Mohinder é um cientista que dá aulas e acredita na teoria de seu pai, que acabara de morrer. Mohinder Suresh começa a investigar a morte de seu pai. Quando ele segue os caminhos que seu pai percorreu na cidade de Nova York, acaba descobrindo que existe alguém em busca das pesquisas de seu pai. Alguém que é capaz de matar para proteger os segredos da pesquisa que define a nova etapa da evolução humana. Entretanto, pessoas de vários lugares do mundo estão começando a suspeitar que possuem habilidades especiais e que estão destinados a fazer algo extraordinário. Peter Petrelli, um jovem que sonha em voar, e seu irmão Nathan, um político cruel que acha que Peter é um sonhador. O artista Isaac Mendez acredita que pinta o futuro. A estudante Claire Bennet pode se regenerar quase que instantaneamente e descobre ser invencível. Hiro Nakamura, um trabalhador do Japão, tenta convencer um amigo que pode manipular o tempo e o espaço e a mãe solteira Niki Sanders começa a ter estranhas visões nos espelhos. Claire salva uma pessoa que estava num incêndio e acaba sem nenhum arranhão.

O oficial de polícia de Los Angeles, Matt Parkman, está trabalhando em uma cena de assassinato, em meio a multidão, quando começa a ouvir os sussurros de uma garotinha na casa e consegue encontrá-la, quando ninguém dentro da casa conseguia sequer escutá-la. O heroísmo de Claire traz atenção desejada. Peter chega mais perto de descobrir a verdade sobre o seu poder e de seu irmão Nathan. Hiro encontra uma HQ que o conduz a Isaac Mendez e descobre que está no futuro onde uma catástrofe irá acontecer.

O interesse romântico de Claire pelo zagueiro do time toma um trágico rumo. Hiro convence seu amigo Ando, que é o destino deles ir até os EUA para salvar o mundo. Enquanto isso, Nathan usa o acidente de Peter para melhorar sua imagem política. O policial Matt Parkman, Mohinder Suresh e o FBI então no rastro do misterioso Sylar.

Depois de sua noite com Brody, Claire acorda no ultimo lugar que poderia imaginar. Matt conhece dois homens que parecem saber muito a seu respeito. Mohinder Suresh encontra um dos "heróes". O plano de Hiro em Las Vegas é um tiro que sai pela culatra. A assistente de Linderman traz mais problemas para Niki, assim que Nathan chega a Las Vegas para pedir ao dono o cassino, uma contribuição para sua campanha. Isaac pinta um futuro negro para Claire. Peter recebe uma mensagem codificada de uma fonte inesperada.

Matt tenta utilizar os seus poderes para salvar o seu casamento. Niki, confusa depois de mais um lapso, chega em casa e descobre que o seu marido, D. L. Hawkins, que havia escapado da prisão há 6 meses, foi visto próximo à sua casa. Claire conta ao pai algumas das coisas pelas quais tem passado. Novamente em Las Vegas, Hiro finalmente encontra outro herói. Peter tenta descobrir o que fazer com a mensagem misteriosa.

Hiro e Ando continuam em sua jornada rumo a Nova Iorque, mas recebem uma proposta muito tentadora de um apostador, ainda em Las Vegas. O pai de Claire marca um encontro para que ela conheça seus pais biológicos, pois ela acha que talvez eles possam saber algo sobre seus poderes. Enquanto isso, Hiro liga para Isaac e Peter consegue descobrir o significado da mensagem que havia recebido de um Hiro vindo do futuro. Mohinder volta à Índia para depositar as cinzas de seu pai no Rio Ganges, para que ele descanse no Paraíso. Niki recebe uma visita inesperada em casa.

Enfrentando uma crise que envolve seu filho Micah, uma assustada Niki revela seu conflito pessoal para uma amiga. Deixando de lado seus próprios problemas familiares, Matt ajuda Audrey na investigação de outro caso bizarro de assassinato, mas a perseguição ao misterioso serial killer, Sylar, toma um rumo inesperado. Depois de falhar ao agir como um "super-herói", confrontando o perigo, Hiro questiona seu heroísmo. Nathan e sua esposa Heidi planejam uma estratégia para vencer a eleição. Claire se assusta ao descobrir onde sua fita desaparecida foi parar. Ao mesmo tempo, seu pai Noah é incomodado por notícias de um de seus associados.

De volta à Índia, para dar as honras fúnebres a seu falecido pai, Suresh tem misteriosos sonhos do passado, que o forçam a questionar o caminho a seguir. Continuando sua jornada para Nova Iorque, Hiro e Ando param em um restaurante e encontram alguém interessante: uma garçonete com uma memória impressionante. Em crise, Niki chega a um entendimento pessoal. Determinado a ver uma das pinturas de Isaac que Simone vendeu recentemente, Peter pede ajuda a Nathan para encontrar uma chave para o futuro. Pretendendo voltar a sua vida normal, Claire se concentra na sua preparação para o baile da escola, independente do que aconteça. Ao mesmo tempo, Noah e um surpreendente parceiro concentram suas atenções em um outro herói.

Os eventos deste episódio acontecem no jogo de "Volta à Escola" de Claire. O pai de Claire tenta desesperadamente deter o vilão que está atrás dela. Nathan consegue a pintura que estava com Liderman e fica horrorizado pelo que está retratado. Os sonhos de Mohinder contém segredos sobre seu pai. Ando aguarda Hiro, que ainda não voltou do passado. Peter tem que salvar a líder de torcida e também a ele mesmo.

Este episódio mostra os "heroes" a seis meses atrás. Chandra Suresh, o pai de Mohinder, chega a Nova York procurando por pessoas especiais. Ele conhece um indivíduo que tenta ser único. Peter se forma da escola de enfermagem. Nathan planeja executar um caso que pode trazer complicações para os Petrellis. Niki recebe a visita de seu pai, que acaba trazendo a tona seu pior lado. Hiro tenta alterar o futuro para alguém importante para ele. Claire descobre suas habilidades logo após de se unir ao grupo de líderes de torcida, e seu pai se encontra com alguém especial.

Neste episódio, na cena em que Nathan visita Peter para contar sobre a morte de se pai, é mostrado pela primeira vez na série, a porta de Peter, revelando número do seu apartamento como sendo "1407". Uma clara referência à obra literária de Stephen King, "1408".

A recente tragédia preocupa os "heróes" e muda as relações entre eles, enquanto eles continuam descobrindo detalhes do acidente nuclear do quadro de Isaac. A agente Audrey Hanson e Matt Parkman descobrem mais uma pista na caça a Sylar. Após tomar conhecimento dos atos mais recentes de Jessica, Niki toma um decisão difícil para manter sua família a salvo: ela se entrega à polícia. Mohinder retoma o trabalho de seu pai. Isaac pinta um futuro muito perigoso para um dos nossos "heróis". Mais alguém morre.

Matt revela suas habilidades para sua esposa. H.R.G. fala com Mohinder. Agora que sabe a verdade, Claire tenta encontrar sentido em sua vida. Hiro procura a espada que está destinado a possuir. Niki tem que enfrentar as consequências de sua decisão de se entregar a polícia. Simone e Nathan se preocupam por Peter, que está em coma por duas semanas. Peter conhece um novo herói. Micah visita sua mãe.

Hiro continua sua busca pela espada do samurai, enquanto é perseguido por homens estranhos. Um homem invisível, Claude, tenta ensinar Peter a controlar seus poderes. D. L. sente o peso das responsabilidades de cuidar da família. Matt revela seu segredo à sua esposa. Noah continua tentando manter Sylar vivo. Claire se encontra com O Haitiano, que lhe faz uma revelação.

Hiro tem que explicar para seu Pai e sua irmã o caminho heroico que escolheu. Claude treina Peter para que ele duvide dos amigos mais próximos. Niki tem a chance de se reunir com D. L. e com Micah. Sylar faz uma investida contra Noah Bennet. Claire encontra sua mãe biológica. Peter aprende mais sobre seus Poderes. O pai biológico de Claire aparece.

Quando a vida de Claire em casa se complica, ela procura a ajuda de seus pais biológicos, mas as coisas não acontecem como gostaria. Uma mulher fica entre Hiro e Ando, forçando os dois amigos a se separarem. Mohinder, sem desconfiar, encontra Sylar, o assassino de seu pai. Matt e Jessica disputam um jogo mortal de gato e rato.

O mundo de Matt foge ao seu controle quando o cara radioativo Ted Sprague e Hana Gitelman, uma jovem mulher com poderes mentais "sem fios", caem em sua vida. Depois que sangue é derramado, Hiro toma uma difícil decisão sobre sua missão. Claire é incapaz de manter a raiva por seu pai. Peter e Isaac se veem chorando por um erro do pintor, que tentava acertar Peter com uma bala, e ser um herói. Um acidente acontece e a única vítima é uma pessoa muito próxima aos dois, Simone.

Este capítulo tem um quê de importância. Seja porque Stan Lee, o criador de muitos dos quadrinhos de Marvel tenha feito uma rápida participação junto a Hiro no final do episódio. Bem como por ser o capítulo da morte de uma das pontas do triângulo amoroso principal, Simone Deveux.

O passado de Noah o surpreende quando Matt e Ted Sprague chegam ao Texas, buscando por respostas, e o fazem de refém, juntamente com sua esposa, seu filho e Claire levando a um trágico e explosivo acerto de contas. Segredos são revelados e novas ameaças aos heróis são introduzidas, colocando-os em risco de vida.

Morte, duplicidade e reflexos terríveis do futuro agitam os heróis. Linderman é revelado e uma nova heroína estreia. Com a eleição e a destruição de Nova York se aproximando, Nathan tem pela primeira vez um cara-a-cara perturbador com o sombrio Linderman. A tentativa de Hiro de roubar a espada, o dirige a uma terrível nova direção. Suresh faz um grande avanço na "Lista". A um grande custo D. L. começa a suspeitar que não está nada bem em sua casa.

Após "ajudar" Suresh a encontrar mais pessoas com habilidades especiais, a saga de Sylar continua com dois "heróis" sendo confrontados pelo super-poderoso serial killer. Nathan precisa digerir sua descoberta feita através de Lindeman fazendo difíceis decisões que definirão o futuro para ele, sua família, Nova Iorque e o mundo. Enquanto Thompson usa de todas as ferramentas à sua disposição para encontrar Claire, Linderman insere Jessica em seus planos. Enquanto isso, a resolução de Hiro de "salvar o mundo" se fortalece frente a uma assustadora realidade.

Jogados cinco anos no futuro, Hiro e Ando descobrem que pessoas com habilidades extraordinárias não são tão conhecidas, depois da destruição de Nova Iorque e de milhões de mortes, mais pessoas especiais têm sido registradas, aprisionadas, caçadas, e até mesmo assassinadas como "terroristas". Enquanto o Presidente Nathan Petrelli toma seu primeiro passo ao encontro de uma "solução final", a dupla é arrastada para dentro do que pode ser a batalha final de "Heroes" e encontram um grupo de rostos novos e familiares. Se eles sobreviverem à experiência ainda poderão voltar para o presente e salvar o mundo?

Agora sabendo o que acontecerá se ele falhar na sua missão, Hiro e Ando terão sua determinação de salvar o mundo testada. Comprometido com as pesquisas, Nathan dá alguns surpreendentes passos para garantir sua eleição. Jessica e D. L. começam a entender como sua família se encaixa nos planos de Linderman. Thompson traz alguém novo para sua equipe na Companhia. Com mais e mais sangue em suas mãos, Sylar visita sua mãe.

Angela Petrelli é forçada a ter um importante papel na vida de Nathan, Peter e Claire. A verdade sobre a morte do pai de Nathan e Peter é finalmente revelada, assim como sua verdadeira identidade. E ainda, Sylar continua a comer outro cérebro de um herói.

No episódio de 2 horas do final da temporada, iremos conhecer um mulher loira ao estilo "Paris Hilton" na casa dos 20 anos, um mulher asiática da mesma faixa de idade, e um modelo. Nesse episódio também teremos o retorno de Audrey Hanson e um arco apocaliptico.

Qohinder é encontrado por um homem chamado Bob, que oferece emprego a ele em uma companhia misteriosa. Mohinder descobre que a Companhia é sua inimiga e está tentando penetrar na organização, em conluio com Sr. Bennet. Uma nova personagem é apresentada, vinda da América Latina. Claire é quase atropelada por um rapaz chamado West. Ela também tem uma disputa com a líder das líderes de torcida, Debbie. Ela faz um mortal de costas e quebra um osso. Ela usa seu poder para se curar, quase sendo pega pelo rapaz.

Peter é capturado por criminosos irlandeses na Season Premiere, tem amnésia e tem que redescobrir seus poderes. Completamente desmemoriado, conhece Caitlin, irmã de Ricky, chefe da gangue. Kaito Nakamura é morto quando é empurrado de um prédio por um estranho, que acaba pulando junto com ele, mas desaparece antes de chegar ao chão. Hiro viaja no tempo e conhece seu herói, Takezo Kensei. Ao descobrir que, na verdade, trata-se de um beberrão e com medo de ter alterado o futuro, Hiro põe sua máscara e o personifica. Usando seu poder ele desarma 11 homens. Hiro se apaixona pela filha do ferreiro, mas recua para que seu herói Takezo Kensei cumpra seu destino. Claire tentando descobrir seus limites pega uma tesoura e corta um de seus dedos do pé fora, enquanto West a observa pela janela.

Sylar continua vivo. Ele mata Candice Wilmer, que o havia salvado a serviço da Companhia. Porém, para sua surpresa, descobre que perdeu seus poderes. Peter é forçado a ajudar os criminosos em um roubo para recuperar suas memórias e salva os gângsters, ao levitar um carro blindado e jogá-lo nos guardas. Ele também descobre que conseguiu o poder de controlar a eletricidade. Por estar gostando de Caitlin e por medo de descobrir que é uma pessoa má, Peter desiste de saber quem é. Mohinder salva o moribundo haitiano do vírus que atingiu sua irmã, ao injetar seu sangue nele. Niki se junta à Companhia. West mostra seu poder de voo para Claire.

Aparece um novo personagem, Monica, prima de Micah, que tem o poder de replicar qualquer movimento físico. Ela derruba um homem armado ao efetuar um movimento de show de luta livre (619 de Rey Mysterio). Os jovens Alejandro e Maya encontram Sylar deitado de bruços no deserto mexicano e o ajudam. Ele conta que seu nome é Gabriel Gray e que tem vontade de ajudar, mas secretamente mata Derek em um posto de gasolina. Parkman descobre que seu pai, que havia o abandonado aos 13 anos, estava envolvido com Linderman, com os Petrelli e com Nakamura e pede para que Molly o localize. Eles descobrem que ele é o homem que Molly vê em sua mente. Ele olha para ela e Molly acaba perdendo a consciência.

Uma misteriosa mulher procura Peter no cais, local onde foi encontrado, obtendo informação de que ele se encontra no Pub irlandês. Parkman segue a pista que Molly lhe deu e junto a Nathan, vão tentar obter informações sobre o pai de Parkman e que ligações tinha com o assassinato de Nakamura. Monica com ajuda do primo Micah consegue assimilar, incrédula, o dom que tem. Ando com ajuda de peritos toma conhecimento das aventuras de Hiro na época feudal japonesa, através de mensagens deixadas por ele em objetos de propriedade, no presente, da família de Hiro.

Peter e Caitlin decidem ir para Montreal. Bob quer testar uma nova vacina que tira os poderes em Monica mas Mohinder o enfrenta. O Sr. Bennet e o haitiano viajam para Odessa, Ucrania e vão atrás de Ivan em busca dos quadros de Issac sobre o futuro. Sylar convence Maya a matar todos os policiais da fronteira para chegar aos Estados Unidos. Hiro beija a namorada de Kensei e ele vê tudo. Bob decide colocar Niki para trabalhar com Mohinder para assegurar que não haja mais mal-entendidos. Claire consegue a vaga de Líder de Torcida. Sr. Bennet encontra o resto dos quadros. Peter, já em Montreal, encontra um recado de Adam.

Quando uma de suas habilidades esquecidas subitamente se manifesta, Peter e Caitlin são jogados em uma situação crítica e aprendem em primeira mão como o vírus que atinge pessoas com habilidades pode ser poderoso. Suresh, Matt, Nathan, Niki e Bob se juntam para repelir o ataque do "bicho-papão". Apesar dos constantes esforços de Claire para Mantê-los separados, West fica sabendo que o homem que o sequestrou quando garoto é o pai dela. E, no Japão feudal, a lendária jornada de Hiro e Kensei dá uma dramática e final virada quando Hiro mata seu herói para impedir que a História seja alterada. Desesperado ao ver Caitlin sendo levada para a descontaminação, ao tentar ajudá-la Peter sem querer volta para o passado em Montreal. Ao chegar, o misterioso Adam lhe faz uma proposta tentadora, e o telespectador descobre que Adam é Takezo Kensei.

Quando o relógio recua quatro meses, Nathan paga um terrível preço pelo seu heroísmo e fica repleto de queimaduras. Enquanto Peter sobrevive a explosão sobre Nova York, a Companhia o taxa como uma ameaça para o mundo, o que o leva a um terrível confronto contra Elle e O Hatiano. D. L. faz um último sacrifício por Niki e Micah. Maya horrivelmente manifesta seus sombrios poderes pela primeira vez, o que faz correr com Alejandro aos EUA atrás de ajuda. Um rosto sombrio, mas familiar, é apresentado.

Convencido que a Companhia está próxima, Bennet prepara sua família para fugir, mas Claire tem outros planos. Enquanto isso, Hiro retorna do passado e fica sabendo da morte de seu pai. De luto, ele ruma ao passado e faz uma importante descoberta pessoal. Depois de um primeiro encontro com Elle, Suresh toma uma decisão que pode mudar vidas. Enquanto isso, Matt enfrenta obstáculos, em parte usando seus poderes mentais em expansão.

Peter viaja até a Primatech Paper no Texas com seu novo amigo para destruir o vírus que pode destruir 93% da população da Terra no futuro, pelo menos é o que Peter acredita. Niki retorna com más notícias. Para corrigir um erro, Monica coloca suas habilidades em teste, enquanto Hiro vai atrás do assassino de seu pai. Matt usa seus poderes mentais para achar a última pessoa da foto da Companhia. Nathan descobre que seu irmão está vivo. Fora de Nova York, Maya deve escolher entre Sylar e Alejandro.

Nas profundezas da Primatech Paper em Odessa - Texas, a reunião de Peter e Nathan se torna violenta quando os irmãos, Matt e Hiro se desentendem graças a Adam e sua busca pelo vírus Shanti. Depois de ver sua heroica prima ser capturada por uma gangue de rua, Micah recorre a única pessoa que pode ajuda-lo a salvar Monica, sua mãe. Enquanto isso, Maya aprende tragicamente o quanto Sylar é um monstro durante o sequestro de Molly e Suresh. Elle decide bancar a heroína para voltar as boas com seu pai.

O primeiro capítulo do "Volume 3: Vilões" começa logo após tiros serem disparados, com a revelação chocante do assassino de Nathan e o porquê da entrevista coletiva no Texas ter sido interrompida, jogando imediatamente Peter e Matt num território desconhecido e inesperado. Com seu poder parcialmente restaurado, Sylar decide que uma visita a Claire poderia lhe trazer mais vigor. Enquanto isso em Tóquio, Hiro e Ando são encarregados de proteger um segredo de família que pode dividir o planeta em dois, descobrem que o caminho para um futuro horrível começa com a veloz suspeita Daphne.

Curiosidades: Em inglês "Second Coming" é o dia do julgamento final, quando Jesus irá retornar a Terra para julgar os Homens. Por isso chamada a "segunda vinda", ou seja, a segunda vez que Jesus Cristo Retornará à Terra.

"The Second Coming" é o nome de um poema do escritor irlândes William Butler Yeats, publicado em 1920, que é citado por Mohinder ao final do episódio.

No segundo episódio chocante de "Volume3: Vilões", Ângela entra em conflito com seu muito mudado filho Peter, sobre qual a melhor maneira de reverter o que parece ser uma catástrofe mundial inevitável. Antes, Sylar declara guerra à Companhia, atacando sua área principal, e encontra muito mais do que ele esperava no Nível 5. Durante uma batalha devastadora com Elle, doze criminosos selvagens, todos com habilidades terríveis, escapam. Enquanto isso, Claire descobre algo novo e inesperado sobre suas habilidades. Determinado a recuperar o terrível segredo de sua família, Hiro e Ando seguem Daphne até Paris. Depois de uma fatídica noite, Suresh fica surpreendido ao descobrir que sua pesquisa, sua vida e sua relação com Maya se desenvolve de maneira irregular. Preso num lugar nada familiar, Matt encontra um guia para ajuda-lo.

Quando quatro rudes e poderosos vilões - “Knox”, Flint, The German e Jesse, invadem um banco e fazem reféns, Ângela envia HRG e seu chocante, novo parceiro poderoso, atrás deles. Determinado a descarrilhar um cataclismo futuro, Peter deve primeiro encontrar o que ele perdeu ao longo do caminho. Enquanto isso Hiro e Ando seguem Daphne e parte da "fórmula" até a Alemanha, mas acabam se atrapalhando com O Haitiano. Assustada por sua habilidade Tracy Strauss deixa Washington, D.C. para procurar respostas sobre Niki. Uma desesperada Claire pede à Meredith para ensina-la a lutar. Enquanto seu romance com Maya se intensifica Suresh se encontra despreparado quando seu experimento resulta em algo inesperado.

Vendo um futuro onde quase todas as pessoas tem poderes, num mundo destinado à destruição, Peter resolve prevenir o fim da terra sendo partida ao meio, seja qual for o custo, o que o leva a um poder obscuro e de difícil controle para salvar o mundo, apostando (erradamente) que isso não irá destruí-lo e tudo o que ele ama antes. Depois de permitir que Ângela roube metade da fórmula, Hiro e Ando tentam descobrir a identidade do vilão que contratou Daphne, e deve consultar a pessoa que conhece esse malandro melhor, Adam Monroe. Depois do banho de sangue no banco, HRG resolve se livrar de seu novo parceiro. Enquanto isso, determinada a ser uma heroína, Claire cai na estrada com os arquivos antigos de vilões de HRG. Suresh dá um impulso. Linderman e Molly retornam de forma inesperadas. Um novo romance envolve 2 heróis.

Armada com os arquivos de HRG e uma arma de choque, Claire tenta derrubar seu primeiro alvo, Stephen Canfield, um fugitivo do Nível 5 com a habilidade de criar buracos negros, sem saber que há outras pessoas por perto. Enquanto isso, horrorizado, Peter foge de toda a morte e destruição no futuro, apenas para descobrir como a experiência o mudou profundamente. Frustado por Adam Monroe não aproxima-los "da fórmula", Hiro dá uma apunhalada para se tornar amigo de Daphne e seu novo parceiro Knox , para desânimo de Ando. A necessidade de Suresh em corrigir erros em sua pesquisa, coloca Maya, entre outros, numa situação pegajosa. Linderman aconselha Nathan a ficar próximo de Tracy, prevendo que eles juntos poderão alcançar grandes feitos. Na África, Matt vê sua visão de "felizes para sempre" destruída.

Impressionados por sua rudez repentina, os vilões Knox e Daphne, trazem Hiro, entre outros, para a Pinehearst e dá a ele uma missão. Com Ângela e a Compania paralisadas por eventos recentes, Peter vai diretamente a Pinehearst em busca de uma resposta, e é mudado permanentemente por um chocante encontro. Enquanto isso, Claire e sua mãe Sandra, tentam libertar Meredith da servidão ao vilão foragido Doyle, que tem a habilidade de tomar o controle mental e físico de outras pessoas. Nathan leva Tracy até Suresh, esperando que ele possa trazer alguma luz sobre a origem de seus poderes.

Presos e assustados, Nathan e Tracy lutam por suas vidas contra um alterado e monstruoso Suresh, para libertarem a si, Maya e outras cobaias do doutor. Elle retorna com algo chocante para Claire e sua família. Ciente do estado crítico de Peter em resultado de um confronto com rivais da Pinehearst, Ângela tenta convencer Sylar a salvar seu irmão. Já que ela não irá ficar do lado dos vilões, Daphne receber ordens de seu chefe para matar Matt, ou ela será morta. Ainda sob o poder do precog africano, Hiro continua a questionar os conselhos de Usutu sobre a melhor forma de combater seus oponentes.

Para se preparar para o confronto que terá adiante, Hiro segue o respeitável empresário, marido e pai Arthur Petrelli, antes dele "morrer", para descobrir o que o levou a criar a Companhia rival Pinehearst e a atacar Ângela. Uma revelação acontece quando Sylar, assustado e arrependido, talvez tenha parado seu impulso mortal por possuir habilidades, isso se, HRG e Elle tivessem influenciado sua monstruosa tarefa. Sob os cuidados do agente da Companhia Thompson, a agente em treinamento Meredith vê sua vida mudar, seguida da chegada de seu irmão "cabeça-quente".

Depois de atacar Hiro e Ando na Africa, Arthur Petrelli ordena que Knox e Flint cacem seu filho Peter e sua neta Claire. Nathan fica surpreso ao saber que seu pai está vivo, e lidera uma carga vilanesca para a destruição do mundo. De volta a Pinehearst, Sylar tem um confronto eletrizante com Elle. Suresh começa a testar sua nova super-fórmula combinada. Com os outros mortos, feridos ou fugindo, Matt tenta acordar Angela.

Depois de reunir Sylar e Elle, Arthur ordena-os a buscar Claire e traze-la a ele. Matt, Hiro e Ando se unem para seguir Daphne até sua cidade natal de Athens, Georgia, para descobrir o que ela vem escondendo. Nathan e Peter Petrelli viajam juntos ao Haiti para procurar pelo único homem que pode impedir seu pai de destruir o mundo, o Haitiano.

O eclipse continua a influenciar os poderes dos heróis, quando Elle e Sylar encaram um vingativo HRG, enquanto Claire luta para sobreviver. No Haiti, Peter e Nathan unem forças com o Haitiano para combater seu irmão, Baron Semedi, e Nathan toma uma decisão chocante. Ando, Sam e Frack trabalham duro para fazer Hiro recuperar sua memória com a ajuda da revista “9th Wonders”, numa loja local de histórias em quadrinhos.

Na esperança de encontrar uma forma de deter Arthur, Hiro e Claire viajam 16 anos ao passado quando Kaito entregou a bêbe Claire para HRG. Peter e o Haitiano se unem para acabar de vez com Arthur Petrelli, mas são interrompidos por Sylar. No laboratório, Suresh faz uma grande descoberta com a formula, que poderá mudar tudo.

No confronto contra Arthur, os irmãos Petrelli acabam brigando entre si, levando Nathan a tomar uma decisão que terá repercussões globais. Sylar mantém reféns Claire, HRG, Meredith e Ângela na Primatech. Ando, Matt e Daphne continuam a tentar resgatar Hiro, e o Dr. Suresh pode ser a única esperança.

Meses após a explosão que derrubou a Pinehearst e a Primatech, nossos heróis tentam deixar o passado para trás e começar uma nova vida. Agora sem poderes, Hiro tenta treinar Ando para se tornar um verdadeiro super-herói. Suresh volta a trabalhar como taxista, Peter volta a salvar vidas como paramédico, Daphne e Matt tentam viver como um casal normal. Claire, tentando viver uma vida comum, acaba descobrindo um plano faltal comandado por Nathan para perseguir e capturar pessoas com poderes. Enquanto isso Sylar procura por seus verdadeiros pais.

Depois de uma série de eventos inesperados, nossos heróis correm de seu ultimo inimigo, um de seus, Nathan Petrelli. Após Matt desenhar uma série de imagens proféticas, o destino trágico de alguém próximo dele é revelado. Em algum lugar, Sylar continua a busca por seu pai e encontra um jovem deslocado, com algumas informações e poderes próprios.

Os planos de Nathan encaram um problema, quando a segurança nacional inicia uma investigação por ordem direta do presidente dos EUA. Sylar e Luke caem na estrada para encontrar o pai de Sylar, sendo secretamente caçados pelos agentes de Nathan. As coisas se complicam na família Bennet quando Claire entra em ação para proteger um jovem com poderes para não ser capturado por HRG. Em algum lugar, as imagens proféticas de Matt levam Hiro e Ando até a Índia, e um misterioso aliado aparece para ajudar os heróis.

Enquanto é mantido refém, HRG é submetido ao interrogatório implacável de Matt, revelando como ele se envolveu com o plano de capturar pessoas com poderes de Nathan. Enquanto isso, a descoberta de Matt leva Peter a ficar frente-a-frente com o "Caçador".

Depois de receber uma dica do "Rebelde", Matt e Peter correm até o Prédio 26 para resgatar Daphne e recuperar arquivos que irão expor o plano governamental para pessoas com poderes. Claire encontra ajuda de uma fonte inesperada para tirar Alex da cidade. Enquanto Sylar e Luke continuam sua viagem, Sylar começa a ter lembranças de seu pai que o leva a descobrir a verdade sobre sua mãe. E o "Caçador" revela seus interesses ocultos com uma explosiva surpresa para um dos heróis.

Quanto Sylar fica cara-a-cara com seu pai ausente, o reencontro prova ser o que ele menos esperava. Em algum lugar, depois de receber uma dica do "Rebelde", Claire precisa decidir se ela vai ajudar seu inimigo Eric Doyle a não ser capturado. Enquanto isso, o "Caçador" planeja desmascarar os segredos da família Petrelli e tomar o controle da operação de Nathan. Matt se encontra no foco da atenção pública na capital americana.

HRG convence Emile Danko, conhecido como o "Caçador", a libertar Tracy do prédio 26, na esperança de que ela os leve até o "Rebelde". Assim que Ângela foge da captura, ela recorre a uma antiga amiga em busca de ajuda. Em Los Angeles, Hiro e Ando continuam a cumprir a ultima missão do "Rebelde" para proteger o mais novo herói visto.

Agora que o poder de Nathan foi revelado e ele perde o controle de sua operação, ele e Claire se escondem no México. Com Emile Danko no controle da operação do governo, seu plano de destruir todas as pessoas com poderes entra em ação, e ele se alia com um improvável parceiro. Enquanto isso, Ângela e Peter encontram refujo numa igreja e começam a reparar seu relacionamento problemático.

Enquanto Danko avança com a operação do governo, alguém próximo dele é colocado na linha de fogo. A vida de HRG continua a seguir fora de controle, e seu casamento, chega perigosamente próximo de um fim. Enquanto isso, Hiro e Ando continuam sua viagem com uma entrega especial para Matt Parkman. Em algum lugar, Ângela Petrelli desenterra os demônios de seu passado.

Enquanto Nathan, Claire, Peter e HRG ajudam Ângela a desenterrar seu passado, ela revela os segredos sombrios que a assombrou por anos. Enquanto isso, Mohinder fica sabendo do envolvimento de seu pai numa operação do governo esquecida a muito tempo.

Sylar segue com sua parceria incomum e começa a ter inesperadas crises de identidade. Hiro e Ando tomam medidas para derrubar o prédio 26. Enquanto isso, a recém descoberta paternidade de Matt o faz mudar suas prioridades. Em algum lugar, Nathan coloca em prática um plano para corrigir os erros da sua operação junto ao governo.

Nathan enfrenta Sylar que tenta impedi-lo de ver o presidente. Sylar tem seus próprios planos para essa nova parceria. Enquanto isso, Hiro aprende que há consequências para sua tentativa de usar seu poder. Em algum lugar, Matt é forçado a fazer algo extraordinário para proteger seu futuro e o de sua família.

Episódio duplo, onde Claire luta para se ajustar a sua nova vida na faculdade quando uma misteriosa morte a coloca sob os holofotes novamente. Em algum lugar, Hiro e Ando continuam com sua nobre jornada de ajudar pessoas, promovendo suas habilidades. Ângela teme que Nathan descobrirá em breve sua verdadeira identidade; enquanto Matt é assombrado por um visitante inesperado que persegue algo perdido. Tracy Strauss e H.R.G., unem forças, para desvendar o motivo por trás de um terrível crime. Enquanto isso, Peter usa suas habilidades para o bem, mas ele é logo chamado para ajudar um velho amigo. Enquanto os "heroes" se ajustam ao seu novo ambiente, um misterioso grupo carnival, guiados pelo líder Samuel, deixam sinais em rostos familiares.

Peter usa suas habilidades para o bem, mas logo é chamado para ajudar um velho amigo. Enquanto isso, um misterioso clã volta sua atenção para rostos familiares.

Peter enfrenta consequências inesperadas por seus atos heroicos e encontra uma relutante nova heroína. Enquanto Claire continua a se ajustar a vida na faculdade, ela deve descobrir como lidar com o fato de que sua habilidade foi revelada. Enquanto isso, Samuel move céu e terra para recuperar as memórias de seu irmão falecido Joseph. Em algum lugar, Matt luta com seus demônios internos enquanto Sylar emerge misteriosamente.

Enquanto a vida de Hiro continua por um fio, ele se distrai salvando a vida de outros. Enquanto isso Ângela tenta ajudar o novo "Nathan" a se lembrar de seu passado, sob o risco de se lembrar além do necessário. Em algum lugar, Tracy está determinada a ter seu emprego de volta, mas se dá conta de que ela precisa fazer algo de maior impacto.

Samuel preparam novas adições a sua família, enquanto Lydia o alerta das consequências. Enquanto isso, Peter encontra uma forma inesperada de se conectar com Emma, que prefere ficar distante. Em algum lugar um lado diferente de Sylar emerge enquanto ele tenta desesperadamente se lembrar da pessoa que costumava ser.

Guiado por Samuel, Sylar começa sua jornada para redescobrir sua verdadeira identidade. Hiro falava que tem um tumor no cérebro e que iria morrer para sua irmã, quando sem querer se teletransporta para o apartamento de Peter Petrelli e desmaia. Eles vão atrás de Jeremy Greer, que tem o poder de curar.

Matt toma medidas extremas para eliminar Sylar, que continua a atormenta-lo. H.R.G., pede um favor a Tracy para salvar um garoto problemático cujos problemas a faz lembrar dela mesma. Enquanto Claire e Gretchen recebem um trote de suas amigas de fraternidade, elas se dão conta de que a intimidação talvez não seja seu maior problema. 

Quando Hiro viaja três anos no passado, ele tem uma segunda chance para salvar Charlie das mãos de Sylar. No entanto a presença de Samuel acaba complicando ainda mais a missão de Hiro. O passado de  H.R.G. com sua parceira na Primatech é revelado.

Claire está determinada a ir a fundo para descobrir a causa dos ataques da fraternidade Rush por conta própria, até que H.R.G. intervém para perceber que talvez ele seja a fonte dos problemas dela. A nova habilidade de Peter é perfeita para seu trabalho e lhe dá a oportunidade de ajudar Emma a aceitar sua nova vida. A batalha de Sylar para ganhar o controle total do corpo de Matt coloca em jogo um perigo em potencial.

Samuel fica sabendo o quanto ele pode ficar poderoso e toma medidas perigosas para alcançar seu potencial total. Enquanto Tracy começa a perder o controle de seu poder, um de seus corre perigo. Sylar continua sua batalha com Matt.

H.R.G. oferece um jantar de ação de graças nada tradicional. A família Petrelli recebe um convidado surpresa em sua mesa. Samuel continua a manter Hiro como seu refém, enquanto Lydia vai em busca da verdade.

Noah é saudado por alguns visitantes inesperados e o grande plano de Samuel começa a dar frutos. Enquanto isso, Peter se esforça para aceitar a verdade e toma medidas extremas para conseguir o que quer. Em outro local, Claire e Gretchen acabam tendo muitas surpresas em sua viagem.

Conforme Claire fica imersa no mundo do Carnival, ela cada vez mais suspeita dos motivos de Samuel. Hiro está numa missão para se salvar, mas tem dificuldades em comunicar suas intenções para Ando. Samuel tem sua mira sobre Emma e na sua habilidade para completar o seu plano mestre. Enquanto isso, Sylar retorna ao Carnival na busca por respostas e Peter continua a lutar contra a morte de seu irmão. Em outro lugar, Noah planeja destruir o Carnival.

Peter e Claire tentam lidar com a morte de Nathan. Sylar retorna ao "carnival" e começa a desconfiar de Samuel, mas percebe que não pode ser ele. Lydia conversa com Sylar e acaba revelando seu próprio segredo involuntariamente. Edgar tenta no entanto matar Noah, porém, ele o dominá e o convence a aliar-se a ele contra Samuel. A união deles, no entanto, será posta à prova em breve ...

Noah recruta Matt para ajudá-lo a derrubar Samuel, conforme eles utilizam seu grande amor perdido, Vanessa, para trazer Samuel até eles, mas Samuel tem seus próprios planos para Vanessa. Enquanto isso, Hiro e Ando utilizam medidas extremas para salvar o Dr. Suresh. Em outro lugar, Peter apresenta Emma para a sua mãe, trazendo à tona visões de um futuro muito tenebroso.

A vida de Hiro está por um fio com a não-melhora do tumor que está em seu cérebro, proveniente de algumas decisões feitas em seu passado. Enquanto isso, Sylar concede a Claire uma visita inesperada para conseguir algumas respostas do porquê ele não é ele mesmo. Além disso, Samuel planeja impressionar seu antigo amor perdido, Vanessa, e isso leva a uma mudança terrível.

Noah inicia o seu plano para derrubar o Circo com a ajuda de Lauren e Suresh. Sylar visita Matt procurando compreender o seu desejo de fazer uma conexão humana, mas Matt tem um plano próprio. Enquanto isso, Peter avisa Emma das intenções de Samuel após sua visão sombria do futuro.

Alimentado por sua visão de Emma em grave perigo, Peter tenta resgatar Sylar de seu pior pesadelo. No Circo, Samuel revela o passado misterioso de Noah, a fim de levar Claire para seu lado. Enquanto isso, Lauren, faz um movimento ousado para pôr fim a Samuel.

No clímax, ao final desta temporada, todos se unem em um esforço para deter Samuel de tirar a vida de milhares. Peter une forças com seu mais inesperado aliado, o vilão Sylar, que está determinado a se tornar um herói, tudo para salvar Emma. Enquanto isso, a vida de Noah está na balança, junto à Claire, já que eles encontram-se presos no subsolo com o oxigênio se esgotando rapidamente. Em outro lugar, Hiro começa a enfrentar as escolhas que ele fez e é posto em ação para impedir uma desgraça. Após Tracy conseguir salvar a Claire e Noah, todos se dirigem ao Central Park, onde Samuel quer dar fim a seu plano. Após a poeira baixar e todos os heróis conseguirem vencer Samuel, o inevitável encontro com a imprensa leva Claire a uma atitude inesperada. Este, sendo o episódio final, não apenas do volume e da temporada, mas o último de toda a série, termina de um modo a deixar os imaginários a continuarem a história.