Tijdens het wandelen door de straten van Tokyo, komt Linn Suzuki een vreemd apparaat tegen dat uit de stoep steekt. Plotseling wordt ze omringd door een stel misdadigers en wordt ze geholpen door een mooie vreemdeling, die alle misdadigers verslaat. Het lijkt erop dat de jonge Linn is gevlucht uit Deep Kyoto van haar wrede meesteres en is ze naar Edo gereisd, waar ze hoopt haar verloren gewaande broer, die het laatst werkzaam was voor de Kuon Detective Agency, te vinden. Bij toeval, blijkt de vreemdeling die haar net redde Miho Kuon te zijn en laat Linn bij haar blijven en geeft ze de bijnaam Kotetsu, of Little Tetsu na haar broer, Tetsujin). Echter, een mysterieus agentschap genaamd het Syndicaat zitten Miho en Linn na.