요모기는 아르바이트가 끝난 후 같은 반 친구인 미나미 유메와 함께 만나기로 약속을 잡았다. 하지만, 약속 시간이 되자 약속 장소에 나타난 것은 어제 만난 적 있었던, 자신을 괴수술사라고 칭하는 수수께끼의 남자 가우마였는데.

요모기와 유메는 지난번 괴수와 싸웠던 장소를 다시 한번 방문해 그 참상을 목도했다. 한편 요모기 일행은 다이나제논 조종 훈련을 시작했지만, 시간은 기다려주지 않았고 또다시 괴수가 출현하고 마는데.

괴수 우생 사상의 일원인 쥬우가에게서 그들이 옛날에 가우마에게 배신당했다는 얘기를 들은 요모기. 요모기 일행 사이에서 가우마에 대한 불신감이 점점 커져갔지만, 이를 제대로 해결하지 못한 채 괴수와의 싸움에 임하게 되었다. 그런데 마음을 하나로 합치지 않으면 다이나제논은 그 힘을 제대로 발휘할 수 없다고 하는데.

감기에 걸려 앓아누운 요모기. 가우마는 유메로 하여금 요모기의 상태가 어떤지 보고 오라고 권했다. 유메의 갑작스러운 방문에 요모기는 어리둥절해 했지만, 둘 사이의 어색한 분위기는 조금씩 풀어지려 하고 있었다. 그런 가운데 괴수가 나타났다는 연락이 오자 유메는 감기 걸린 요모기를 두고 전장으로 향했는데.

치세의 제안에 따라 요모기 일행은 워터 파크에 가게 되었지만, 거기에는 예상치 못한 일행이 따라붙게 되었다. 가우마는 어떤 작전을 위해서 요모기와 유메에게 연인인 척을 하라고 명령하는데.

괴수에게 그만 패배하고 마는 다이나제논. 그곳에 나타난 정체불명의 거인. 당혹스러워하면서도 오니쟈와 무지나는 거인과 싸우기 시작했다. 그런 가운데 가우마 일행에겐 망가져 버린 다이나제논을 고칠 방법이 없었는데.

괴수로 인한 혼란이 가중되는 거리. 가우마는 요모기 일행을 불러모아 첫 괴수 포획 작전을 시도하게 되었는데.

카노의 죽음에 얽힌 이야기를 듣는 요모기와 유메. 그 이야기를 채 받아들이기도 전에 괴수가 나타나고 말았다. 한편 치세는 홀로 비밀을 품은 채 고립되어 있었는데.

지금껏 보지 못했던 강력한 힘을 가진 괴수가 마을을 습격해왔다. 요모기는 다이나솔저를 손에 쥔 채 그 근원과 마주 섰는데.

요모기 일행은 자신들의 일상을 되찾기 시작했다. 그런 가운데 괴수 우생 사상은 괴수가 사라져버린 세상에서 자신들이 있을 곳을 잃어버리고 말았는데.

최후의 싸움에 임하기 위해서 요모기 일행은 다시 한번 다이나제논으로 합체하는데.