C.E.75, 전쟁은 여전히 계속되고 있다. 독립운동, 블루 코스모스의 침공… 사태를 진정시키기 위해 라크스를 초대 총재로 내세운 세계평화감시기구 컴퍼스가 창설되고, 키라와 부대원들은 컴퍼스의 일원이 되어 각지에서 벌어지는 전투에 참여한다. 그런 와중에 신흥국 파운데이션이 블루 코스모스의 본거지를 공격하는 합동 작전을 제안한다.

건담의 순양함 화이트베이스는 수리를 위해 중립 콜로니인 사이드 6에 정박한다. 그곳에서 아무로는 뉴타입 여성 라라와 운명적으로 조우한다. 그러나 아무로의 라이벌 샤아를 사랑하는 라라는 샤아 대신 건담의 빔을 맞고 전사하고, 아무로는 본래 인류를 혁신으로 이끌어야 할 뉴타입이 전쟁의 도구로 이용되는 것에 깊은 슬픔을 느낀다. 마침내 연방과 지온의 최종 결전이 시작된다. 건담의 첫 세대가 풀어내는 우주전쟁의 최종장.

제2차 네오디온 전쟁(샤아의 반란) 이후 12년. U.C.0105 —— . 지구연방정부의 부패는 지구오염을 가속화시켜 강제로 민간인을 우주로 끌고 가는 비인도적 정책인 「사람 사냥」도 행해지고 있다. 그런 연방정부 고관을 암살하겠다는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반지구연방정부운동 「마프티」. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁을 싸운 연방군 대좌 브라이트 노아의 아들 「하사웨이」였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 길을 개척하려는 하사웨이지만 연방군 대좌 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꿔간다.

공작원 소탕 임무를 받고 알래그란사 섬에 도착한 ‘아무로 레이’. 섬에서 본 건 아이들과 자쿠의 망령이었다. '아무로'는 기습 공격에 맞서던 중 절벽 아래로 떨어지고 ‘쿠쿠르스 도안’과 아이들의 도움을 받아 그들과 함께 생활하며 잃어버린 건담을 찾아 나선다. 한편, ‘아무로’를 구하러 온 화이트 베이스 부대와 ‘도안’의 전 소속 부대인 지온의 서던 크로스 부대가 동시에 나타나 결전을 벌이며 섬의 평화는 깨지고 마는데…

제2차 네오지온 항쟁으로부터 30년이 흐른 우주세기 0123년, 지온의 잔당마저 와해되면서 우주는 한동안 전란이 없는 평화로운 시대가 계속되고 있었다. 하지만 오랜동안의 평화로 인해 지구연방은 다시 나태와 부정부패로 얼룩지게 되고, 이러한 지구연방에 반기를 들고 고결한 귀족이 우주를 다스려야 한다는 코스모 귀족주의를 내건 로나 가문의 당주 마이처 로나와 신흥기업 붓흐 콘체른, 그리고 이들의 지원을 받은 사병조직 크로스 본 뱅가드가 주축이 되어 코스모 바빌로니아 제국이 세워지게 된다. 우주세기 0123년 3월, 마이처 로나의 사위이자 크로스 본 뱅가드의 사령관인 카롯조 로나의 양아들 도렐 로나 대위가 이끄는 모빌 슈트 부대가 스페이스 콜로니 프론티어 IV를 급습한다. 갑작스런 크로스 본 뱅가드의 습격에 연방의 수비부대는 속절없이 무너지고, 이곳에 살고 있던 평범한 소년 시북 아노와 그의 친구들 역시 전화에 휘말리게 된다. 차례로 파괴되는 연방의 MS들 속에 시북은 엉겁결에 연방이 개발하고 있던 신형 MS 건담 F91에 탑승하게 되는데...

U.C.0097. ‘라플라스의 상자’가 열린 지 1년. 뉴타입의 존재와 그 권리에 언급된 ‘우주세기 헌장’의 존재가 밝혀졌어도 세상의 틀은 크게 변화되지 않았다. 후에 ‘라플라스 사변’이라고 불리는 전란은 네오 지온의 잔당군 ‘소데츠키’가 와해되며 종결된 것으로 보였다. 그 최후의 전투에서 2기의 풀 사이코 프레임 사양의 모빌 수트가 인지를 초월한 힘을 보였다. 하얀 유니콘과 검은 사자. 2기의 위협은 봉인됨으로써 사람들의 의식에서 멀어져 갔고 기억에서 사라질 예정이었다. 하지만 2년 전에 행방불명 된 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권에 다시 모습을 드러내기 시작했다. 금빛 ’불사조’, 그 이름은 페넥스.

지구연방은 지온에 대한 대반격 ‘오데사 작전’을 준비한다. 그러나 아무로는 사소한 다툼으로 건담을 훔쳐 탈영하고, 다양한 만남과 처참한 이별들을 겪는다. 전쟁의 패배가 죽음으로 직결된다는 것을 가르쳐 준 강적 란바 랄, 화이트베이스의 맏형으로서 아무로를 구하기 위해 목숨을 건 류 호세이, 아무로가 짝사랑하던 마틸다 중위 등, 슬픔으로 가득 찬 전장에서 사라지는 수많은 생명들이 아무로를 점차 뉴타입으로 각성시킨다.

건담 시리즈의 OVA로 《신기동전기 건담 W》의 속편으로 1997년에 전 3화가 제작되었다. 후에 재편집해 추가 영상을 더한 《특별편》이 추가 공개되었다. 건담 시리즈로서는 최초로 우주세기 이외의 세계관을 무대로한 OVA 작품이 된다.

스페셜에디션 1화. 더블오 1시즌 전체를 다룬다. 25화 분량을 100여 분 안에 축약했기 때문에 요약과 누락이 많고 기존 전개의 부분적인 변화가 특징. 전투 파트 외의 많은 일상 에피소드 등이 잘려나갔지만 전체적인 흐름을 보는데 있어서는 좋으며, 1시즌 TV판에서 설명되지 못했던 설정이나 묘사 등을 주인공인 세츠나 F. 세이에이와 리본즈 알마크의 입장에서 설명하고 있다. 기존 1시즌 총집편인 '천사들의 궤적'의 확장보강판. 주제가는 플라잉독 소속 Mille Face의 〈i〔ai〕〉

우주세기 0093, 우주 이민들을 탄압하며 지구를 계속 오염시키는 지구연방정부에 대항해 싸우는 네오지온(Neo Zion)과 이를 막으려는 지구연방 소속의 론드벨부대의 사투를 그린 작품. 이후 단역으로 밀려났던 아무로 레이와 부터 등장하지 않던 샤아 아즈나블의 재등장과 활약, 그리고 최후가 나타난다. 이 작품을 완전히 이해하기 위해서는 에서 에 이르는 많은 지식이 필요하다는 것이 이 작품의 약점이라 할 수 있다.

지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.

1년 전쟁이 종결된지 3년, 지구연방군은 당시 큰 전과를 올린 건담의 후속 프로젝트를 진행한다. 그러나 테스트 개발 중이었던 두 기의 모빌슈트가 지온군의 잔당 조직에게 탈취되는 사고가 발생하는데...

지구연방군 이오 플레밍과의 싸움을 제압한 지온공국군의 데릴 로렌츠는 빼앗긴 사이코 자쿠의 정보를 찾기 위해 투쟁을 계속하는 지온잔당군의 일원이 되어 지구에서 첩보활동을 벌이고 있었다. 한편 이오는 새로운 동료와 함께 ‘썬더볼트 작전’에 참가하게 되고, 그러던 이오의 앞에 남양동맹의 국경 수비대 대장을 자처하는 클로디아 페일 중령이 나타난다. 이윽고 갈등은 지온잔당군, 지구연방군, 남양동맹까지 겹치면서 세 진영의 모빌슈트전으로 발전한다.

우주세기 0079, 지구연방과 디온 공국이 싸운 한 해 전쟁의 말기.사이드 4인 스페이스 콜로니 군, 무어는 지온 군의 공격에 의해 파괴되어 많은 주민이 목숨을 잃었다.부서진 콜로니와 격침된 전함의 잔해가 무수히 떠도는 암초 주역에서는 서로 부딪쳐 대전한 데브리에 의해 끊임없이 번개가 번쩍이게 됐고 어느덧 그곳은 썬더볼트 주역이라 불리게 됐다.무어 시민의 생존자들로 구성된 지구연방군 소속 부대인 무어동포단은 고향인 선더볼트 주역의 탈환을 비원으로 주역의 지온군을 섬멸하려 하고 있었다.연방의 진군을 발이 묶이는 지온군도, 의지병의 전투 데이터 채취를 목적으로 설립된 리빙·데드 사단을 전개.무어 동포단에 소속되면서 고향이나 자신의 출신에 속박당하는 것을 역겨워하는 이오 플레밍과 과거 전투로 인해 두 다리를 잃고 지금은 리빙데드 사단에서 에이스 스나이퍼로 활약하고 있는 대릴 로렌츠는 전쟁터에서 대치할 때 서로 깨닫는 것이었다.두 사람은, 서로 죽이는 숙명인 것이라고……

우주세기 0079. 스페이스 콜로니 사이드 3은 지온 공국이란 이름을 내걸고 지구연방에 대하여 독립전쟁을 일으킨다. 연방군이 비밀리에 개발 중인 모빌슈트를 노린 지온의 샤아 아즈나블은 스페이스 콜로니 사이드 7을 급습하고, 평범한 소년 아무로 레이는 아버지가 개발하고 있던 모빌슈트 건담에 우연히 탑승해 지온군을 격파한다. 건담의 위대한 전설이 이제 시작된다.

우주세기 0074년. 텍사스 콜로니를 떠난 에드와우 마스는 신분을 속이고, 샤아 아즈나블로서 지온 자치공화국 국방군 사관학교에 입학한다. 동기인 자비가의 막내아들 가르마 자비와 친교를 쌓는 샤아. 이윽고 두 사람은 다른 학생들로부터도 주목받는 존재가 되어갔다. 그리고 우주세기 0077년, 드디어 학생들은 독립을 위하여 지구연방군 치안기지를 향해 무장봉기한다. 하지만, 그것은 샤아의 복수를 위한 장대한 시나리오의 막을 올리는 것이었다. 지금, 역사의 수레바퀴가 돌아가기 시작한다!

우주세기 0079년 1월 23일, 루움에서 지온 공국군과 지구 연방군의 전투가 시작된다. 지온군 에이스 파일럿 샤아 아즈나블은 월등한 전투력의 붉은색 모빌 슈트 ‘자크’로 엄청난 전과를 올리며 모두에게 ‘붉은 혜성’이라 불리게 된다. 한편, 지구 연방군은 “V작전”을 계획하고, 사이드 7에서는 아무로 레이가 신병기 “건담”의 비밀에 다가가지만...

문 레이스의 여왕 디아나 소렐로 변장하고 있음이 밝혀진 키엘 하임은 미드갈드에 감금된다. 이 사실을 알게된 로랑 일행은 전함 위르겜에 탑승하고 달로 향한다. 한편, 문 레이스의 무인 김 깅가남이 냉동수면을 마치고 깨어난다. 투쟁본능에 눈 뜬 김 깅가남은 달에서 ‘턴X’를 발굴해내고, 문 레이스 전체를 장악해 로랑 일행에 적대하기 시작한다.

인류가 처음으로 경험한 대규모의 우주 전쟁은 지구 연방 정부와 지온 공국 간의 싸움이었다. 그 마지막 1년 동안은 인간형 기동 병기, 다시 말해 모빌수트를 실전에 활용하는 테스트 기간이라 불러도 좋을 정도였다. 그로부터 약 10년 후인 우주세기 0087년. 지구의 사람들과 스페이스 콜로니에 사는 사람들과의 대립은 지금도 계속되어, 사고 방식의 간극은 좀처럼 메워지지 못한 채라 할 수 있었다. 스페이스 콜로니 그린노아2에 사는 소년 카미유 비단은 연방군 군인들에 대한 반발심으로 신형 모빌수트 건담Ｍｋ-Ⅱ를 탈취하여, 반(反)지구연방 조직 에우고(A.E.U.G)에 가담한다. 건담 Ｍｋ-Ⅱ를 빼앗긴 연방군의 엘리트 조직 티탄즈는 카미유의 부모를 인질로 삼는 치졸한 작전을 강행하고, 그 결과 카미유는 눈 앞에서 양친을 잃게 되고 만다. 양친의 죽음을 슬퍼할 새도 없이 에우고의 작전에 참가하게 된 카미유는, 대기권을 돌파해 지구로 강하하여 한 남자를 만나는데, 그 사람은 바로 오래전 샤아의 라이벌이었던 전설적인 인물 아무로 레이였다...

"새벽의 봉기" 이후 지구로 향한 샤아는 신비한 힘을 지닌 소녀 라라아 슨과 만난다. 한편 RX-78개발 계획을 추진하던 아무로의 아버지 템 레이는 지온의 모빌 슈트 개발의 중요 인물 미노프스키 박사의 망명 소식을 듣고 달로 향한다. 달 표면 트와일라잇 존에서 벌어지는 인류사상 최초의, 모빌 슈트 간의 사투, 그리고 때는 우주 세기 0079년 지구에서 가장 먼 우주 도시 사이드 3은 지온 공국이란 이름 하에 지구 연방 정부에 독립 전쟁을 벌이고 있다. 인류 전체 인구 절반을 죽음에 이르게 한, 동란의 시대가 시작되려 하고 있다.