醉酒男子刘滨于酒吧后巷被掳走，数日后尸体被制成干尸抛于孤岛之上，这是同一个凶手连续第四次作案，目击者对凶手的画像和警方凶手的侧写指向数名嫌疑人，其中之一是鹏海市公安局法医明川，原光明市刑警支队队长罗笔芯奉局长陈怀远之命调往鹏海市刑警支队担任队长，同时对法医明川进行侧面了解。刚一到鹏海，罗笔芯就赶上河边发现一具女尸的案子。此时法医明川与自己的老师，昆虫学家郎世明在参与一个文物拍卖会时发现疑似盗墓文物，明川便打电话叫副队长丁春秋率队赶来，第一天上班的罗笔芯随队前来，误打误撞之下竟然将明川一个背摔撂在地上。处置完毕后，明川的助手黄小蓉打电话来求助，张家媳妇冯媛从楼梯上滚下摔死，按照规定必须尸检后才能火化，但丈夫张国军和张母坚持不让黄小蓉尸检，明川赶到承诺在不碰尸体前提下进行尸检，经过仔细查看冯媛的生活空间、楼梯现场环境以及尸体表面特征，明川用法医手段还原冯媛死亡真相，冯媛是被张国军电击致死，在证据面前，张国军坦白一切。

　　在河边发现的女尸叫覃红，尸检发现她体内竟然充满海水，但海边和抛尸的河边相距很远，凶手不会从海水中淹死她再抛尸河中，明川与罗笔芯各自分别想到了覃红可能是死于海水渔场，于是前后分别去海鲜市场寻找匹配的海水水源，明川还顺便买了大量海鲜，为欢迎罗笔芯而聚餐，罗笔芯看到了一个热爱生活、精通厨艺的明川。通过海水比对，明川找出三家渔场，但三家都没有发现可疑之处。明川和罗笔芯一起排查，发现渔场老板马超似乎有所隐瞒，鱼池中的一个名贵发卡让案件取得突破，而三家渔场中只有马超的渔场在覃红死亡当天换过人工海水，面对证据马超承认覃红当晚在鱼池中被淹死，他只是抛尸而已。但是尸检却表明覃红在落水前可能受到侵害。这时覃红的儿子小覃来找妈妈，刑警队只得暂时照顾他。对马超的审讯没有任何进展，急等尸检报告的罗笔芯却发现明川不知去向，最终在台球厅找到他。罗笔芯跟着明川一起在台球厅、酒吧等地畅玩通宵，接着回到法医中心对覃红进行开颅检验，发现覃红有过度疲劳导致的蛛网膜下腔出血。

　　明川判断覃红尸体上的勒痕是过度疲劳落水被渔网缠绕所致，但也不能排除马超用渔网勒死覃红的可能性，这需要罗笔芯通过调查判断。罗笔芯立刻带队去渔场寻找勒死覃红的渔网。另一边大批员工和合作伙伴去刑警队找马超讨债，原来马超的渔场近期已经濒临破产，有人说马超和覃红之前曾因拖欠工资吵架，这进一步增加了马超杀害覃红的可能性。马超的儿子小超与小覃在刑警队成为要好的玩伴，明川通过与小超聊天得知马超在案发当晚吃了安眠药，明川给马超抽血检验。这时候丁春秋等人终于在马超的鱼场找到了勒死覃红的渔网，上面留有覃红的血迹。明川通过对马超血液检验确定马超服用安眠药的剂量很大，不具备作案条件，而覃红的真正死亡原因，是连续工作导致过度疲劳，晕厥后跌落鱼池，被渔网缠绕致死，而马超因身陷渔场破产危机，害怕覃红的死影响渔场经营，所以慌乱之下选择抛尸河中。马超受到应得的惩罚，明川帮助小覃直面妈妈已死的现实，孤苦无依的小覃被马超的妻子收养，从此生活有了依靠。

　　音乐人项阳雨夜死于家中，颈部有撕咬伤，DNA结果异常，凶手是人是狼一时无法判断，鹏海市风传有狼人出没作案，搞得人心惶惶。明川带黄小蓉、江小白还原案发过程，在仙人掌上采集到疑似是凶手留下的血迹。与此同时动物园报案说丢了两只狼，罗笔芯判断两个案子有联系，接着通过动物园附近的监控视频发现可疑车辆，在刑警队全体彻夜筛查时，明川却将约罗笔芯约到面馆吃面，原来面馆之外就是动物园前的主干道，但两只狼丢失之时主干道修路堵车，盗狼车很可能走了小路，罗笔芯按照明川的指点在小路的监控中找到一辆可疑车辆，车主叫马强。刑警队到酒吧抓捕马强，马强察觉立刻从后门逃窜，明川熟悉人体构造轻松将马强打倒，罗笔芯看到明川不像表面那般柔弱，对明川是否涉及干尸案又增加了一层怀疑。马强被押上警车时突然逃走，罗笔芯追至一处废旧仓库，险些被狼袭击，而马强则被狼咬成重伤，被送至医院。明川根据仙人掌上血液推断马强当晚赶到项阳住处时，项阳已经死亡。罗笔芯询问病床上的马强时，马强抬手指向了床边的明川，罗笔芯不禁怀疑明川与此案有关。

　　马强盗狼，项阳是买家，但是项阳与马强之间无直接联系，因此丁春秋推断两个人之间一定有中间人。明川连夜返回现场采集多多人指纹，晨会时已经累得睡在法医中心，罗笔芯对明川上班时间睡觉颇有些意见，但也体会到他的辛苦。明川反复思索马强死前为何指着自己，终于想到其实马强是想让他看自己的手指，明川重新查看马强尸体发现了一个伤口，带着罗笔芯一起拜访昆虫学家郎世明教授，确认咬伤马强的是一种罕见的毒蜘蛛。警方立刻展开对花鸟市场的排查，这时候明川参加同学聚会，与中学时候暗恋他的女同学宋薇寒重逢，宋薇寒当年约明川放学后天台相见，懵懂的明川没有赴约，当晚宋薇寒被流氓强奸，接着转学离开从此再没有见过面，宋薇寒有意与明川重温旧梦，但明川与她保持距离。第二天花鸟市场的排查有了结果，走私毒蜘蛛的人就是宋薇寒手下的员工，宋薇寒不得不到刑警队配合调查，但她对手下员工走私的事情一无所知，并且在案发时有不在场证明，于是很快被释放。明川送宋薇寒离开，得知宋薇寒即将移民去加拿大。

　　明川接近黄伟伦，黄伟伦律师王明立刻来刑警队拜访咨询调查情况，与明川、钟局是校友的王明，试图让警方停止对黄伟伦的调查，被钟局婉拒。碍于社会影响，钟局还是让冲撞黄伟伦的明川休息几天。下班后明川请众人去美容院，过敏体质的江小白在光子嫩肤后皮肤红肿，而明川在扑倒黄伟伦之后看到黄伟伦的皮肤正是这样，明川判断黄伟伦应该定期脱毛，很可能有多毛症，但因过敏体质脸部不能脱毛，却不见有毛，所以黄伟伦应该定期服用抑制药。正当明川对黄伟伦展开调查之时，宋薇寒却突然来自首，并声称自己被项阳背叛，下安眠药后杀了项阳，又伪造现场让马强偷狼后去找项阳，以嫁祸给马强。但明川坚持认为宋薇寒不是凶手，DNA对不上，而黄伟伦则有多毛症，也就是网传的狼人综合症，但这些还不够说服罗笔芯，罗笔芯怀疑明川因个人情感干扰了判断。但明川、罗笔芯对此案都仍存疑虑，不约而同回到案发现场，发现项阳经常光顾一家酒吧，通过询问得知项阳与宋薇寒并不是情侣。接着又发现删除爆料黄伟伦有狼人综合症帖子的人就是宋薇寒，明川判断宋薇寒其实是在保护她爱的黄伟伦。

　　查案间隙，罗笔芯一直注意寻找明川与干尸案之间的联系，而明川对罗笔芯则毫无刻意隐瞒，还主动邀请罗笔芯讨论案情，罗笔芯点出明川维护宋薇寒，是因为他觉得自己对宋薇寒当年被强奸有一定的责任，但明川更在意的是用法医手段查清案件的真相。接着明川从黄伟伦一直在吃的饼干中检验出一种抑制药，而这种抑制药只能通过走私渠道购买，明川找到销售者查明是项阳一直在帮黄伟伦买这种抑制药，也就是说项阳知道黄伟伦有多毛症的秘密，这可能就是杀人动机。明川再劝宋薇寒，但宋薇寒仍然坚持项阳是自己杀的。明川、罗笔芯向钟局力争，终于说服钟局让丁春秋、黄小蓉再审黄伟伦，黄伟伦在审讯中说出内心对宋薇寒的轻蔑，宋薇寒在视频中看到自己深爱的黄伟伦对自己的真实想法后，终于崩溃说出真相，原来项阳一直在以多毛症的秘密要挟黄伟伦，并要求黄伟伦给自己出名的机会，黄伟伦并没有真心想帮项阳，项阳忍无可忍在网上爆料黄伟伦有狼人综合症，两人终于爆发冲突，黄伟伦杀死了项阳。事后黄伟伦又让宋薇寒用液氮干扰死亡时间的判断、栽赃给马强、删帖。

　　在一起绑架案中，绑匪与被绑架者竟然是父女，原来凌志文与李兰离婚后，女儿李颖跟着李兰和继父杰森一起生活，凌志文私下带女儿去采石场，被李兰认为是绑架，警方将李颖解救出来，但李颖却说凌志文没绑架自己，凌志文被释放。光明市发现一名干尸案嫌疑人，但罗笔芯通过审讯判断该嫌疑人精神不正常，并非真正的凶手，罗笔芯向师父陈怀远说自己打算找一个帮手一起破干尸案，她心中指的是明川。另一边待明川犹如亲生儿子一般的教授郎世明，也在打听着罗笔芯的情况，有意撮合两个人。明川偶遇凌志文，凌志文是明川的中学同学，两个人喝酒叙旧，凌志文颇以女儿李颖为傲。第二天凌志文坠楼而亡，疑似自杀，但明川根据之前见面时情况推断凌志文不会自杀，并且从凌志文鞋上发现一滴凌志文的血，说明凌志文坠落前身体已有异常。通过凌志文手机，警方发现凌志文曾购买香港的保险，受益人是女儿李颖，凌志文可能是为骗保自杀。明川想要对凌志文进行全面尸检，但需要家属同意，李兰并不同意，但唯一直系亲属李颖却同意了明川的尸检。

　　明川对杰森的调查被罗笔芯阻止，但接着杰森却被人刺伤入院，并且拒不说出是谁刺伤自己。但很快罗笔芯与明川便查出刺伤杰森的就是李颖，但杰森却一直在保护她，原来杰森一直真心将李颖看作亲生女儿一样抚养，非常爱她。明川去采石场劝李颖回去跟李兰、杰森团聚，杰森向明川承认接触过凌志文，并且两个人早已和解，只是李兰不知情。明川想要重启对凌志文死因的调查，但没有获得批准。光明市再次发现干尸，罗笔芯赶去参与调查，死者死于三天前，满足并按条件，而明川有不在场证明，罗笔芯由此可以确定明川不是凶手，也就是说罗笔芯调查明川的任务结束了。陈怀远打电话给钟局决定调回罗笔芯。要走了，罗笔芯不自觉认同起明川对凌志文死因的执着调查，重新梳理凌志文案时发现凌志文病历少了几页，两个人一起到凌志文在采石场的宿舍调查，发现凌志文雕刻大量李颖肖像，还找到了完整病历，发现凌志文得白血病的原因是受到辐射，用仪器检测后发现辐射源就是房间中的一座雕像，经检验造成辐射的是钴60。

　　杰森一样具有作案嫌疑，明川和罗笔芯将杰森带进一间休息室，杰森看到休息室内放着一个刻着李颖像的石雕，她突然想起凌志文曾经告诉过自己他得白血病是因为有一个雕刻的石头带有很强的辐射，杰森抓狂要求离开这个房间。罗笔芯立刻同时提审杰森和李兰，李兰坚称自己并不知情，并声称杰森一直很讨厌凌志文，而杰森则说出了另一版本，他和凌志文的关系不是李兰说的那样。罗笔芯查出李兰在最近曾有过购买抗辐射药的记录，李兰终于崩溃说出实情，原来真正用钴60辐射害死凌志文的是李兰，李兰不想让一个坐过牢的父亲与李颖频繁接触，先是想用钱打发凌志文，但被凌志文拒绝，最后才下狠心害死凌志文。明川告诉李兰但尽管凌志文知道她用那块石头害自己得了急性白血病，但为了给女儿一个完整的家庭，他还是把李兰的指纹擦得干干净净，李兰知道后十分后悔内疚，但为之已晚。凌志文给李颖留下一座巨大的全家福雕像，李颖十分感动，她失去了父亲凌志文，母亲李兰入狱，好在还有爱她的继父杰森照顾。

　　罗笔芯要调离，欢送宴过后，明川和罗笔芯去协助派出所办案，本计划很快返回，但因道路受阻，只能到水云间度假村暂住，并奉命留意最近发生的孕妇失踪案。两人在水云间受到住客周天和她患癌症晚期的妻子杜小秋的迎接，因只剩下一间客房，明川、罗笔芯共宿一室十分尴尬，夜晚女孩林菲菲房间闹老鼠，明川判断地窖有异常，按图索骥发现地窖内一密室中的一具中年女性骸骨，初步检验发现她是被刀刺死的，南江警方立刻派人来调查。南江刑警队长夏滟是一直爱慕明川的师妹，一出现便与罗笔芯气氛尴尬。水云间的老板丁民富说自己发现那个女人时已经死了，只是藏尸，还拿了尸体上的十万元钱，藏而不报正是为了这笔钱，正是这笔钱让他有了水云间这份产业。夏滟以丁民富为第一嫌疑人展开调查，罗笔芯却感觉丁民富没有说谎，但明川的尸检结果增加了丁民富的嫌疑。与此同时，水云间附近山上的溶洞中，还在进行着另一桩案件。

　　丁春秋、黄小蓉、江小白也赶来帮助破案，还不时八卦起夏滟与罗笔芯的紧张关系。夏滟和罗笔芯一起去找曾经在水云间工作的丁强了解情况，丁强告诉他们丁民富的一些可疑行为，比如过于乐善好施，疑神疑鬼等，像是杀人后的忏悔和惊慌，丁民富的嫌疑似乎越来越大，但罗笔芯却觉得丁强曾被丁民富开除，怀恨在心不可轻信，罗笔芯与夏滟争论不下。骸骨身份确定是一个赵春梅的女人，曾经受过工伤，没有左手小指，但是明川却发现骸骨上面却有一根较新的左手小指，这说明附近还有新的尸体，恰好左手小指被老鼠叼到地窖里，被他们拼在一起。罗笔芯重新查看现场时发现死老鼠，叫上江小白一起循着死老鼠的分布轨迹找到一处溶洞。罗笔芯在溶洞中划伤了腿，同时发现了五具尸体，明川等人立刻展开尸检和勘查，其中一具是之前失踪的孕妇王月，丁民富声称自己曾目击过案发现场，但也不是自己作案。

　　尸检表明五个人是入水后溺死的，经过排查警方锁定了拐卖五名孕妇的人贩子李武，但李武在抓捕时当场死亡，在李武家中找到了丁民富的佛珠，而案发现场的脚印被证实是丁民富的。在周天的提示下，罗笔芯和夏滟再次询问丁强，丁强说曾半夜目击丁民富在溶洞旁形迹可疑，接着就被开除，丁民富的叙述遮遮掩掩前后矛盾，嫌疑越来越大。同时明川发现，周天虽做过医生，但仍然对杜小秋的康复心怀希望。所有线索都指向丁民富，案件将以丁民富为凶手结案，但此时明川发现死老鼠体内有血吸虫，五具尸体内也有，于是再次深入溶洞，却发现尸体所在的水池中没有血吸虫，查到这里，明川突然被神秘人打倒跌落到溶洞下层。罗笔芯撤离之时，与夏滟握手言和，明川却失踪不见，大家立刻寻找。

　　明川在医院醒来发现是罗笔芯救了自己，两个人关系更进一步。一直暗恋明川的夏滟将明川托付给罗笔芯，潇洒离去；郎世明看望明川时也撮合罗笔芯和明川，明川不置可否。明川告诉众人，丁民富没有感染案发现场和五具尸体上都有的血吸虫，他不可能是杀害五人的凶手。明川还通过骸骨上没有抵御伤，判断丁民富也不是杀害赵春梅的凶手，也就是说，丁民富自始至终没有说谎。接着江小白对五年前案发现场附近施工工地上的工人进行走访，原来杀害赵春梅的真凶早已经被抓。而杀害五名孕妇的真凶，则是...

　　周天为了救自己深爱的妻子杜小秋误信迷信，以为杀害五人就可以救杜小秋，却不想自己锒铛入狱之时，杜小秋已经撒手人寰。案件告破，罗笔芯又暂缓调走，明川内心竟有些欣喜。记者葛萍被割腕致死后抛尸，明川、罗笔芯出差，丁春秋只能带江小白、黄小蓉等人独自破案，很快他们找到葛萍生前叫的网约车司机钱程，钱程说自己与葛萍发生争吵后葛萍中途下车。丁春秋带队去葛萍下车地点附近重新勘查，怀疑葛萍下车后重新打车。但奇怪的是之前还有一个相似的死者何彬与钱程有关，两个人下车之后，钱程都很快停止接单，这似乎与钱程长时间高强度的工作状态矛盾。钱程在家里是妻管严，还被妻子施林戴绿帽子，但生性软弱的他选择忍气吞声。光明市找到同类案件，受害人金晶也是上了钱程的车，中途下车后遇害，三个案件之间一定有关联。警方对钱程进行跟踪，发现钱程再次与一女子发生争吵，但询问该女孩后却没发现异常。跟踪过程中警方还发现一辆可疑的奔驰车，丁春秋怀疑之前案件中被害女子中途下车后，上了另外一辆车离开。

　　这时候钱程来自首承认三个女乘客都是他杀的，但丁春秋通过行车记录仪判断他不是凶手，明川出差回来也同意这一点，钱程一定有一名同伙，钱程与几名被害女子的争吵话术就是那名同伙帮忙设计的。丁春秋调查钱程的生活环境和社交圈子，通过跟钱程一样的名贵烟，发现了他的同伙张珂，张珂立刻开车潜逃。丁春秋马上申请对张珂进行全市追捕，但是狡猾的张珂却让自己的助理开车往市外跑，自己开另一辆车开往相反的方向，去完成他最后的复仇。丁春秋判断钱程与张珂应该是达成了某种交易，张珂承诺帮钱程杀掉妻子施林，钱程虽痛恨施林但却无力动手。丁春秋让钱程见到施林，并将张珂潜逃的事告诉钱程，让他意识到张珂不可能遵守承诺帮助钱程杀死施林，钱程终于开口，告诉丁春秋，张珂小时候父母双亡，被姨妈收养，但姨妈在他小时候对他进行过长期的虐待，他应该去找姨妈复仇。此时张珂果然来到了姨妈家，姨妈仍然对张珂冷言冷语，张珂嘴上说想报答姨妈的养育之恩，但姨妈却不屑于接受，内心痛恨因为张珂所以没能要自己的孩子，没能过属于自己的幸福生活。

　　老人叶枫报案称自己的大儿子李晓北杀死了小儿子李晓东，但尸检表明李晓东的真正死因是高原肺水肿，李晓北似乎没有作案嫌疑。接着警方查出李晓北开有一家高低压氧仓体验馆，但其实这只是李晓北妻子薛媛借李晓北的医生资质开办的，合伙人就是李晓东，并且李晓东为了能去西藏曾使用过里面的设备。原来李晓东早就想去西藏，但李晓北知道弟弟身体不行一直不同意。叶枫不满意调查结果，他一直偏爱小儿子李晓东，于是聘请作为第三方的秦羽重新鉴定，秦羽是罗笔芯大学时曾喜欢过的师哥，这次与罗笔芯重逢，又开始追求罗笔芯，众人都提醒明川注意。秦羽上来便与明川针锋相对，提出李晓北明知李晓东有高原病而不及时制止，有杀人嫌疑，罗笔芯从医院将正面对医闹的李晓北带回进行测谎，但李晓北没有任何异常之处。

　　虽然李晓北通过了测谎，但秦羽却提李晓北在测谎过程中一直在挠手，很可能是为干扰测谎结果。明川提出李晓北在测谎中挠手，是因为他亲自给李晓东涂脚癣药膏感染所致，李晓北的嫌疑被排除，但这时他们却发现李晓北在体验馆内氰化钾中毒而死，像是自杀。但明川通过现场有被打扫过的痕迹，提出有他杀的可能，他还在现场闻到一种奇怪的味道。秦羽继续对罗笔芯进行追求，罗笔芯陷入纠结之中。秦羽、罗笔芯、明川一起吃饭，气氛尴尬。随着案件的调查，李晓北的妻子薛媛似乎有作案的可能，监控录像显示是薛媛给李晓东换的药，将维生素换成了治疗高原病的红景天，但却对他隐瞒了他患有高原病的事，间接导致了李晓东的死亡。尽管如此，但薛媛和李晓北已经达成相互的了解，薛媛没有杀李晓北的动机。唯一有作案动机的只剩下叶枫了，她会杀死自己的儿子吗？

　　秦羽带罗笔芯、明川一起参加商界朋友聚会，显得格格不入。当夜几个人分别后突然地震，罗笔芯被困电梯，明川和秦羽同时展开营救，关键时刻，明川先选择营救身边的人民群众。笔芯在危机之时发现救自己的并不是明川，而是羽，明川赶来，笔芯已经被秦羽抱上车，两人遗憾对视。之后秦羽买戒指向罗笔芯求婚，罗笔芯深思熟虑还是拒绝了他。进一步的检验在李晓北的指甲中发现了烟草残留物，而李晓北身边只有母亲叶枫抽烟，这时候薛媛才告诉警方，叶枫之所以恨李晓北，是因为叶枫多年前想要跟一个叫高建林的男人再婚，但李晓北却坚决反对。明川通过试验确定案发现场奇怪的味道就是烟草燃烧的味道，而且现场监控视频曾被删改，丁春秋推测应该是高建林做的，高建林在化学研究所工作，有机会接触到氰化钾。

　　高建林死后，叶枫承认是自己害死了李晓北，但明川告诉叶枫，李晓北其实是明知有毒自愿服下，他一直用亲手给叶枫卷烟的方式表达对母亲的关心，叶枫悔恨不已。

　　从蒋晖拍摄的照片中，丁春秋等人还原出现场的第三个人就是孙鑫。抓捕时，孙鑫挟持一名女孩。明川通过遗传性耳聋发现刘奕竟然是赵德龙的私生女，每个人没有那种关系，孙鑫正是怀疑赵德龙背叛自己的姐姐才杀死了赵德龙和刘奕的，在罗笔芯劝说下，得知真相的孙鑫束手就擒。

　　江小白坚信露露是善良的，安慰露露却被露露录像胁迫，明川发现江小白异常，帮助江小白见露露协商，露露给明川八天时间调查王伟死亡真相，同时江小白离开本案的调查。舒佳的就诊记录和江小白对市内一个月内火灾情况的排查，让警方发现舒佳、王伟一起被烧伤并就医，而舒佳声称与王伟是恋人关系，和王伟一起用公司技术在外面私自研发，但所在的地下室意外失火，对地下室进行勘察后证实了她的说法。但令人不解的是王伟被烧伤后为何不接受治疗。江小白在黄小蓉、罗笔芯等人的鼓励下，决定勇敢面对自己所犯错误，接受调查，因为他和露露之间真的什么也没有发生过。明川和丁春秋排查鹏海潜水俱乐部，发现露露十年前就会潜水，是资深潜水者，他们在俱乐部发现了十年前王伟用珍珠戒指向露露求婚的照片，而王伟则不会潜水。王伟为何突然学深潜，并不顾劝阻冒险下水呢。这时候他们发现露露和王伟约好近期一起去大蓝洞潜水。明川等人再次回到失火地下室，发现和舒佳同屋的不是王伟，而是郑虎。

　　案件看似结束，露露与江小白也冰释前嫌。但接着郑虎却离奇失踪，随后被发现晕倒在林中草地上，妻子张丽丽对郑虎一向不管不问，情人舒佳倒是对郑虎十分关心，郑虎醒来后失去记忆，舒佳一直陪在他身边照顾。郑虎受伤，郑虎公司股东jack李成为最大受益人，警方锁定第一嫌疑人，丁春秋奉命控制jack李，jack李交代郑虎想赔偿王伟遭到他拒绝，两人冲突郑虎扬言要公布王伟事故，jack李一气之下袭击杀害了郑虎。案件看似结束，细节的明川却总觉得另有隐情，果然，明川发现真正谋害郑虎了还有另外一个人——露露。原来，露露没有真正原谅郑虎，一直伺机报复，他发现jack李袭击郑虎后，又上去二次袭击了郑虎。这时候露露留下一封信离开，坦言自己杀郑虎失败后，已经没有活下去的意义，她要去海边潜水自杀。原来王伟是为了给舒佳重新做一枚珍珠戒指，赶在十周年纪念日那天送给露露，才迫不及待冒险潜水拿到深潜证，因之前的烧伤而死，八天的期限也是因为十周年纪念日。伤心欲绝的露露接受不了王伟的死，独自来到海边，下水后脱掉了潜水氧气瓶。

　　就在露露在水下准备自杀之时，江小白下水救她上来。王伟给露露留下一封深情款款的信，将对露露所有的爱都留在了信中。这封信让露露重新获得了活下去的勇气，露露准备一个人去大蓝洞，完成属于她和王伟两个人的愿望。舒佳一直陪在失忆住院的郑虎身边，等待郑虎重新爱上自己，她看出罗笔芯喜欢明川，鼓励罗笔芯大胆说出自己的爱，但罗笔芯面对明川之时却又扭捏起来，还没来得及说出口，宫城打电话来将罗笔芯叫回了光明市。

　　宫城回光明市追捕逃犯，法医中心里明川已经察觉宫城在套自己的话，黄小蓉有些担心，明川却十分坦然。接着宫城在追捕逃犯过程中将逃犯邹云龙击毙，被怀疑过度执法，陷入舆论漩涡中，罗笔芯回光明市协助调查真相，明川主动提出帮忙，因为之前宫城对明川进行调查，不禁让人觉得明川会对宫城不利。 舆论之所以一边倒，是因为邹云龙五年前抢银行时曾将宫城的女朋友打成瘫痪，宫城被认为公报私仇击毙邹云龙，而他本人也不愿意进一步辩解。明川表现的无能为力，罗笔芯质疑明川不愿尽力。但明川还是跟罗笔芯等人回到案发现场，还原过程发现现场有可能存在另一个开枪的人，但只有找到那枚弹壳才能救宫城。经过一天一夜的搜索，现场并没有找到新的弹壳，明川到时间必须提交报告，眼看宫城就要被移交给检察院，这时候有人报案称案发现场有一个奇怪的人出没。

　　原来这个奇怪的人就是明川，明川发现现场有乌鸦活动，而乌鸦有将亮的东西叼回巢中的习惯，明川从乌鸦的巢中取回弹壳，经过检验并非从宫城的枪中射出，也就是说现场真的有另一个人开枪。但想救宫队他们还要找到真正的凶手，明川对邹云龙的尸检发现他有跑步的习惯，从他的跑步路线上找到了他经常去的一家餐馆，餐馆老板说有一个人曾与邹云龙因财务纠纷吵架，并协助警方画像。画像的结果表明与邹云龙发生冲突的就是五年前与邹云龙一起抢劫银行的卢强，而明川通过卢强身上有皮疹以及在市区久侦无果等信息，推断卢强住在船上，罗笔芯等人果然在船上找到并抓获卢强。卢强交代他与邹云龙因财生恨，杀人灭口还栽赃宫城的过程。宫城洗脱嫌疑重获自由，明川帮了大忙，宫城感激明川，经过这件事罗笔芯、宫城都希望赶快洗脱明川的嫌疑。回到鹏海市之后，罗笔芯根据明川没有儿时记忆的线索，查到一名叫李卓的心理咨询师，但李卓却警惕地不承认有帮人失去记忆的方法。这个过程中江小白发现了罗笔芯对明川的调查，罗笔芯不得不将干尸案以及对明川的怀疑都告诉了江小白，江小白同意帮。

　　原来那天明川出现在刘滨案现场去为了去李卓那进行心理咨询，之所以刻意隐瞒是怕影响法医的工作。笔芯和小白都放下心来，可是第二天明川还是因为心理问题被停职。明川再去李卓那进行心理咨询，发现罗笔芯到这里来调查过自己。罗笔芯参加培训回来后发现明川已经从自己对门搬走，江小白以为是罗笔芯骗了自己将明川病历上交，对罗笔芯非常失望，罗笔芯有口难辩，其实这只是干尸案专案组的正常程序。明川通过督导组考核恢复工作，却似乎处处躲着罗笔芯，罗笔芯有些失落，单独约明川深谈，坦言自己对明川的信任，以及这段时间培养出的感情，但明川仍然一副公事公办的冷漠态度。宫城与瘫痪的女友拍婚纱照准备结婚，罗笔芯找他谈心解忧，虽然已经暴露但她还想留下证明明川不是干尸案凶手，宫城一眼看出罗笔芯喜欢上了明川。这时候李卓妻子刘丽娜自首说她在客厅失手打死李卓，但现场却是李卓死于厨房内的煤气中毒。

　　明川尸检发现李卓体内吸入煤气的量过大，不可能是自杀，现场还发现了一根头发，但与李卓、刘丽娜DNA都不符。警方经调查得知，李卓与助手张蕾婚内出轨，但那根头发也不是张蕾的，罗笔芯只能继续调查现场有无其他人出入，明川依然与罗笔芯保持着距离。回到家里罗笔芯却发现一封明川之前写给自己的表白信，原来明川也对罗笔芯产生了感情，但这封信是在明川发现罗笔芯调查自己之前写的，现在两个人处于误会当中。罗笔芯仍然十分感动，下决心查清明川的一切，在刘滨案的资料中发现一张小孩的照片，是在地球村福利院拍摄的，小孩很像明川，于是罗笔芯前去调查，福利院的大爷认出照片中的孩子叫朱易。罗笔芯返程的大巴车因一个叫张丕林的人纵火被烧毁，车上的人全部被烧死，众人都以为罗笔芯也被烧死了，伤心不已。明川到罗笔芯家发现罗笔芯对自己的调查线索图，再次感到震惊，不过内心坦荡的他更多的是对罗笔芯的思念。但是罗笔芯其实因抓小偷逃过一劫，他回到刑警队的那一刻众人非常高兴，明川压抑着内心的喜悦，之前对罗笔芯的芥蒂已经消除大半。

　　罗笔芯将那张小孩照片给明川，明川认出小孩就是自己，但之前郎世明却告诉罗笔芯，明川是在医院被养母捡到的，明川和罗笔芯前嫌尽释，决定一起去地球村福利院进行调查，共同找出真凶。明川和罗笔芯在地球村福利院查看一番后，明川却对这个地方毫无记忆，两个人在地球村福利院的房顶上互诉衷情，彼此信任。接着他们查到了福利院原来的院长吕秀琴现在就职于鹏海精神康复中心，但当他们赶到康复中心之时，吕秀琴已经被杀身亡，丁春秋等也赶到现场展开调查，疑似精神病人出逃时杀死了吕秀琴，现场还发现了一只奇怪的死猫，报案人杨爽被吓得惊慌失措。凶刀上的指纹属于出逃的病人陆振强，经过警方努力出逃的精神病人全部被抓回，其中竟然有两名假冒的精神病人，各有各的原因，似乎与案件没有直接关系，对吕秀琴的死他们却都说凶手是外星人，外星人应该是他们眼中的猫。明川检验发现猫是急剧减压而死，在有减压环境的厂房他们发现，车间主任是杨爽的表哥。当他们赶到杨爽家里询问时，杨爽很快因狂犬病不治而亡，死前留下遗言有人给她钱，杨爽家里发现了养猫的痕迹。

　　明川和罗笔芯经过调查是一个叫方芳的幼儿园老师给她钱让她篡改检测结果，以阻止家暴的丈夫出院。明川和罗笔芯来到吕秀琴家中探访，从吕秀琴丈夫口中得知吕秀琴曾因杨爽篡改病历与之发生争吵，后来杨爽便策划病人出逃，导致了吕秀琴的死亡，案件真相大白。吕秀琴的丈夫看到那张照片，也确认照片中的小孩就是朱易，而且记得妻子吕秀琴说过这个孩子很特殊，明川隐隐有些无法证实的担忧，这一系列案件似乎都与自己有关。明川找到郎世明求证，从郎世明口中得知自己被养父母从福利院收养的真相，亲生父亲朱和平出国找陆伟为爷爷朱加木报仇，陆伟已死而朱和平至今下落不明，朱和平很可能是杀死陆伟的凶手，因为担心这件事影响明川当警察，郎世明才一直隐瞒。亲生父亲朱和平可能是杀人凶手，明川决定辞职出国寻找朱和平下落，钟局让他等待批示，众人都不愿意让明川离开。明川、罗笔芯各有各忙，黄小蓉、江小白开始学着独当一面，送水工王一涵报案，老人李文正在家中缢死，黄小蓉在明川鼓励下独立对李文正进行尸检，发现李文正在上吊前就已有心梗症状，不可能自己上吊。

　　李乔承认因为乐队需要用钱，而李文正反对李乔搞乐队，不愿借钱给李乔，便发生争吵，并在摔门而出时碰见了王一涵，但他离开家时李文正还好好的。而一个想要包养李乔的富婆给李乔作证，洗脱了李乔的嫌疑。李乔说王一涵可能知道李文正那个藏钱的盒子，王一涵曾背着病发的李文正去医院，自那以后便与李文正关系很好。而王一涵从进入李文正家到报案之间的时间过长，并有意隐藏了与李文正的关系，十分可疑。明川在给郎世明按摩肩颈的时候受到启发，查看王一涵的手之后确定，王一涵一直在送水之余给李文正做肩颈的按摩，两个人的关系远比王一涵所说的要亲近的多，案发现场发现的一块牛肉上检测到了王一涵的DNA，江小白又查出王一涵打算开按摩店，罗笔芯让江小白负责审讯王一涵。

　　原来在李乔摔门离去之后，王一涵看到李文正藏钱，向李文正借钱被拒绝，发生争执后李文正心梗休克，王一涵误以为李文正已经死了，就将李文正吊了起来，这才是真正导致李文正死亡的原因，听了明川的分析，王一涵万分悔恨，他以为李文正已经死了，才将李文正吊起来伪装成自杀。案件破获，李乔终于与父亲李文正和解，用歌声表达对父亲的思念。这时候罗笔芯突然发现李文正曾是地球村福利院的档案管理员，与明川身世有关的人接连死亡，李文正家的矿泉水中查出了强效安眠药三唑仑，而王一涵却说自己对这一切一无所知，他从来没想过要害死李文正，很可能是有人在他送水过程中加入的三唑仑，罗笔芯想到干尸案受害者刘滨似乎也是因三唑仑失去意识的，立刻觉得幕后有一个影子凶手一直在偷偷作案。

　　罗笔芯重新梳理案卷，发现杨爽的猫并没有得狂犬病，杨爽的狂犬病另有来源，明川带罗笔芯一起去请教郎世明，郎世明告诉他们狂犬病毒可以通过注射传染。深夜罗笔芯仔细研究一系列案件，却接到郎世明被袭击的求助电话，在望月湾海边小屋，郎世明声称自己被朱和平袭击，朱和平坠海失踪，搜索无果后，警方推断朱和平生还机会渺茫。干尸案专案组全部出动，在小屋附近发现一个货柜，经证实就是干尸案凶手朱和平制作干尸的地方。郎世明在医院脱离危险后，将朱和平作案的动机告诉明川，原来明川的爷爷朱加木在一次科考任务中失踪，但朱和平认为是陆伟等人害死了朱加木，于是这些年一直对科考队其他成员复仇，朱和平认为朱加木在沙漠中变成干尸而死，所以将这些复仇对象制成了干尸。朱和平联系郎世明后，郎世明想阻止朱和平，因此被朱和平袭击。

　　得知真相的明川来到海边小屋，希望能够找到朱和平下落。罗笔芯安慰明川，与他一同面对。朱和平暗中杀吕秀琴等人，以及用张丕林烧大巴车对付罗笔芯，都是为了隐藏明川的身世。现场勘查证实了郎世明的叙述，郎世明很快便出院回家休养，罗笔芯前去看望，郎世明问罗笔芯对明川心意，将明川托付给罗笔芯。罗笔芯到明川新住处去见明川，明川拿出准备好的戒指，与罗笔芯相拥定情。明川从一民警朋友处取回郎世明丢失的钱包，发现郎世明在遭遇朱和平那晚曾在歌厅外被一群小混混殴打，而这里离家很远，滴酒不沾的郎世明居然喝了酒，这些反常举动让明川觉得郎世明有所隐瞒。罗笔芯发现疑点后，向郎世明讨字，发现郎世明才是那个在明川领养申请上签字的人，也就是说郎世明之前撒了谎。罗笔芯将这一发现告诉明川之前，她被郎世明用乙醚迷晕后藏了起来。李卓死亡现场的那根头发，被证实与朱和平的DNA一致。明川等人认为掳走罗笔芯的人是朱和平，立刻展开全城搜救。

　　朱和平还没有死，明川担心郎世明安全，发现郎世明第二天要坐飞机出国，与郎世明吃完最后一餐后离开。但这一餐也让明川察觉到郎世明的一些异样，明川回想郎世明被朱和平划伤的伤口过于平整，很可能是自己造成的。这时候丁春秋等人发现了罗笔芯的车，检测到了强效乙醚，大家更担心罗笔芯的安全，加大搜索力度。明川让丁春秋带郎世明回刑警队配合调查。郎世明讲述自己去歌厅喝酒唱歌以及打架的过程，并坦然让黄小蓉复查自己的伤口。见询问无果，明川亲自进去与郎世明对质，并对郎世明进行测谎，但郎世明应对自如，轻松通过，明川只能放郎世明离开。时间快速流逝，众人全城搜救罗笔芯的同时，怀疑罗笔芯一定是查到了关键的线索才被绑架，于是在罗笔芯家里发现了笔迹对比结果，确定郎世明涉案，于是兵分两路，宫城去机场截住郎世明，明川等人去海边集装箱内营救罗笔芯。明川想起郎世明曾提到的回巢蛛，在望月湾附近的那个干尸案货柜里救出了罗笔芯。