かつて日本から現れ、この世界を滅ぼすほどの厄災をもたらしたと言われる《迷い人》。日本人の少年・ムトウミツキ、彼もこの世界に召喚された《迷い人》だ。グリザリカ王城に召喚され、「無能力」と判定されたミツキは、王城から追放されてしまう。ゆくあてもなく彷徨っていたミツキは、自分を保護してくれるという神官の少女・メノウと出会う。

主に仕える神官であると同時に、《迷い人》を殺す使命を担う《処刑人》・メノウ。ミツキと同時に、アカリというもう一人の異世界人が召喚されていることを知る。メノウの後輩で《処刑人補佐》のモモもサポートに加わり、王城への潜入に成功。安心させるような演技でアカリに近づき、アカリの処刑を試みるが……。

確実に殺したはずのアカリは、彼女の持つ謎の能力により復活してしまう。実質不死身であるアカリの、その能力が暴走する前に仕留めなければと焦るメノウは、アカリを連れガルムにある異世界人討滅のための儀式場へと向かう。だが、その車中、謎のテロリストの襲撃を受ける…。そんな中、同列車の貴賓車両には、グリザリカ王女、アーシュナの姿があった。

テロリストの襲撃によって制御弁が破壊され、暴走する列車。このままでは大惨事になりかねないと、アカリと導力を接続して列車を止めることに成功。その際、アカリの能力を再び目撃したメノウは、彼女の持つ能力が【時】の純粋概念だと確信する。そして、無事にガルムについたふたりは、大司教オーウェルと対顔する。

オーウェルから、ガルムで起こっている「女性連続行方不明事件」の調査依頼を受けるメノウ。ガルムの街を観光したいというアカリのため、モモに調査の代行を依頼。旧王城地下を調査するモモは、またもやあの厄介な姫騎士に遭遇してしまう…。一方、日本に帰ることができると思いこんでいるアカリは、メノウに別れを告げていた。

旧王城地下に、異世界人召喚のための転移術式を発見したモモとアーシュナ。第一身分（ファウスト）しか知るはずのないこの転移術式が王城地下にあったことから、この一連の事件の首謀者は、大司教オーウェルだという真相にたどり着く。メノウは、自らの若返りのためだけに【禁忌】を犯したオーウェルと対峙する。

激しい戦いの末、オーウェルの打倒に成功したメノウは、アカリを確実に殺しきる方法を見つけるために、彼女を連れて旅に出ることを決意する。そして、旅の途中、「港町リベール」にたどり着く。そこには、四大人災(ヒューマン・エラー)を封じ込めた霧の牢獄、「霧魔殿(パンデモニウム)」が存在した。

霧の牢獄、「霧魔殿(パンデモニウム)」にアカリを閉じ込めて殺す方法を試みるメノウだったが、アカリの純粋概念によりまたもや失敗に終わってしまう。今後の旅費の申請を行うためにリベールの街に立ち寄ったメノウは、道中、第四（フォース）の襲撃を受ける…。その様子を、和服の少女の影が覗いていた―。

魔薬の生産にマノン・リベールが関わっている証拠を掴んだモモだったが、あと一歩のところで敵の罠により瀕死の重症を負ってしまう。そんな中、アカリはたったひとりでマノン・リベールと対峙し、マノンとこの街の謎について迫ろうとしていた。

マノン・リベールの体内から出現した、明るく元気で血まみれななんとも不気味なその幼女は、歌と踊りと映画が好きと言い、そして、自らを「万魔殿(パンデモニウム)」と名乗った。【魔】の生贄にされた人々を目の当たりにしたアーシュナも、メノウと共に戦闘を開始する。四大人災(ヒューマン・エラー)、【魔】。過去最大の厄災のうちのひとつが、メノウたちを襲う―。

封印に成功したと安堵したのも束の間、おぞましい巨大な化物に変身し再びメノウ達の前に現れた万魔殿(パンデモニウム)。激闘の最中、自らの武器である経典と短剣を飲み込まれ、最悪の事態に追い込まれたメノウ。窮地に立たされた《処刑人》の少女は、襲い掛かる【魔】の小指に、最後の戦いを挑む。