Эмия Сиро - молодой маг из Академии Хомурахара в городе Фуюки. Однажды он становится свидетелем борьбы между сверхчеловеческими существами за Святой Грааль - ритуала, когда маги созывают Мастеров и их слуг сражаться друг с другом. Сиро пытается остановить главного злодея, не дать ему выиграть заветный Грааль и спасти невинных людей. Но всё выходит из-под контроля, когда таинственная Тень начинает хаотично умерщвлять всех людей в Фуюки.
Война за Святой Грааль — невероятное сражение, где маги и призванные ими герои прошлого сражаются насмерть за исполнение одного-единственного желания. Положению Сиро Эмии не позавидуешь: в ход Войны вмешивается таинственное существо в маске, а Слуга Сэйбер, его верная соратница, исчезла. Войну можно считать проигранной, но он не может просто сдаться — ведь битва магов подвергает опасности жизни обычных людей. Тем временем свой ход делает Дзокэн Мато, маг, который до этого наблюдал за Войной со стороны. Так продолжается история искажённой, безумной, неправильной Войны за Святой Грааль, с которой неразрывно связана судьба Сакуры Мато.
После смерти приёмного отца юный Сиро Эмия жил-поживал в одиночестве в огромном поместье. Сиро узнал, что родной город Фуюки - арена магической битвы, которая повторяется раз в несколько поколений. Вот только мир ускоряется, в итоге с последней войны прошло всего 10 лет - и уже пришла пора новой. Согласно древним законам, битву ведут семь Мастеров-магов, каждый из которых вызывает Слугу — одного из вечных героев ушедших или будущих эпох. Последний оставшийся Мастер получает Грааль — величайшее сокровище, которое выполняет любое желание. Правил нет, цель оправдывает средства, вчерашний друг может оказаться соперником и без раздумий предать, ударить в спину. Узнав правду, Сиро становится перед тяжким выбором — уйти, отказаться от борьбы или рискнуть и поставить на карту все — невеликий (так он думает) магический дар, горячее сердце, отчаянное желание спасти всех, кто ему дорог.
Завершающий третий фильм аниме-адаптации «Судьба/Ночь схватки: Прикосновение небес».
Сюжет развивается в 2015 году во время финальной эпохи, над которой магия всё ещё властвует. Для наблюдением за безопасностью мира и выживания человечества была создана организация Caldea. Организация наблюдает за миром, который может быть увиден только с помощью магии, а также за миром, который можно измерить только наукой. Благодаря усилиям многих исследователей путь человеческой истории был определён на 100 лет в будущее. Однако, без предупреждения, царство будущего, которое находится под постоянным наблюдением Caldea, исчезло. В то же время подтвердилось вымирание человечества к 2017 году. Очевидная причина исчезновения была в японском городке Fuyuki в 2004 году. В этом городе было обнаружено "ненаблюдаемое царство", до этого никогда там не существовавшее. Caldea выпустила Великий Приказ на "Экспедицию за Священным Граалем". Экспедиция должна найти, выявить и по-возможности уничтожить вероятность, которая приведёт к вымиранию человечества.