쇼 나오토, 바바 잇페이, 이노우에 유카는 컴퓨터에 관심이 많은 중학교 2학년 학생으로, 부모님이 인테리어 가게를 운영하는 잇페이네 집 지하에 연구실을 만들어 컴퓨터 '정크'를 연구하고 있었다. 한편 동급생인 토도 타케시 역시 컴퓨터에 관심이 많으나 음침한 성격에 컴퓨터에만 박혀사는 성격으로 유카를 좋아하고 있었다. 타케시는 편지를 전달할 기회를 위해 유카의 집 컴퓨터를 해킹하게 되고 이때 이차원세계에서 도망온 마왕 칸디지파가 나타나 타케시를 세뇌하고 그의 부정적인 성격을 이용해 컴퓨터 괴수를 만들어 컴퓨터 세상을 지배하려 한다. 컴퓨터 세상의 위기를 안 세 사람 앞에 칸디지퍼를 쫓아온 하이퍼 에이전트가 등장하고 그는 잇페이가 그린 CG 그리드맨에 융합하게 되며 3인의 친구는 그리드맨과 함께 싸울 것을 다짐한다.

츠츠지다이에 사는 고등학교 1학년 히비키 유타는, 어느 날 눈을 뜨고 자신이 기억상실에 걸렸음을 깨닫는다. 뭔가 어긋난듯한 기분 속에서 유타는 낡은 PC에 비치는 '하이퍼 에이전트·그리드맨'과 만난다.

사명을 다하라는 그리드맨의 말을 들은 유타는 갑작스런 일에 당황하면서도, 그 말의 의미를 고민하며 같은 반 친구인 우츠미 쇼, 타카라다 릿카, 신죠 아카네의 도움을 받아 하루하루를 보낸다.

하지만 그 평온한 날들은, 갑자기 나타난 괴수에 의해 너무나도 간단히 짓밟혔다――

후지요키다이 고등학교 1학년인 아사나카 요모기는 어느 날 자신을 '괴수술사'라고 칭하는 수수께끼의 남자 가우마와 만나게 된다.

돌연 나타난 괴수와 거대로봇 다이나제논.

마침 현장에 있었던 미나미 유메, 야마나카 코요미, 아스카가와 치세도 함께 괴수와의 싸움에 휘말리게 되었는데....

A tokusatsu miniseries and live-action spin-off of SSSS.Dynazenon.