目を覚ますと蜘蛛に転生していた「私」。生まれてすぐ同種の共食いに巻き込まれ、さらには母蜘蛛にまで命を狙われるって無理ゲーすぎる！メンタル最強女子高生（？）の異世界サバイバル開幕！

拠点となるマイホームを作り、魔物を倒してレベルアップを重ねる「私」。 食料がまずいことを除けば、それなりに満足できる生活を送っていた。 しかし、人間が現れたことで状況は一変。 マイホームに火が放たれ……。

上位種に進化した「私」は新スキルの習得やステータス向上により強くなった。向かうところ敵なしとばかりに迷宮を突き進んでいくが、勢い余って凶悪な魔物がうろつく下層に落ちてしまい、さらなるピンチに見舞われる。

地龍の脅威から逃れた「私」は、逃げ出したことをちょっぴり悔やみながらも、前を向いて進んでいく。しかし、ここエルロー大迷宮は魔物同士がせめぎ合う弱肉強食の世界！新たな脅威がすぐ側まで迫りつつあった。

新たな階層へたどり着いたものの、目の前に広がっていたのは灼熱地獄のマグマ地帯！スキルの要となる糸は燃えるし、マグマの中を泳ぐ魔物とはまともに戦えない。「私」は先送りにしていた次の進化を試みる。

中層のマグマ地帯の探索を続け、新たな魔物に遭遇した「私」。素早さ以外は勝るところがない、絶望的なほど格上の強敵だった！「私」は新たに取得したスキルを駆使しながら、反撃の一手を探ろうとする。

〈忍耐の支配者〉の称号を手に入れた「私」は、邪眼系スキルが解放されたことに大喜び！さらにスキル〈鑑定〉のレベルがカンストし、不思議な現象が起こる。一方、学園ではサバイバル実習が始まろうとしていた。

管理者の存在を感じ取り、震え上がる「私」。でも、悩んでいたって仕方ない！今まで通りを貫く「私」は、異常なステータスを受け入れ、魔法を習得しようとする。すると、遠くから激しい戦闘音が聞こえてきて……。

尊敬する勇者、ユリウスが長旅から帰還した。舞い上がるシュンだが、喜びも束の間、ユリウスはまもなく帝国へ向かうという。魔族が不穏な動きを見せているというのだ。大規模な戦闘になるおそれもあるというが……。

管理者Dがとんでもなくヤバい奴なのはわかった。でも、今は考えても仕方ない！「私」は上層を目指して前へ進む。たくさん食べて、マイホームを作る夢を見ながら。一方、王国は魔族軍の猛攻によって窮地に陥っていた。

新たな進化を遂げたものの、なんだか不愉快な「私」。それもそのはず、取得したスキルによって世界の真実を知ってしまったのだ。世界のうねりに巻き込まれないため、「私」は自分の“トラウマ”に向き合おうとする。

自分の弱さを乗り越えるためにも、地龍アラバと決着をつけなければならない。「私」は着々と準備を進め、持てる力すべてを駆使してトラウマに挑む。……しかし、最強の地龍はチートと呼べるほどの力を隠し持っていた！

念願だった外の世界！　しかし、「私」に敵意を向ける人間や因縁の相手からの妨害があり、門出は前途多難で……。一方、シュンの周辺は魔族との次なる戦争を前に慌ただしさを増し、大切な人たちの前にも脅威が迫っていた。

マザー対策を打って一人旅を続ける「私」は、道すがら盗賊たちに襲われる馬車を発見する。人助けをする義理はなかったが、赤ん坊がいることを知り颯爽登場！だが、その赤ん坊を鑑定すると、驚きの結果が出て……。

マザーとの精神の繋がりを利用し、「私」は並列意思を送り込み、マザーの精神を直接攻撃していた。順調に成果を上げていくが、反撃してこないなんて何かおかしい！そこにはマザーの巧妙な罠が仕掛けられていた。

ザナ・ホロワに進化し、「私」はとんでもないチートスキルをゲット！だが喜びも束の間、あの管理者Dが再び接触してくるのだった。しぶしぶ相手をする「私」は、転生の理由と世界の秘密の一端を知ることになり……。

かつてエルロー大迷宮には伝説として語られる魔物「迷宮の悪夢」が存在した。そして悪夢が残した魔物が、今も迷宮には潜んでいるという。悪夢の残滓を避け、最短コースを抜けようと急ぐシュンたちだったが……？

完全復活を遂げた「私」は、かつて命を救った赤ん坊・ソフィアの住む街に到着！彼女は今も何者かに狙われている様子で……。一方、シュンはエルロー大迷宮を抜け、女神を信仰するサリエーラ国に辿り着いていた。

ソフィアを守るだけでなく人助けをしたことで、気づけば「私」は人々から「ご神獣様」として崇められていた。こそばゆいけれど、満更でもなくて……。一方、シュンたちはエルフの里で懐かしい顔ぶれに再会する。

マザーを撃破し、アリエルから逃げるようにケレン領へ帰ってきた「私」。そこへ招かれざる客が立て続けにやってくる。一人は「私」の力を狙うオウツ国の使者。もう一人は管理者のギュリエディストディエスだった。

エルフの里の結界は盤石、強力な仲間も加わった。戦争に向けた準備が着々と進む中、シュンたちはフィリメスから転生者の秘密と管理者の存在を明かされる。そして、この戦争が「仕組まれたもの」であることも……。

光を纏いし剣と闇を纏いし剣――。シュンとユーゴーの因縁の戦いに決着がついた瞬間、戦場にソフィアが現れる。彼女の存在が意味するのは、魔族軍の介入。そして、シュンはソフィアの異常な強さに驚愕する。

絶望的な状況に陥りながらも逆転の一手を模索する「私」。追い詰められながらも剣を構え続けるシュン。時代を超えた不屈の魂はどこへ辿り着くのか。大きな転換を迎える世界の中で、すべてが繋がっていく――。