かつて日本から現れ、この世界を滅ぼすほどの厄災をもたらしたと言われる《迷い人》。日本人の少年・ムトウミツキ、彼もこの世界に召喚された《迷い人》だ。グリザリカ王城に召喚され、「無能力」と判定されたミツキは、王城から追放されてしまう。ゆくあてもなく彷徨っていたミツキは、自分を保護してくれるという神官の少女・メノウと出会う。

主に仕える神官であると同時に、《迷い人》を殺す使命を担う《処刑人》・メノウ。ミツキと同時に、アカリというもう一人の異世界人が召喚されていることを知る。メノウの後輩で《処刑人補佐》のモモもサポートに加わり、王城への潜入に成功。安心させるような演技でアカリに近づき、アカリの処刑を試みるが……。

テロリストの襲撃によって制御弁が破壊され、暴走する列車。このままでは大惨事になりかねないと、アカリと導力を接続して列車を止めることに成功。その際、アカリの能力を再び目撃したメノウは、彼女の持つ能力が【時】の純粋概念だと確信する。そして、無事にガルムについたふたりは、大司教オーウェルと対顔する。

オーウェルから、ガルムで起こっている「女性連続行方不明事件」の調査依頼を受けるメノウ。ガルムの街を観光したいというアカリのため、モモに調査の代行を依頼。旧王城地下を調査するモモは、またもやあの厄介な姫騎士に遭遇してしまう…。一方、日本に帰ることができると思いこんでいるアカリは、メノウに別れを告げていた。

旧王城地下に、異世界人召喚のための転移術式を発見したモモとアーシュナ。第一身分（ファウスト）しか知るはずのないこの転移術式が王城地下にあったことから、この一連の事件の首謀者は、大司教オーウェルだという真相にたどり着く。メノウは、自らの若返りのためだけに【禁忌】を犯したオーウェルと対峙する。

激しい戦いの末、オーウェルの打倒に成功したメノウは、アカリを確実に殺しきる方法を見つけるために、彼女を連れて旅に出ることを決意する。そして、旅の途中、「港町リベール」にたどり着く。そこには、四大人災(ヒューマン・エラー)を封じ込めた霧の牢獄、「霧魔殿(パンデモニウム)」が存在した。

霧の牢獄、「霧魔殿(パンデモニウム)」にアカリを閉じ込めて殺す方法を試みるメノウだったが、アカリの純粋概念によりまたもや失敗に終わってしまう。今後の旅費の申請を行うためにリベールの街に立ち寄ったメノウは、道中、第四（フォース）の襲撃を受ける…。その様子を、和服の少女の影が覗いていた―。

リベール当主代理、マノン・リベールを筆頭に、「自由」な第四の身分を主張する・フォース。彼らは【禁忌】とされる魔薬の流通に手を染めていた。その調査のため、メノウはアカリと共にマノン・リベール主催の夜会に潜入する。一方、メノウ達とは別ルートで調査に潜入していたモモに、魔の手が迫っていた…。事態は急展開を迎える―。

魔薬の生産にマノン・リベールが関わっている証拠を掴んだモモだったが、あと一歩のところで敵の罠により瀕死の重症を負ってしまう。そんな中、アカリはたったひとりでマノン・リベールと対峙し、マノンとこの街の謎について迫ろうとしていた。

マノン・リベールの体内から出現した、明るく元気で血まみれななんとも不気味なその幼女は、歌と踊りと映画が好きと言い、そして、自らを「万魔殿(パンデモニウム)」と名乗った。【魔】の生贄にされた人々を目の当たりにしたアーシュナも、メノウと共に戦闘を開始する。四大人災(ヒューマン・エラー)、【魔】。過去最大の厄災のうちのひとつが、メノウたちを襲う―。

封印に成功したと安堵したのも束の間、おぞましい巨大な化物に変身し再びメノウ達の前に現れた万魔殿(パンデモニウム)。激闘の最中、自らの武器である経典と短剣を飲み込まれ、最悪の事態に追い込まれたメノウ。窮地に立たされた《処刑人》の少女は、襲い掛かる【魔】の小指に、最後の戦いを挑む。