Príbeh sleduje hrdinské úsilie členov kryptozoologickej agentúry Monarch odraziť útok gigantických tvorov, vrátane impozantnej Godzilly, ktorá čelí prerastenému motýľovi - Mothre, vtáčiemu Rodanovi, ale aj svojmu najväčšiemu nepriateľovi, ktorým je trojhlavý drak Kráľ Ghidorah. Keď tieto predpotopné druhy, považované za mýty a stáročia ukrývané po celej planéte, opäť povstanú, začne sa boj o nadvládu a existencia ľudstva bude visieť na vlásku.