Samaritan e' entrata in funzione e i protagonisti della serie sono costretti a nascondersi dietro false identita' per non venir rintracciati dai loro nemici. Finch si e' arreso e ha deciso di mantenere un basso profilo per non destare sospetti ma Root, in contatto con la Macchina, rintraccia i vari componenti del gruppo decisa a farli tornare in azione.

Reese riceve il numero di una studentessa, Claire, che e' impegnata in un pericoloso gioco ideato da Samaritan per reclutare adepti. Reese, Shaw e Root riescono a convincere Finch di dar loro una mano e scoprono che il creatore della Macchina aveva gia' deciso di ributtarsi nella mischia.

Reese riesce ad entrare nelle grazie del nuovo capitano Moreno risolvendo tre casi in un giorno. Fusco si occupa dell'ultimo numero che corrisponde ad Andre, uno specialista dell'abbordaggio. Root coinvolge Finch nella vendita illegale di un lanciarazzi con lo scopo di racimolare soldi per finanziare l'attivita' della squadra.

Due bambini del ghetto si appropriano di una borsa piena di denaro, destinato ad un acquisto di droga. La Fratellanza gli da' la caccia, ma Reese, Shaw e Fusco riescono a fare in modo che i due bambini possano ricominciare una vita normale.

Il nuovo numero arrivato corrisponde a Simon Lee, sondaggista del governatore Murray, nelle elezioni che si stanno per svolgere. Simon, in realtà, è la vittima designata di Samaritan che vuole che diventi governatore Dawson, il vice della rivale di Murray, Michelle Perez. La squadra interviene e in qualche modo riesce a rimettere le cose a posto.

Il nuovo numero da salvare è Walter Dang, un anonimo impiegato che si finge detective per scoprire chi ha ucciso il fratello di una sua collega della quale è innamorato. Questo scatena una guerra tra Elias e la banda di Dominic. Nel frattempo, Finch è a Honk Kong alle prese con Elisabeth Bridges, un operativo di Samaritan.

Shaw si unisce a un team di ladri internazionali per tenere d'occhio l'ultima persona di cui si stanno occupando ma un imprevisto la mette in pericolo e rischia di essere rintracciata dal Samaritan.

Reese si offre volontario come istruttore all'accademia di polizia di New York per controllare una giovane recluta le cui azioni suscitano sospetti. Martine intanto, è sulle tracce di uno dei membri del team grazie alle informazioni ricevute da Samaritan.

Reese sta cercando di salvare Elias dalla Brotherhood, ma non riesce ad avere aiuto né da Root né da Shaw, visto che la copertura di quest'ultima è saltata e Root sta cercando di far perdere le sue tracce.

Samaritan dimostra il suo vero potere quando prende controllo della città di New York in 48 ore, cancellando ogni crimine dalla Grande Mela con l'intento di attirare la Macchina allo scoperto.

Samaritan lancia un cyber attacco al mercato azionario, costringendo il team a una missione suicida per fermare un disastro economico di proporzioni mondiali.

Control è nuovamente in gioco e comincia a dubitare dei metodi e delle intenzioni di Samaritan. Inoltre i media riportano una serie di reportage su una coppia di vigilantes che sta impazzando nel nord-est del Paese.

La caccia a Shaw e Root porta Reese in una piccola città dello stato di New York dove non tutto è così idilliaco come sembra. Fusco lavora insieme a una vecchia conoscenza.

Mentre si trova a far parte di una giuria in un caso di omicidio, Finch comincia a sospettare di un altro giurato. Reese decide di rivolgersi a un terapeuta.

Reese e Finch stanno proteggendo un'artista della truffa il cui ultimo piano per derubare un carico di contanti è fallito.

Finch e Reese cercano di proteggere uno psicologo i cui metodi poco ortodossi potrebbero costargli la vita. In un flashback vediamo Finch nei giorni successivi alla morte del suo caro amico Nathan Ingram.

Reese sta proteggendo una cacciatrice di taglie che non intende sospendere la sua caccia per una banale minaccia alla sua vita. Finch cerca di avviare il piano che ha messo a punto in Shanghai.

Reese e Finch tentano di salvare un CEO preso di mira da un hacker che ha esposto tutti i suoi segreti, rovinandogli la vita.

Reese cerca di onorare la memoria di Carter risolvendo un vecchio caso che lei non riuscì a chiudere.

Reese e Fusco rimangono invischiati nella guerra tra Elias e Dominic, mentre Finch e Root stanno seguendo una pista per rintracciare Shaw.

Finche e Root sono in gara contro il tempo per salvare la Macchina che è stata localizzata dall'altra Intelligenza Artificiale che vuole la loro distruzione.