰。與一直將一切看在眼中，傾注至今被束縛的歲月所得到的咒力，不遺餘力。與究竟能否脫離險境，將咒靈陣營的計劃告訴五條……

『2018年10月31日19:00』於澀谷降下了「帳」。大批一般民眾在困在「帳」之中，電波也遭到阻斷。眾多術師在澀谷集合，然而為了將傷害降到最低，五條單獨前往澀谷車站地下月台。他在那裡與漏瑚、花御以及脹相對峙；另一方面，與冥冥同行的虎杖遇見了理解人話的咒靈。咒術師、咒詛師與咒靈於澀谷集結，即將展開前所未有的大規模戰鬥 ──

於澀谷車站地下月台。即使一般民眾被拿來當作擋箭牌，五條仍然徹底壓制敵人，將漏瑚、花御與脹相逼入絕境。然而漏瑚他們的目的實為爭取時間，以獄門疆封印五條。真人與大量改造人一同參戰。漏瑚他們本來打算利用一般人當盾牌，消磨五條，然而五條使出了某個秘密對策……

追尋真人，虎杖從明治神宮前車站往澀谷車站移動，這時縮小為包覆耳朵般大小的機械丸出現在虎杖身邊。機械丸說出了最壞的事態：「五條悟被封印了」。虎杖等人本來半信半疑，後來聽了機械丸的說明，理解了狀況，展開行動，告訴所有術師五條遭到封印，前去營救五條……

虎杖與七海、伏黑和豬野會合，聽從七海的指示，與伏黑以及豬野一同前往解除「禁止術師進入的帳」。虎杖使出打擊卻無法對「帳」造成任何傷害。因此三人想到，敵方可能刻意將結界的基礎放在結界外的顯眼之處，藉此提升結界強度。他們便前往澀谷街道上最高的高塔，然而那夥咒詛師卻在那邊等著他們 ──

虎杖與伏黑攻破咒詛師粟坂的術式，成功解除「禁止術師進入的帳」。另一方面，七海完成了只有一級術師能申請的要求，回來與伊地知會合，卻發現他被人刺倒在地。另外，在七海發現伊地知的稍早之前，釘崎與新田聽從真希的指示，前去尋找伊地知，卻在路上碰到咒詛師……

有了狗卷的協助，虎杖總算抵達了澀谷車站站內。這時脹相出現在他的眼前：「我要為弟弟復仇……！」不由分說地發動攻擊。在交戰途中，面對陷入苦戰的虎杖，脹相問了一句：「我弟弟在最後有沒有留下什麼遺言？」。

冥冥與憂憂正在對付披著夏油傑外皮的某人所召喚出的特級特定疾病咒靈。冥冥冷靜分析狀況，與憂憂一起使出某個戰術。在另一頭，擊敗重面的七海與真希和直毘人會合，卻遇到能力呈現未知數的咒靈。直毘人發動術式，展開高速攻擊，但是……

特級咒靈陀艮的領域展開「蕩蘊平線」將七海、真希與直毘人逼到絕境。這時伏黑現身支援，一行人找到死裡逃生的機會，甚爾卻在這時闖入。甚爾呈現失控狀態，直接針對強者陀艮展開攻擊。另一方面，美美子和菜菜子來到與脹相戰鬥後失去意識的虎杖身邊……

宿儺甦醒後不聽漏瑚的忠告，在對付漏瑚這個特級咒靈時，展現了壓倒性強大的力量；另一方面，伏黑與失控的甚爾尚未認清彼此，互相對峙。伏黑面對實力遠遠超出自己的甚爾，盡力展開攻防，然而……

伏黑與甚爾交戰後身負重傷，又被偶然經過的重面突襲。陷入瀕死狀態的伏黑拼命拖著沉重的步伐前進。他走到道玄坂寬敞的十字路口，運用自己的術式「十種影法術」召喚出某個式神……

宿儺破壞了澀谷的街道，殺死無數人，擊敗了伏黑的式神。而後虎杖甦醒，親眼目睹慘狀。他面露悲壯的決心，如行屍走肉般跨出步伐；另一方面，七海精疲力竭，即使意識朦朧，依舊持續祓除成群的改造人。然而這時真人現身……

虎杖與真人展開一進一退的攻防戰，然而真人利用一般民眾，這策略使虎杖陷入苦戰。與此同時，釘崎不顧新田的攔阻回到戰場上，巧遇真人的分身。真人企圖殺死釘崎，重挫虎杖的靈魂，而釘崎則是一邊提防真人的術式，一邊應戰。眼看攻擊對真人無效，釘崎她……

眼前的慘狀使虎杖愣在原地，虎杖的內心已經承受不住。而事情按照自己的理想發展，身為「詛咒」的真人興奮不已，想進一步將虎杖逼到絕境。然而在真人即將使出致命一擊之時……

虎杖自險境獲救，在東堂的鼓舞之下，再次奮起。在激烈的攻防戰之中，繼虎杖、真人，東堂也跟著使出黑閃，三人各自引出了本身120%的潛在能力。真人使出真本事，發動「多重魂」、「撥體」，展開全方位範圍攻擊。虎杖、東堂與真人的最後一次互相詛咒正式開始。

正當虎杖與真人的死鬥即將分出勝負，披著夏油外皮的某個人物突然問真人：「需要我救你嗎，真人」。虎杖瞬間就察覺，正是站在眼前的男人封印了五條，拔腿向前。然而那男人施展了夏油傑的咒靈操術，阻擋虎杖。接著那個男人開始講起某件事……

澀谷事變迎來最終局面，咒術師集結，這時脹相察覺了寄生在夏油亡骸的「幕後黑手」的真面目。然後在絕命危機時出現的是特級術師 ── 九十九由基。九十九與「幕後黑手」各自講述人類的未來（下一個階段）。事變終焉招來破壞與混亂，世界驟變……