U.C.0097. ‘라플라스의 상자’가 열린 지 1년. 뉴타입의 존재와 그 권리에 언급된 ‘우주세기 헌장’의 존재가 밝혀졌어도 세상의 틀은 크게 변화되지 않았다. 후에 ‘라플라스 사변’이라고 불리는 전란은 네오 지온의 잔당군 ‘소데츠키’가 와해되며 종결된 것으로 보였다. 그 최후의 전투에서 2기의 풀 사이코 프레임 사양의 모빌 수트가 인지를 초월한 힘을 보였다. 하얀 유니콘과 검은 사자. 2기의 위협은 봉인됨으로써 사람들의 의식에서 멀어져 갔고 기억에서 사라질 예정이었다. 하지만 2년 전에 행방불명 된 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권에 다시 모습을 드러내기 시작했다. 금빛 ’불사조’, 그 이름은 페넥스.