在被垃圾山包圍的城鎮里巴切斯塔，少年艾克以撿垃圾為生。一天，他挖出了一個不明真實身份、腰上有個插孔的少女。艾克將沒有記憶的她帶回了家。然而他的行動卻在動搖城鎮的騷動中影響開來。

簡直像逃跑一樣，艾克和繆離開了里巴切斯塔城鎮。而等待著他們兩人的，是無人的荒野和一望無際的鐵路。本想就這樣持續平靜的旅程，但無耳卻突然出現並襲想他們。兩人拼命應戰，最終還是逃到了森林裡。並且在那裡，身份不明的祈手即將來襲。

擁有綽號“真紅麗人”的祈手碧琳，救下了因受到艾茵、施蒂爾、岑德三姐妹的精神攻擊而陷入窘境的艾克和繆。艾克在碧琳擔任副所長的“顫音技術研究所”裡醒來。另一方面，繆以與三姐妹的戰鬥為契機，開始對和艾克繼續旅行一事產生了困惑。

從顫音技術研究所那裡得到情報後，艾克和繆為了尋求吉米的線索而造訪“Freak Scene學園”。兩人在那裡受到校長基姆所託，調查學園內正蔓延的名為“TEEN SPIRIT”的怪噴霧罐的源頭。只要成功的話，就能拿到吉米在校時的記錄。

追逐吉米的足跡，艾克和繆來到了被稱為殿下的祈手所統治的城市“佩斯利公園”。然而他們才剛到，就因為一點小事而吵起架。總之兩人為了賺錢而開始了各自的打工生活。出生以來第一次差點被都市氣氛給吞沒的艾克，在那裡遇到了名為基德的男人。

自10年前的慶典以來，吉米至此行踪不明。為了與帶著負傷的他也隨之消失的諾姆族民相見，艾克和繆繼續前往至海岸。但是在中途，艾克卻因為發高燒而倒下了。在尋求幫助的繆面前，一條路和巨大的牆在海上浮現出來。而那個牆壁下看著的門，正是諾姆之國的入口。

從羅絲那出發的艾克他們，面前出現了稱呼繆為“公主”的青年將校。Council部隊統治著曾經被稱為世界中心的城市倫狄尼姆，而他正是部隊的隊長，托米·沃克。在托米的拜託下，繆在平安夜表演的舞台劇中擔任女主角。

異形音波機甲Dual Showman用耀眼的閃光照亮了倫狄尼姆的街道。站在其肩上的繆與曾經失控的吉米相重疊，艾克受到了衝擊。在托米的指揮下大規模的無耳殲滅作戰開始，艾克為了阻止繆和托米，決定潛入望台。

無法將言語傳達給繆，艾克連站起來的力量都沒有了。他醒來以後，發現自己在無邊際的農田小鎮克拉克斯代爾的盡頭，少女詹尼斯的家裡。受到詹尼斯的熱情款待，艾克的內心開始慢慢治愈。另一方面，在布萊頓海灘，托米的作戰計劃將付諸實行。

托米的作戰計劃失敗了，另一方面，就像呼應覺醒的繆一樣，無耳正殘暴化。其威脅開始在全世界展開。殿下等人降落在被燒成荒野的布萊頓海灘，為了將世界從即將到來的終末中拯救出來而站了起來。此時，凱文、碧琳和諾姆國的羅絲等人也開始了各自的行動。

祈手們的絕招攻擊對作為無耳的王站在眾人面前的繆毫無作用。大家已經無計可施，里巴切斯塔城鎮已陷入混亂。但是，作為祈手乘著AC30的艾克卻出現在了那裡。艾克對打算和世界告別的繆說：“我要再見你一次。”到底他的聲音能否傳達給繆？