記憶を失った少年・ユウキは見知らぬ世界で目を覚ました。彼の従者となるべく現われた小さなガイド役・コッコロとともに、２人は美しき大地「アストライア大陸」を旅していく。王都「ランドソル」に到着した彼らは宿代を稼ぐため、ギルド管理協会の仕事を引き受けてキノコ狩りのクエストに出かけるのだが……。

今日もランドソルの美味しいご飯を食べ歩いているペコリーヌ。そんな彼女のもとにユウキ、コッコロ、キャルがやってきた。お腹を空かせたキャルたちが食堂のメニューを注文しようとするも、すでにお店の食材はペコリーヌによって食べつくされた後だという。そこでペコリーヌが注文したのは禁断の「裏メニュー」だった！

キャルも加わり、美食殿を結成した４人は、ギルド管理協会から「ギルドハウス」と呼ばれる活動拠点を借りることができた。憧れのギルド生活に胸を踊らせる一同。しかし、長年放置された建物の中には凄惨な光景が広がっていた。彼らは力を合わせてギルドハウスの大掃除を進めていくが……。

ギルドハウスでの生活も慣れてきたある日、ユウキがひどい風邪を引いてしまう。コッコロたちはユウキを献身的に看病するが、風邪は一向に治る気配がなく、病状は悪化していくばかり。仕方なくユウキを近くの診療所へと連れていくペコリーヌたちだが、そこで彼らは衝撃的な経験をすることになるのだった。

ギルド管理協会の依頼により、スパイスの原料を収穫するクエストに出かけたユウキたち。ペコリーヌは美食殿の本格的なギルド活動がスタートできたことに心を弾ませていた。一方、ペコリーヌたちの目的地であるタルグム村の周辺では「シャドウ」と呼ばれる謎の存在により村人が行方不明となる怪奇現象が起こっていた。

タルグム村周辺の森でシャドウと接触したギルド・エリザベスパークの面々。戦闘の最中、メンバーの一人であるシオリはシャドウに身体を飲み込まれてしまう。シオリの姉・ハツネやエリザベスパークと出会ったペコリーヌたちは、シオリの身に起きた出来事を知らされると彼女を取り戻すため、シャドウとの戦いに挑む。

ペコリーヌたちは新たなクエストを求めギルド管理協会へとやってきた。様々な内容が書かれた張り紙に目を通していく中、彼女たちは風変わりな依頼書を見つける。それはミミたち３人の子どもが結成した非認可のギルド・リトルリリカルが書いたものだった。子どもたちの依頼を引き受けることにしたユウキは……。

商店街の福引きでコッコロが一等を当て、美食殿の一同は景品で海水浴に出かけることになった。とある海岸へとやってきた彼女たちは、海の家で働くサレンディア救護院のサレンやスズメと再会する。昼時にも関わらず閑散としている海の家を心配するキャル。しかし、それにはとある理由があるというのだが……。

馴染みの食堂・コカトリス亭にお土産を届けにやってきたユウキとコッコロ。しかし、コカトリス亭のマスターは何かに取り憑かれたように一心不乱にプリンを作り続けていた。どうやら、何者かがマスターにプリンを作るように追い詰めているらしい。そんな中、コカトリス亭に占い師の少女・シノブがやってくる

寝坊をしてなかなか部屋から出てこないキャルを心配するペコリーヌ。何かあったに違いないと部屋に飛び込んだところ、キャルの大事にしていたぬいぐるみをボロボロにしてしまった。裁縫が得意なコッコロがぬいぐるみの修理を申し出るが、肝心の補修するための布が見つからない。さっそく街へ繰り出す彼女たちは……。

美味しそうな朝食が並ぶ食卓になぜかパンが用意されておらず憤るキャル。どうやら農村と市街とを結ぶ街道に強い魔物が住み着いてしまったようで、いろんな作物の流通が滞っているのだという。市場の人々の困った姿を目の当たりにしていたペコリーヌは、キャルやコッコロたちを伴って危険な討伐クエストへ挑むことに。

ラビリスタの助力によって強大な敵・シャドウＸの攻撃を免れたペコリーヌたちは、ラビリスタの能力で作られた仮初めのランドソル王宮へと導かれていた。宮殿内に飾られたペコリーヌの肖像画に驚くコッコロ。神妙な面持ちで彼女の前に現れたペコリーヌは、これまでずっと胸に秘めてきたある重大な秘密を打ち明けるのだった。