Ученик старшей школы Широ Эмия невольно становится участником войны за Святой Грааль, которая проходит в японском городе Фуюки каждые 60 лет. Это борьба семерых магов за обладание легендарным артефактом — Святым Граалем, который исполнит любое желание победителя и таким образом изменит его судьбу. Каждый маг с момента своего начала участия в войне призывает слугу — одну из великих героических душ прошлого или будущего, сражающегося на стороне своего хозяина. Битва ведётся до тех пор, пока не останется лишь один мастер со своим слугой. Широ Эмия случайно призывает Сэйбер — слугу, поставившую себе цель добраться до Грааля любым путём. Однако он не желает участвовать в битве, так как в прошлой войне потерял всю свою семью. Эмии начинает помогать Рин Тосака — сильный маг, которая учится в той же школе, что и Широ. Но правила войны Святого Грааля указывают на то, что рано или поздно им предстоит сразиться между собой...

Двести лет назад три могущественных клана создали в далекой Японии на землях городка Фуюки арену магической битвы за Святой Грааль. Смысл ритуала прост — семеро участников-магов, которых зовут Мастерами, по воле Грааля призывают себе из Акаши, мирового эфира, бойцов-Слуг — героев былого и грядущего. Дальше правил нет, и остаться должен только один. Ему и достанется величайший артефакт, который выполнит любое желание победителя. Вот только первые три войны окончились тотальным истреблением сторон и не достигли цели. Грядет Четвертая война, и на этот раз все знамения говорят — Святой Грааль будет явлен и обретет хозяина!