Taichi es un niño que se prepara en casa para un campamento mientras su madre y su hermana han salido de compras, pero cuando lo que parece un ataque ciberterrorista pone en peligro el tren en el que ambas se desplazan, intentará llegar a Shibuya como sea para poder ayudar.

Taichi conoce a Yamato en el Mundo Digital, otro niño acompañado de un Digimon llamado Garurumon. Juntos intentan detener con el apoyo de Koshiro a los Digimon responsables de un ataque a los sistemas de seguridad de Estados Unidos, en especial cuando toman el control de un submarino nuclear.

Taichi y Yamato atacan para acabar con el enemigo que tienen ante ellos, pero tras la batalla, llega la hora de plantearse lo ocurrido. ¿Era todo un sueño? ¿Pudieron salvar Tokio? ¿Qué era eso?

Taichi está en el Mundo Digital, y aunque espera encontrar allí a Koshiro, es Sora la que aparece y conoce a Piyomon, una tierna Digimon que se convertirá en su compañera.

Taichi y sus compañeros llegan a un templo donde una misteriosa voz les habla de la oscuridad que se cierne sobre el mundo y de los Digimon Sagrados, los guerreros que podrán vencerla y a quienes tendrán que guiar.

Los protagonistas están buscando comida cuando encuentran un delicioso huerto, aunque no contaban con su guardiana, ¡¿una humana?!

Los protagonistas comienzan a cruzar el mar, pero un misterioso Digimon les impide seguir. Al hacer una pausa en una isla cercana conocerán a otro de los Niños Elegidos, pero no parece interesado en su aventura.

Los Niños Elegidos se encuentran con una fortaleza de aspecto militar pero que claramente parece tener relación con los ataques que están recibiendo, y allí encontrarán a un viejo conocido que también quería explorar el lugar

Taichi y sus compañeros descubren algo sobre los Digimon Sagrados, pero su enemigo sigue atacando, y esta vez tendrán que enfrentar a un Digimon Perfecto

Metaltyranomon es un duro oponente y pone contra las cuerdas a nuestros niños protagonistas, pero gracias al ingenio de Koshiro y al valor de Taichi y Agumon, preparan un plan con el cual esperan tener una oportunidad

Los protagonistas se dividen en equipos, y Mimi, Joe y Yamato atraviesan un desierto repleto de peligrosos Digimon en cuyo centro hay unos Digimon que necesitan ayuda para ir a ver a un tal Leomon

El grupo de Sora, Joe y Yamato se encuentra con un grupo de Funbeemon a los que persigue un enorme Digimon. ¡Pero eso no es lo peor! ¡Se llevan a Joe y a Gomamon!

El grupo de Taichi llega a un enorme laberinto natural donde aparecen unos enemigos que los acorralan. El problema es que la tablet de Koshiro no funciona y no puede ayudar analizando la situación.

Sora, Joe y Yamato se encuentran en la montaña nevada con un Mammon enorme que amenaza su huida, pero cuando Sora resulta herida y hay que llevarla a un lugar seguro, Joe será quien salga al paso para proteger a sus compañeros.

Los protagonistas han regresado a Tokio y lo primero que quieren hacer es regresar a casa (al menos quienes no quieren una hamburguesa con queso y aguacate), pero la ciudad parece estar bien y todos actúan como si no hubiera pasado nada.

Tras derrotar a Eyesmon aparece Orochimon, mucho más grande y poderoso y cuyo poder parece estar afectando a la Shibuya del mundo real. ¿Cómo?

Cuando pensaban que habían vencido la batalla, un nuevo enemigo surge de las sombras y está a punto no solo de derrotarles, sino de destruir incluso Tokio.

Los Niños Elegidos se separan y solo Yamato y Taichi se quedan en el Mundo Digital, regresando el resto a Tokio. Los dos niños se encontrarán con Leomon y la resistencia que se enfrenta a Devimon, quien les explicará algunas cosas.

Taichi y Yamato luchan por rescatar a Takeru mientras el resto están en el mundo real intentando descubrir cómo regresaron.

Mientras Yamato y Taichi intentan recuperar el Digihuevo del Digimon Sagrado, en el mundo real Koshiro descubre algo terrorífico, y es que la ciudad está bajo grave peligro nuevamente.

Mientras el grupo de Taichi intenta recuperar el Digihuevo del Digimon Sagrado, Joe, Mimi, Sora y Koshiro lidian con el problema en el mundo real. ¡Y ambos bandos tienen problemas graves!

Mientras Taichi, Takeru y Yamato se enfrentan a un excesivamente poderoso Devimon, en el mundo real el grupo de Joe, Koshiro, Sora y Mimi intentan detener los cargueros y descubren algo terrible.

Devimon ha evolucionado a algo demasiado poderoso y en el mundo real los problemas se acrecentan. Un Metalgreymon repleto de ira perderá el control y...

En el mundo real la situación empeora por momentos mientras Koshiro y el resto intentan dar con una solución, en especial cuando parece que todo puede desembocar en una guerra a gran escala. Mientras, Taichi, Yamato y Takeru se encuentran en una situación muy inesperada cuando ya están completamente agotados.

Mientras Taichi, Yamato y Takeru se enfrentan a nuevos Digimon que llegan en hordas en el nuevo continente, Koshiro, Joe, Sora y Mimi intentan solucionar la crisis con los barcos descontrolados en el mundo real.

Los niños vuelven a reunirse en una situación desesperada, pero por fin avistan el nuevo continente. Aunque lo que les espera allí son más enemigos, más poderosos y capaces de cosas que nunca habían visto antes.

Completamente rodeados por Digimon hostiles, los niños se han visto separados y tienen que reunirse una vez más, pero tendrán que abrirse paso como puedan entre enemigos formidables.

SkullKnightmon se ha llevado a Hikari y aunque los niños siguen separados, Taichi no duda en ir a buscarla.

Un Digimon más poderoso que un Nivel Perfecto se interpone en el camino de Agumon y Taichi mientras Sora escapa con los Digimon de la jungla, y parece que están indefensos ante él...

La evolución a WarGreymon despierta los recuerdos de un Digimon que participó en la ancestral guerra del Mundo Digital entre la luz y la oscuridad. Pero, ¿qué descubrirán Taichi y Sora con ello?

Un grupo de Fangmon ataca al grupo de Taichi, Sora y Takeru, quienes intentan reunirse con el resto. Los enemigos sin duros y Patamon está herido, pareciendo que le costará recuperarse.

Hikari sigue en las garras de Skullknightmon mientras Taichi y sus compañeros intentan rescatarla, pero ella parece en trance. ¿Quién es la voz que la llama?

El grupo de Taichi acaba sumergido en el mar, donde conoce a un nuevo Digimon. Allí Tailmon quiere proteger a Hikari, pero esta no quiere que su compañera luche sola por ella

Los niños continúan su viaje submarino, pero aparecen más enemigos. Tailmon revela que tiene miedo a evolucionar por si la oscuridad sigue en su interior, pero...

Los Niños Elegidos siguen intentando encontrar la forma de evitar que la Estación Espacial Internacional caiga sobre Tokio, pero un nuevo enemigo complica todavía más las cosas.

Taichi y Sora se encuentran por un accidente con Mimi finalmente, quien está en una guerra para salvar a unos Digimon de un tirano que los explota... y se queda todas las gemas preciosas que excavan en su mina.

Gabumon ha sido capturado por unos Digimon que quieren absorber su energía para ofrecérsela a un cristal negro, así que Yamato, tras encontrarse con Joe y Gomamon, les pide ayuda para salvar a su amigo y compañero.

Los Niños Elegidos llegan a un restaurante que parece una estación de servicio de su mundo y donde los Digimon descansan de sus viajes, ¡y sirven hamburguesas! ¡Y con patatas! ¡Pero a nadie le gustan las patatas excepto a Joe y a un nuevo amigo que hace allí!

Sora y Taichi animan a los Digimon a jugar a su amado fútbol y descubren una isla flotante con frutas de aspecto delicioso. Cuando ambos acuden a recoger frutas para todos, descubren a unos Digimon en peligro de una forma aterradora.

El grupo para descansar y se reparten tareas. Yamato y Takeru van a buscar comida pero se encuentran un misterioso parque de diversiones en una zona con niebla y deciden visitarlo brevemente, pero la diversión no es lo que parece...

Taichi y Koshiro se encuentran con una montaña de basura repleta de objetos de su mundo, y allí es donde conocen a Gerbemon, un Digimon científico que investiga entre todos esos tesoros de otro mundo.

Un extraño sonido comienza a afectar de formas muy extrañas a los Digimon, pero los niños descubren que todo es culpa de un duelo musical entre Etemon y Volcamon.

El grupo se encuentra un enorme bosque que resulta ser un Digimon gigantesco, pero pese a ser muy poderoso, tiene cierta batalla que luchar.

El grupo encuentra un circuito de carreras y Gabumon no puede resistir las ganas de correr, en especial cuando conoce a Machmon, un Digimon muy veloz que corre en solitario en el circuito.

Un nuevo enemigo aparece ante los Niños Elegidos y se los traga para hacerlos combatir y extraer sus datos, pero entre los enemigos que les presenta, Angemon encuentra uno muy particular: Devimon.

Taichi y Agumon parten en mitad de la noche a buscar a Joe y Gomamon, quienes han desaparecido del campamento. Es entonces cuando encuentran un misterioso grifo y conocen a Nohemon, quien les dice que sus amigos han sido secuestrados por dos grupos rivales que luchan por el control del agua de la zona.

Los niños llegan a FAGA, pero allí los espera un terrible enemigo: Mugendramon.

Tras quedarse atrás Taichi y Agumon, el resto de niños están muy preocupados por ellos, en especial Hikari. Yamato, Sora y Koshiro partirán a ayudarlos mientras Mimi, Hikari y Joe se quedan atrás para que sus compañeros se recuperen.

Millenniumon tiene a todos atrapados y solo Taichi está en el exterior en posición de salvarlos, pero las esperanzas de todos se convertirán en su fuerza y crearán un milagro.

Los niños reciben una llamada de Gerbemon y acuden al árbol que reúne todos los datos del Mundo Digital, donde descubrirán que su misión todavía no ha acabado

Sora y Taichi llegan a una isla con un volcán donde sus habitantes trabajan duramente para crear muros de protección, pero cuando Piyomon se lastima, Sora parece que quiere que guarde reposo sin hacer nada.

Cuando Joe, Hikari y Takeru llegan a las aguas termales a las que iban, ¡estas han desaparecido! Y todo parece obra de Tonosamagekomon.

Taichi y Agumon llegan a un páramo repleto de peligrosos Digimon, pero uno de ellos, Rebellimon, parece ser algo más que un simple Digimon muy poderoso buscando pelea

Mimi y Palmon llegan a la aldea de los Tanemon en la que solía ser reina, pero ahora el lugar es una escuela Digimon donde su directora enseña a los Digimon a evolucionar.

Yamato y Gabumon encuentran un asentamiento de Digimon asedidados por el misterioso Zanbumon, un Digimon al que parece no afectarle nada y que solo ataca en la noche. Garurumon siente algo en el lugar, y...

Taichi y Agumon siguen con su viaje cuando se encuentran con los Algomon, aunque uno de ellos parece haber evolucionado mucho y les dice que tienen una misión: ponerlos a prueba. ¿Podrán Agumon y Taichi salvarse?

Hikari y Tailmon regresan al bosque de Petaldramon guiados por el Emblema y allí descubren que unos malvados Digimon atacan a los Digihuevos.

Koshiro y Tentomon regresan a un lugar que conocen del pasado, pero allí los espera Nanomon con una mazmorra y reto con acertijos que pondrá en juego las vidas de sus amigos.

Joe y Gomamon tuvieron que abandonar las aguas termales y están cruzando una zona helada cuando no pueden más, pero entonces...

Taichi se encuentra con Leomon y Eldoradimon, quien intenta regresar al Continente Cloud con la ayuda de Takeru y Patamon pese a que parece una tarea imposible

Sora y Piyomon se esfuerzan con varios conocidos Digimon para crear un pueblo Digimon, pero no esperaban que el Digimon benevolente que dice la leyenda que protege el lugar... no lo fuera.

Taichi llega al destino que marca su Digivice, pero ¿qué encontrará allí?

Los Niños Elegidos regresan junto a Wisemon y los monolitos, pero una horda de Soundbirdmon ataca y...

El Mundo Digital está a punto de desaparecer y ante los niños aparece la amenaza definitiva: Negamon.

Negamon rompe la barrera entre el Mundo Digital y el mundo real y ambos están a punto de desaparecer. ¿Podrán tan siquiera hacer algo los niños?

La batalla final contra Negamon comienza. ¿Cuál será el destino final de los Niños Elegidos, el Mundo Digital y todos aquellos que depositaron sus esperanzas en ellos?