도립 츠츠지다이 고교.

방과후 교실에서 히비키 유타는 기억 속에 있을 터인 그리드맨을 노트에 몇번이나 그리고 지웠다.

일찍이 이 세계는 한 소녀에 의해서 만들어지고 파괴되었다.

그 소녀의 마음을 구한 것은 다른 차원에서 온 하이퍼 에이전트인 그리드맨, 그녀가 만들었던 마음을 가진 괴물, 그리고 유타 일행.

2학년으로 진급해 릿카와 다른 반이 된 유타는 고백을 결심한다.

그런 평화로운 세상에서 보내는 이들의 일상은 굉음과 함께 무너지기 시작했다.

유타에게 찾아오는 위기의 와중에 갑자기 나타난 그리드맨이 말을 건넨다.

"이 세계의 밸런스가 깨지고 있다."

이윽고 진홍의 강룡 다이나렉스나 그리드맨의 협력자인 신세기 중학생, 그리고 다른 세계의 거주자 아사나카 요모기 일행들도 유타 앞에 차례차례 나타난다.

릿카에 대한 마음을 간직한 채 유타의 비일상이 시작된다!

츠츠지다이에 사는 고등학교 1학년 히비키 유타는, 어느 날 눈을 뜨고 자신이 기억상실에 걸렸음을 깨닫는다. 뭔가 어긋난 듯한 기분 속에서 유타는 낡은 PC에 비치는 하이퍼 에이전트, '그리드맨'과 만난다.

사명을 다하라는 그리드맨의 말을 들은 유타는 갑작스런 일에 당황하면서도, 그 말의 의미를 고민하며 같은 반 친구인 우츠미 쇼, 타카라다 릿카, 신죠 아카네의 도움을 받아 하루하루를 보낸다.

하지만 그 평온한 날들은, 갑자기 나타난 괴수에 의해 너무나도 간단히 짓밟혔다.

후지요키다이 고등학교 1학년인 아사나카 요모기는 어느 날 자신을 괴수술사라고 칭하는 수수께끼의 남자 가우마와 만나게 된다. 돌연 나타난 괴수와 거대로봇 다이나제논. 마침 현장에 있었던 미나미 유메, 야마나카 코요미, 아스카가와 치세도 함께 괴수와의 싸움에 휘말리게 되었는데...

22 years ago… A boy, Takeshi Todo, who attempted to take over the world with the devil of the Computer World together. He reformed himself after the battle and now needs the power of the Hyper Agent. Again, the evil is going to appear in the real world. A materialized monster is now approaching! Enter the battle code! The access code is… “GRIDMAN.”