Forçados a assumir novas identidades criadas por Root, o time tenta se adaptar à nova vida. No entanto, alguns acham difícil ignorar os números da Máquina, o que os coloca em risco de serem detectados pelo Samaritano.

Embora Finch diga que não quer mais ajudar com os novos números, ele se interessa no caso de uma nova pessoa de interesse: um estudante universitário envolvido em uma caça ao tesouro misteriosa e de vida ou morte.

O trabalho disfarçado de Reese como detetive de polícia se complica quando um irmão e uma irmã que ele está protegendo se tornam alvos de uma investigação de gangue.

Finch suspeita de algo quando o número de um pesquisador político aparece, ao mesmo tempo em que sua sempre correta pesquisa traz resultados errados, o que o faz acreditar que os dois eventos estão ligados. Enquanto isso, Reese cumpre uma ordem direta de Moreno.

Reese, Shaw e Fusco devem proteger um trabalhador que se depara com uma conspiração perigosa ao fingir ser um detetive. Enquanto isso, Finch viaja a Hong Kong como parte de sua identidade secreta acadêmica.

Shaw se junta a um time de ladrões internacionais para conseguir acompanhar os movimentos da última POI, mas uma inesperada virada de eventos a coloca em perigo de ser detectada pelo Samaritano. Enquanto isso, Finch e Root se envolvem em uma perigosa missão de sabotagem.

Reese se voluntaria como instrutor na Academia de Polícia de Nova York para ficar de olho em um jovem oficial talentoso, cujas ações suspeitas fazem Reese questionar suas motivações. Enquanto isso, Martine, armado com informações do Samaritano, caça um membro do time.

Reese e Finch se deparam com uma luta de poder pelo controle das gangues da cidade quando Elias se torna o alvo de Dominic, o ambicioso líder da Irmandade. Enquanto isso, Root e Shaw discordam sobre como lidar com uma nova ameaça do Samaritano.

O Samaritan mostra seu poder apagando crimes na cidade por um dia, na tentativa de forçar a Máquina a sair de seu esconderijo.

O Samaritano lança um ataque cibernético, o que deixa o time sem escolha a não ser embarcar em uma possível missão suicida para, em uma tentativa desesperada, dar fim a uma catástrofe econômica de proporções globais.

Control, que gerencia a forma de lidar com números relevantes para o governo, começa a questionar os métodos e as intenções do programa Samaritano. Além disso, notícias alarmantes sobre vigilantes começam a surgir.

A caçada de Reese e Root a Shaw os levam a uma pequena cidade no norte de Nova York, que não é tão idílica quando parece ser. Enquanto isso, Fusco se junta com uma antiga pessoa de interesse para lidar com o mais novo número.

A Máquina leva Finch a participar de um grupo de jurados em um julgamento de assassinato. Logo, ele começa a suspeitar que um dos colegas de júri está disposto a influenciar o veredito. Ao mesmo tempo, Reese começa a se abrir com o terapeuta do departamento.

Reese tenta proteger um programador de software com uma segunda vida bastante misteriosa, mas não está claro de onde está vindo a ameaça. Enquanto isso, Claire, uma jovem hacker que Finch tentou proteger do Samaritano, pede ajuda.

Reese e Finch devem proteger Harper, uma vigarista das ruas, quando o plano da garota de roubar dinheiro de uma loja acaba indo por água abaixo.

Reese e Finch tentam proteger um psicólogo cujos métodos pouco ortodoxos para ajudar seus pacientes encontram um final que poderia lhe custar caro demais. Enquanto isso, flashbacks revelam o frágil estado de Finch nos dias depois do bombardeio que matou seu melhor amigo, Natham Ingram.

Reese deve proteger uma caçadora de recompensas que se recusa a deixar que uma potencial ameaça à sua vida a detenha da busca irrefreável por seu alvo. Finch tenta colocar em ação o plano que começou em Xangai.

Reese e Finch têm dificuldades para proteger um CEO de uma companhia que produz softwares, quando o comportamento dele se torna cada vez mais errático, depois do ataque hacker que revela todos os seus segredos e bagunça toda a sua vida.

Reese se envolve em uma jornada pessoal quando se depara com um caso não resolvido pela detetive Carter.

Reese e Fusco ficam no meio de uma guerra envolvendo duas novas pessoas de interesse, os chefes criminosos rivais Elias e Dominic. Enquanto isso, uma pista sobre o paradeiro de Shaw levam Finch e Root rumo a uma possível armadilha, ao mesmo tempo em que Control tenta descobrir as verdadeiras intenções do programa Samaritano.

Finch e Root correm para salvar a Máquina ao mesmo tempo em que Reese fica preso no meio da batalha final entre Elias e Dominic.