Minden bizonyíték arra utal, hogy Zack, a sorozatgyilkos visszatért, s ő rabolta el Dr. Brennant. Ezt maga Zack is elismeri, ekkor azonban nem várt körülményre derül fény, amelynek következtében ismét gyanússá válik mindenki: Bray, a pszichiáter, sőt még az újra felbukkanó Karen Delfs is. Dr. Hodginsnak újra kell értékelnie életét. 2. A mesterséges intelligencia jeles képviselőjét találják szétmarcangolva egy erdőben. A gyilkosságot Brennnan most is ésszel, míg Booth az ösztöneire hallgatva kívánja megoldani. Közben Brennan gőzerővel szervezi a saját titkos születésnapi partiját, ahol ezúttal ő, az ünnepelt okoz jókora meglepetést barátainak.

After discovering the body of a man involved with creating artificial intelligence bots, the team must figure out whether the victim's own A.I. bot was programmed to kill him. In the meantime, Bones plans a special surprise for everyone for her 40th birthday.

Egy öregember holtteste Brennanékat ezúttal egy idősek otthonába vezeti. Vajon mi vagy ki vehette rá a csontritkulásban szenvedő lakót, hogy ne szedje a gyógyszereit, kockáztatva ezzel a halált? Eközben Hodginséknál felmerül az ötlet, hogy vállaljanak második gyereket, ami lavinát indít el Brennan és Saroyan kapcsolatában is.

Szörnyű kínhalát halt pap holttesére bukkannak, akiről kiderül, hogy a Booth egységében szolgált káplán, Aldo Clemens teste. Booth személyes ügynek tekinti az esetet, nemcsak mert a pap jó barátja volt, hanem mert azt gyanítja, hogy az ő régi háborús vétke miatt kellett feláldoznia magát. Brennan és a csapat mindenben a segítségére van, de Booth arra figyelmeztet, hogy az ügynek lesz még folytatása.

A város egy rossz hírnevű részén a felismerhetetlenségig szétlőtt fiatal tanár holttestét találják. Kiderül, hogy Austin, akit imádtak a diákjai, nem éppen tisztességes módszerekkel tett szert extra jövedelemre, ezért Boothék listáján több gyanúsított is szerepel. Közben Aubrey döntésre jut az apjával kapcsolatban, Hodgins pedig ezúttal tényleg kihúzza a gyufát Saroyannál.

Bootht és Brennant ezúttal egy favágó versenyre szólítja a kötelesség, hogy kiderítsék, ki darabolta fel az egyik női résztvevőt. Közben Hodgins áttörő bizonyítékot talál a lobbista-ügyben, Cam és Angela viszont mintha nem osztozna az örömében.

A csapat életébe ismét visszaköszön Booth mesterlövész múltja, amikor egy idős nő megkínzott holttestére bukkannak. A szálak egy szerb származású férfihoz vezetnek, aki a Booth által meggyilkolt háborús bűnös tábornok fia. A bosszúhadjárat azonban még csak most kezdődik, és Booth egységének tagjai után a családjából is áldozatot követel.

Brennan nehezen küzd meg édesapja halálával, és nem bánja, hogy Booth-t Kanadába szólítja a legújabb eset. Kapóra jön viszont Sully, régi szerelme vigasztalása. Az eset kapcsán Hodgins és Edison nagyszerű régészeti felfedezést tesznek egy elsüllyedt viking településről.

A legújabb ügy, amelyben egy ígéretes filmrendező halálának körülményeit vizsgálják, sok változást hoz a csapat életében. Brennan rádöbben, hogy talán elvesztette szenvedélyét a munka iránt, Aubrey előléptetésre pályázik, Angelát pedig mintha túl érzékenyen érintené az eset.

Mark Kovac, aki korábban bosszút akart állni Boothon és családján, megszökik a börtönből. Ám mire Booth rájön, hova rejtette a robbanóanyagot, amit ellopott, már túl késő. Cam és Arastoo házaséletének első napja úgy tűnik, valakinek az utolsó lesz.

A végzetes robbanás következtében Brennan is megsérült, így az utolsó küldetéséhez szüksége van az összes gyakornok segítségére. Együtt kutatnak, nyomoznak a börtönből megszökött és mindenre elszánt Mark Kovac búvóhelye után.