Năm U.C.0096, sau sự kiện chấn động "Laplace Incident" dẫn đến sự suy tàn của đế chế Neo Zeon, 2 bộ giáp chiến hùng mạnh Unicorn Gundam và Banshee bị phong tỏa và cất giữ bởi Chính Quyền Liên Bang. Tuy nhiên năm U.C.0097, một bộ giáp Gundam thứ 3 bỗng nhiên xuất hiện mệnh danh là Phenex và trở thành mục tiêu đuổi bắt của cả hai thế lực là Chính Quyền Liên Ban và Neo-Zeon cùng với âm mưu che giấu tội ác phía sau những con người mang năng lực dự đoán tương lai Newtypes.